而整個南直隸也設有重兵，而南直隸衛所共有34衛12所，滿編製為萬人，新江口營下轄的水師員額共1.7萬人，是南直隸最強大的水師。
故而嘉靖認為南京的守備可以說得上固若金湯了，他不無得意的說道“國家以南京都城根本重地，據長江天險，分京城各衛官軍為五營。在城三營神機營，大教場，小教場；京城之外二營江南設新 江口水軍以禦水寇，江北設浦子口陸軍以禦陸宼，水陸二軍南北掎角，互為聲勢，使水寇不得以登岸，陸寇不得以渡江，雖二軍不同， 皆以拱衛都城。五營通屬內外守備參讚尚書節製。”
見嘉靖這麼自得，楊博不由得說道“陛下，南京京營比之北京更加糜爛，軍士逃亡，器甲不全，怠於操練，本來官軍閒暇，諭令操習，盜賊生發，調兵剿殺，而南京京營久不出戰，早已懈怠，不堪上陣矣！”
作為兵部左侍郎又是嘉靖心目中得知兵之臣，楊博得話在嘉靖心裡得分量很重，嘉靖當然知道京營糜爛，但是此話從楊博嘴裡說出來，意義有不一樣了，嘉靖不由得看了楊博一言，說道“惟約是知兵的，說說看以往怎麼對付倭寇的。現在倭寇猖獗，當何以製之。”
其實大明在南直隸的駐軍，除了拱衛南京，震懾宵小之外，最重要的就是備倭，之前嘉靖曾設立江淮總兵，給以旗牌敕符， 俾駐紮鎮江，提督沿江上下兵防，西自九江、安慶，東及淮、揚、蘇、常諸 郡，凡備倭、守備、衛所，及有司巡捕官，悉節製之。
但是由於江淮總兵和操江提督的職守衝突，再加上後來倭寇又沒有這麼猖獗了，嘉靖二十年又撤江淮總兵，而操江提督專司拱衛南京，並不負責南直隸的備倭。隨著倭患益發嚴重，浙直海防出現合鎮的趨勢。
楊博說道“若欲平治倭寇，還需專設武將，統一事權，浙直地勢相連，互為唇齒，宜設正副總兵官二員，分駐金山、臨山會要之地，共守陳錢，而以參將分守馬跡等三山，各督信地，則勢成犄角。如此浙直可無虞也！”
聽到楊博的說法，嘉靖卻皺起了眉頭，浙直總兵權力不可謂不大，在他心目中，就算倭寇現在猖獗，單設一總兵來備倭浙直，讓嘉靖有些不能接受。因為他知道，按照大明文武相製的傳統，有了浙直總兵，就一定會設立浙直總督，按照之前設立浙直總督的職守。
以南京兵部尚書參讚機務，兼都察院右副都禦史，總督南直隸、浙江、山東、兩廣、福建等處軍務。一應兵食，俱聽其便宜處分。臨陣之際不用命者，武官都指揮以下，文官五品以下，許以軍法從事。這個權力不可謂不重，讓他把整個東南半壁交給一個臣子，他是絕不答應的。
嘉靖想了想說道“新設總兵，事關重大，還要仔細思量，先嚴令各部謹守海防，不得令倭寇滋擾。餘下的事容後再議吧！”
一眾臣子們高呼萬歲而去，嘉靖在無逸殿內思考著。