天皇陛下對德川家族的憎惡是毫無保留的，因為德川家給了天皇太多的屈辱。
當年，後水尾的父親後陽成天皇之所以讓位，正是出於德川家康的意思。如果說朝廷需要幕府的金錢援助，不得不屈從幕府威勢下，那麼，德川秀忠對天皇的私事指手劃腳就更可惡了。
後水尾深愛著自己的女官，並生下一子一女，這件事情本是天皇的後宮之事，卻引起了德川秀忠強烈的不滿，要逼迫天皇迎娶他那才十一歲的女兒和子，這簡直是欺人太甚！
朕是絕不會成為德川家的女婿！
後水尾暗暗發誓，如果不是城外雲集的幕府軍隊，他甚至都不願每天跟例行公事一般派人慰問要與明國軍隊決戰的德川秀忠。
隱忍，還需隱忍。
京都眼下仍處於秀忠的嚴密監視的把控之中，年輕的天皇縱有萬般的想法，他的重臣們縱有萬般的膽量，也不敢在這個時候露出他們真實的想法。
與明國人的決戰寄托的不但但是幕府的希望，更是天皇的希望。
陛下多麼的希望大政能夠奉還啊！
陛下是多麼的希望全日本的有識之士能和明國的軍隊一起“尊皇攘夷”啊。
無論是曆史，還是明國人告示，都表明明國對日本絕對沒有領土野心，他們的此次討伐隻是單純的要消滅萬惡的幕府政權。
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薩摩藩公開上書反對幕府，深深的刺激到了德川秀忠。
為搶得戰爭的主動權，趕在明國軍隊援軍到達之前消滅奈良一帶的明國軍隊，德川秀忠下令京都附近的幕府軍隊向奈良挺近，他要以一場大勝來奠定幕府不可動搖的地位。
14日，八萬餘幕府常備軍打著紅、白、青、黃、黑五種顏色的旗幟向奈良挺進。
消息不斷傳回京都，演變成紅彤彤、黑壓壓一片大軍行動的場麵，對京都的朝廷產生著心理上的巨大震懾力。
到底是明國軍隊取勝，還是幕府會取勝，成了京都所有人心中最大的問號。
奈良一線的皇軍也接到了日軍總進攻的消息，兵力上，日軍占據了很大優勢，日軍配備了大量的鐵槍、鐵炮，並且有騎兵作戰，而皇軍在奈良城駐防的僅僅是近衛師團的第一步兵聯隊和部分輜重、工程兵，總兵力不到五千。
大本營傳來了最新命令，魏公公手書“近衛師團一定要取得奈良城保衛戰的勝利！”
與此同時，大明皇軍從各個方向向奈良運動，雙方都在不斷的增兵。
18日，從台灣啟程經琉球到來的援軍台灣警備師團第三步兵聯隊，台灣義勇皇協軍第一聯隊、由福建和浙江招募的兵勇，合計12000餘到達津市，旋即向奈良方向增援。
由魏公公的姐夫王有喜率領組成的“有喜支隊”也在大阪成功登陸，為了粉粹日軍的抵抗之心，王有喜旅團長下令對大阪進行洗劫，造成了至少兩萬餘大阪百姓的無辜死亡。
大阪方向的明國軍隊嚴重威脅到了日軍側翼，為了爭取時間，德川秀忠於24日下令攻擊奈良城。
城中皇軍雖兵力處於弱勢，但依托奈良城牆頑強抵抗，並且擁有優良於日軍的火器，致使幕府軍隊一直無法完成重大突破。
經數日苦戰，幕府軍隊仍無法攻破奈良。
戰火中，千年曆史的唐招提寺等古建築被毀壞。