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第一軍之司令長官由近衛師團長曹文耀升任，所留師團長一職由伍福銘接任。
整編命令下達後，第一軍所屬皇軍官兵達到了36000餘人，而當麵之幕府日軍約在80000人左右。
日軍攻擊奈良不順，傷亡數千，明國軍隊又在大阪登陸，其戰法新穎，排槍犀利，日軍傳統戰法難以克敵，不得不收縮兵力後撤京都一線，從而迫使明國軍隊後勤補給線拉長，尋找戰機以求殲滅有可能孤軍深入的明國軍隊一部。
幕府所封大小強藩206除薩摩島津，肥前有馬等二十餘“逆藩”外，其餘各藩都已接到幕府的調兵令。
這些大小藩國強者能出兵數千不等，弱者隻數百甚至數十。對比皇明，大體便如魏公公所言縣長樹旗、鎮長吹號、村長來戰。
京都及江戶附近的近藩，也就是德川家族的家屬藩國都已起兵，他們的封地因為就在近畿附近，所以行動迅速，能夠調動三萬左右藩軍助戰。
當年隨德川家康征戰四方忠心家臣受封的藩國也絕大多數響應幕府號召，但是因為薩摩、肥前等“逆藩”斷絕了南北交通，一時之間無法向京都集結。
而更多的藩國則是在戰爭中投降幕府的那些大名，這些人本就無法取得幕府信任，封地一般也在邊遠地區，所以這些藩國幾乎都沒有支援幕府的意思。其境內“失敗主義”論調占了上流。
即便最終選擇出兵支援幕府，他們也要麵臨境內倒幕軍和“逆藩”的阻撓，根本無法幫助幕府對抗明國軍隊。
德川秀忠對此也是深刻認知，所以在發出調兵令後並沒有嚴厲催促那些遠藩。
這個時候，遠藩們能夠不公開反對征夷大將軍，就是秀忠最大的勝利了。
奈良之戰的不順利並沒有告知京都的朝廷，哪怕那個年輕的天皇是自己執意要嫁女的女婿，秀忠也依舊無意向後水尾透露半點戰爭動向。
近藩的陸續增援堅定了秀忠在京都決戰的信心，但在定下後撤計劃之後，秀忠卻死抱著將軍不可輕易撤退的臉麵，以及幻想能夠多抵擋明國軍隊數天，為各地增援勤幕的藩軍爭取時間，故遲遲不肯下令總後撤。
甚至在26日，秀忠還親自指揮旗本，也就是將軍的近衛武士軍團對奈良之明軍發起了一次萬人規模的攻勢，在付出一百多衛近衛武士的生命之後，秀忠不得不下令收兵。
29日，秀忠終於下令全線撤退。
然而，秀忠的死要麵子耽擱了撤退時間，致使前線本應立即後撤的日軍各部發生了大亂，部分日軍收到撤退消息過遲，為避免被明軍合圍，一些日軍將領下令部下自行組織撤退。
最終撤退時，因沒有講明各部隊撤退順序，八萬多幕府中央軍將士擠在通往京都的兩條道路上，不但撤退變得擁堵，還遭受明國軍隊的強烈打擊，苦不堪言。
大撤退很快就變成了大潰逃。
駐防在奈良東麵和束町一線的近衛師團步兵第五聯隊在沒有師團命令的前提下，果斷抓住戰機尾隨追擊撤退之日軍，向京都孤軍深入。