戰鬥很快打響，渡邊卻沒有想到，他計劃的騎兵集團機動作戰包抄明軍的行動計劃卻迅速破產。
明軍步兵使用鐵製器具發射的藥包令得日軍騎馬難以抵進明軍防線，而日軍的戰馬撞到明國軍隊高大的戰馬後，戰鬥就跟小孩過家家似的。
在付出了千餘人的傷亡後，渡邊部崩潰，潰兵到處逃奔。
關東關結合部的重鎮就這麼落在了明軍手中，爾後明軍迅速兵分兩路向關東挺進。
一路沿稻澤、土歧、清內、上線向江戶進逼；
一路則沿山形、大多、木曾向關東諸藩挺進。
戰局的不利迫使德川秀忠不得不率領僅餘的軍隊主力北上迎戰。14日，德川秀忠自江戶的野木町出發，六天後進入小鹿野。
秀忠軍行動遲疑，為的是等待關東諸藩援軍到來。鑒於幕府常備軍在奈良和京都之微損失慘重，秀忠有意讓關東諸藩先行和明軍交戰，從而可以起到牽製明軍的作用。
19日，關東諸藩兵2萬餘陸續抵達小鹿野。其餘諸藩或因受到明國軍隊和逆藩的威脅而無法舉兵，或是在明國特務機構的勸說下不再支持幕府。
新日本國的內臣大臣平吉親自寫信給佐和等藩的藩主，遊說他們不要加入德川秀忠的陣營。
在內閣的壓力之下，日本國執政後水尾閣下也親自寫信給一些從前的臣子，要他們共襄討幕義舉。
與此同時，江戶受到的壓力越來越大。
兩天後，在確悉無法得到更多援軍的情況下，秀忠在小鹿野的神社舉行了抗擊明國侵略的出征儀式。
24日，幕府聯軍攻打隻有三千餘明軍駐守的小孤城，因為原來作為重鎮修建的堅固城池及城中明軍的頑強抵抗，聯軍攻打數天都未能奏效。
27日，明軍在江戶海域發起了登陸，戰事迅速向秀忠老巢江戶燒去。
德川秀忠接到江戶急報，無奈放棄攻打小孤城率主力南歸江戶。秀忠的撤軍令得聯軍迅速分崩，在明軍皇協軍第一混成旅團長島津忠恒的勸降下，諸藩陸續拋棄秀忠，轉而向新日本國效忠。
至七月，撤回江戶的德川秀忠已經是死局，既無援軍，又無出路。
明軍方向，受國內叛亂影響，前線受到的壓力日益增加。第一軍司令官曹文耀在和尚鳥元的建議下命令對江戶實施火攻計劃。
此舉，讓江戶城陷入一片火海之中，保守估計約有三分之二的建築被燒毀。
26日，響應新日本國和皇軍號召的幕府有識之士在城中發起了叛亂，有識之士們打開了城門，明軍洶湧殺入，德川秀忠死。
至此，德川幕府宣告滅亡，日本正式迎來“明治時代”。
遠在京都的魏良臣公公聞訊後，欣喜題詞——“一個嶄新的時代到來了！”