顯祖有五個兒子，太祖努爾哈齊是其中的長子。太祖的母親是喜塔喇氏，她被稱為宣皇後。太祖是母親懷孕十三個月後才出生的。這一年是己未年，也就是明朝嘉靖三十八年。
太祖努爾哈齊儀表堂堂，氣宇軒昂，胸懷壯誌，內心深沉，聲音洪亮如鐘，記憶力超群，能記住所有見過的事物，並且善於招攬有才能的人。鄰部的古勒城主阿太被明朝的總兵李成梁所攻擊，阿太是景祖的女婿，景祖就帶著兒子和孫子去探望。一個叫尼堪外蘭的人誘使阿太打開城門，明兵趁機攻入並殲滅了他們，景祖和太祖的祖父都在這場災難中遇難。太祖和他的弟弟舒爾哈齊在戰亂中失蹤，李成梁的妻子看到太祖的相貌奇特，便偷偷放他們回去。在途中，太祖遇到了額亦都，他帶了九個人跟隨太祖。
太祖回到家鄉後，擁有了十三副鎧甲。五城的族人龍敦等人嫉妒太祖，以害怕明朝為借口，多次密謀侵害太祖，甚至派人在深夜偷襲，太祖的侍衛帕海因此喪命。然而，額亦都、安費揚古等人防備嚴密，曾在夜裡捕獲一名刺客，太祖卻表示：“放了他，不要結下仇怨。”太祖還派人向明朝申訴：“我的祖先有何罪而遭到如此**？”明朝歸還了他們的遺體。太祖又說：“尼堪外蘭是我的仇敵，我希望能夠抓住他。”但明朝並未允許。後來，薩爾虎城主諾米納、嘉木瑚城主噶哈善哈思虎、沾河城主常書等人率領部屬歸附太祖，太祖與他們結盟，並將女兒嫁給他們，從此有了用兵征戰的打算。這一年是癸未年，即明朝萬曆十一年，太祖二十五歲。
癸未年夏天五月，太祖起兵討伐尼堪外蘭，但諾米納的軍隊沒有到達，尼堪外蘭逃到甲版。太祖的軍隊攻克了圖倫城，尼堪外蘭又逃到河口台。太祖的軍隊追擊他，一直追到明朝邊境，明朝軍隊出現，尼堪外蘭逃到鵝爾渾。由於諾米納的背叛和泄露軍情，太祖的軍隊沒有取得戰果，太祖便殺了諾米納和他的弟弟奈喀達。五城的族人康嘉、李岱等人勾結哈達的軍隊來劫掠瑚濟寨，太祖派安費揚古、巴遜率領十二人追擊，奪回了所有被劫掠的財物並返回。
甲申年春天正月，太祖為了報複瑚濟寨之役，攻打了兆佳城。途中遇到了大雪，眾人都請求返回。太祖說：“城主李岱是我的同姓兄弟，卻為哈達做向導，怎能饒恕他！”於是繼續進軍，最終攻下了兆佳城。在此之前，龍敦曾唆使諾米納背叛太祖，又派人殺了噶哈善哈思虎，太祖找到他的遺骨並歸葬。六月，太祖討伐薩木占，為噶哈善哈思虎複仇。同時，太祖還攻擊了薩木占的同黨。
在訥申於馬兒墩寨的戰鬥中，太祖率軍**了四天，最終殲滅了敵軍。九月，太祖討伐董鄂部時遭遇大雪，當城中軍隊出城迎