十一月壬子日，任命張存仁為浙閩總督，羅繡錦為湖廣四川總督。癸醜日，前明朝的大學士王應熊、四川巡撫龍文光請求投降。甲寅日，任命吳景道為河南巡撫，命令巴山、康喀賴為左右翼，與洪承疇一同駐防江寧，朱瑪喇駐防杭州。同時，貝勒勒克德渾率領鞏阿岱、葉臣等人討伐湖廣的流賊二隻虎等人。己未日，朝鮮國王李倧請求立其次子淏為世子，皇帝準許了。丁卯日，朱瑪喇在餘杭擊敗了馬士英，和讬在富陽擊敗了方國安。然而，士英、國安又窺視杭州，但被梅勒章京濟席哈等人擊退。戊辰日，任命何洛會為定西大將軍，派遣巴顏、李國翰率領軍隊與他會合，討伐四川的流賊張獻忠。戊寅日，任命陳之龍為鳳陽巡撫。
十二月己卯朔日，出現了日食現象。乙酉日，前明朝的閣部黃道周侵犯徽州，洪承疇派遣張天祿擊敗了他。同時，前明朝的總兵高進忠率領其部下從崇明來投降。癸巳日，佟養和、金聲桓進兵討伐福建，並分兵攻打南贛，擊敗了前明朝的永寧王、羅川王、閣部黃道周等人的數十萬大軍。丙午日，朝廷更改了朝儀，開始禁止內監朝參。丁未日，朱瑪喇等人在浙東擊敗了方國安、馬士英。固原的賊人武大定作亂，總兵官何世元等人戰死。
這一年，朝鮮、歸化城的土默特部章京古祿格、鄂爾多斯部的**塔爾尼齊、烏朱穆秦部的**親王、席北部的額爾格訥、喀爾喀部的土謝圖汗、古倫迪瓦胡土克圖**、石勒圖胡土克圖、嘛哈撒馬諦塞臣汗、厄魯特部顧實汗子多爾濟**巴圖魯台吉以及**國、天方國都前來進貢。
三年春天的正月戊午日，貝勒勒克德渾派遣將領在臨湘擊敗了流賊，進而攻克了嶽州。辛酉日，固山額真阿山、譚泰因為犯罪受到處罰，阿山被免職，譚泰被投入監獄。流賊賀珍、孫守法、胡向化侵犯西安，何洛會等人成功將他們擊敗。金聲桓派遣將領在撫州攻擊前明朝的永寧王，俘虜了他和他的兒子朱孳榮等人，於是平定了建昌。丙寅日，前明朝的潞安王、瑞昌王率領軍隊侵犯江寧，侍郎巴山等人成功將他們擊敗。戊辰日，任命宋權為國史院大學士。己巳日，任命肅親王豪格為靖遠大將軍，率領多羅衍禧郡王羅洛宏、貝勒尼堪、貝子屯齊喀、滿達海等人率軍征討四川。前明朝的唐王朱聿釗的軍隊侵犯徽州，洪承疇派遣張
天祿等人將其擊敗，俘虜了他們的閣部黃道周並將其殺害，進而攻克了開化。
二月己卯日，貝勒勒克德渾在荊州擊敗了流賊，奉國將軍巴布泰等人追擊到襄陽，幾乎將流 賊全部斬殺。大軍進至夷陵，李自成的弟弟李孜等人率領其部眾前來投降。辛巳日，免除了密雲的荒賦。甲申日，廢除了江南舊設的部院，派遣在京的戶、兵、工三部滿、漢侍郎各一人駐守江寧，分彆處理部務。乙酉日，明朝魯王的將領劉福來援助撫州，但被梅勒章京屯泰擊敗。 何洛會派遣將領在蒲城擊敗了流賊劉文炳，流賊首領賀珍逃到武功。戊子日，任命柳寅東為順天巡撫。皇帝命令肅親王豪格分兵前往南陽，討伐流賊二隻虎、郝如海等人。丙申日，派遣侍郎巴山、梅勒章京張大猷率軍鎮守江寧，甲喇章京傅誇蟾、梅勒章京李思忠率軍鎮守西安。潛山、太湖的賊首石應璉擁立前明朝的樊山王朱常闒作亂，洪承疇派遣將領將其擊敗並斬殺。丙午日，命令貝勒博洛為征南大將軍，同圖賴一起率軍征討福建、浙江。
三月辛亥日，翻譯完成了《洪武寶訓》，並在國內外頒布發行。乙卯日，免除了近京居民因田宅被圈給旗人而另行撥補者的租賦一年。 丁巳日，何洛會在山陽擊敗了賊軍劉體純。己未日，任命王來用為總