在秋天七月，朝廷首次設立了六部的漢尚書和都察院的左都禦史，任命陳名夏、謝啟光、李若琳、劉餘佑、黨崇雅、金之俊為六部尚書，徐起元為左都禦史。
八月初，金聲桓、王得仁侵犯贛州，但被官軍擊退。陳泰、李率泰等人在長樂和連江擊敗了鄭彩，並收複了興化。朝廷命令和碩英親王阿濟格、多羅承澤郡王碩塞等人討伐天津的土賊。朝廷還禁止民間養馬和收藏軍器。任命王一品為鳳陽巡撫。朝廷還允許滿、漢官民可以相互通婚。任命夏玉為天津巡撫，張學聖為福建巡撫。
八月初一，金聲桓和王得仁率軍侵犯贛州，但被官軍擊退。之後，陳泰、李率泰等人在長樂擊敗了鄭彩的軍隊，並在連江再次擊敗他，收複了興化。又過了幾天，朝廷命令和碩英親王阿濟格、多羅承澤郡王碩塞等人去討伐天津的土賊。隨後，朝廷禁止民間養馬和收藏軍器。接著，任命王一品為鳳陽巡撫。朝廷還發布了命令，允許滿、漢官民之間可以相互通婚。最後，任命夏玉為天津巡撫，張學聖為福建巡撫。
九月初一，官軍在南康湖口捕獲了明朝的巡撫吳江等人，並將他們斬首。之後，和碩英親王阿濟格成功平定了曹縣的土賊。朝廷還封貝勒勒克德渾為多羅順承郡王，博洛為多羅端重郡王。隨後，和碩鄭親王濟爾哈朗被任命為定遠大將軍，負責討伐湖廣的賊軍李錦。此外，朝廷還封貝勒尼堪為多羅敬謹郡王。
十月初，和碩禮親王代善去世。不久，佟圖賴收複了寶慶。但降將劉澤清勾結曹縣的賊軍叛變，劉澤清及其黨羽李洪基等人都被處決。
十一月初，廣東叛將李成棟占據南雄，並勾結峒蠻侵犯贛州，但被巡撫劉武元等人擊退。總兵官任珍成功擊敗了賀珍的軍隊。朝廷在圜丘舉行祭天儀式，以太祖武皇帝配享。同時，追尊太祖以上的四世先祖為皇帝，並尊他們的配偶為皇後。之後，皇帝親自到太廟上冊寶。接著，因為配天及上尊號禮成，皇帝在宮殿接受朝賀，並宣布大赦。同時，和碩英親王阿濟格、多羅端重郡王博洛、多羅承澤郡王碩塞等人率師駐守大同，以防備喀爾喀。
十二月初一，朝廷命令郡王瓦克達、貝子尚善、吞齊等人前往阿濟格的軍隊。同時，調動八旗遊牧蒙古官軍的一半兵力，
駐守阿爾齊土蘇門哈達。之後，薑鑲在大同叛變，總督耿焞逃到陽和。朝廷免除了平山、隆平、清豐的受災賦稅。阿濟格開始**大同。朝廷再次派遣梅勒章京阿喇善、侍郎噶達渾前往阿濟格的軍隊。同時，免除了大同的受災賦稅。楊捷等人收複了都昌，並捕獲了明朝的兵部尚書餘應桂，將其斬首。最後，任命佟養量為宣大總督。
這一年，蘇尼特、紥魯特等部落前來朝見。朝鮮，喀爾喀