二月辛亥，任命吳正治為左都禦史。壬子，皇帝親自參加經筵，並命令講官每日輪流值班。戊辰，皇帝賜給八旗官學翻譯《大學衍義》。
三月丁醜，皇帝去查看麥子。壬午，平南王尚可喜請求退休，皇帝同意了；他請求讓他的兒子尚之信繼承他的封號和鎮守廣東的職務，但皇帝沒有同意，命令他撤除藩位回到遼東。癸巳，皇帝賜給韓菼等一百六十六人進士及第或出身，並有所區彆。
夏天四月丁巳，皇帝派官員去封暹羅國王。
五月壬申，學士傅達禮等人請求在夏至這一天停止講經。皇帝說：“學問之道，應該不間斷。所以不要停止。”
六月壬寅，起用張朝珍為湖廣巡撫，李之芳為浙江總督。丁未，皇帝在瀛台宴請群臣，並讓他們觀賞荷花。乙卯，禁止八旗以奴仆殉葬。
秋天七月庚午，平西王吳三桂上疏請求撤除藩位。皇帝同意了。丙子，繼位的靖南王耿精忠也上疏請求撤除藩位。皇帝也同意了。壬午，皇帝命令重修太宗實錄。
八月丁未，在保和殿對漢科道官進行考試，不稱職的官員被罷免。壬子，皇帝派遣侍郎折爾肯、學士傅達禮前往雲南，尚書梁清標前往廣東，侍郎陳一炳前往福建，去處理撤藩的事務。丁巳，皇帝諭令禮部：“祭祀大典，必須儀文詳細完備，才能昭告天地。請你們根據古典禮儀酌情商議後上報。”
九月戊辰，禮部尚書龔鼎孳請求退休，皇帝同意了。乙亥，京城發生地震，皇帝下詔要求官員們進行反省。
冬天十月壬寅，任命王之鼎為京口將軍。己酉，皇帝到南苑打獵。
十一月丁卯，前明宗室朱議潀因為蓄發被判處**。但皇帝下旨免其死罪，將他編入旗籍，並給他妻子和房屋。庚午，皇帝下詔讓民間開墾荒地，並從第十年開始征稅。
十二月壬子，任命姚文然為左都禦史。吳三桂反叛，殺了雲南巡撫朱國治，貴州提督李本深、巡撫曹申吉都投降了叛軍，總督甘文焜則戰死。丙辰，反叛的消息傳到京城，皇帝命令前鋒統領碩岱率領禁軍守衛荊州。丁巳，召回梁清標、陳一炳，停止撤除兩藩的命令。並命令加封孫延齡為撫蠻將軍，線國安為都統，鎮守廣西。還命令西安將軍瓦爾喀進軍守衛四川。京城有個叫楊起隆的平民偽稱自己是朱三太子，企圖起事。事情被發現後，楊起隆逃跑了，但他的同黨被逮捕並誅殺。皇帝下詔說奸民作亂已經被平定，不要牽連無辜，民眾也不要驚惶逃避。己
未，皇帝任命順承郡王勒爾錦為寧南靖寇大將軍，去討伐吳三桂。並將吳三桂的兒子、額駙吳應熊逮捕入獄。庚申，皇帝命令副都統馬哈達率兵駐守兗州，擴爾坤駐守太原，以備調遣。辛酉，皇帝命令各省巡撫仍兼管軍務。壬戌，皇帝下詔削去吳三桂的爵位，並公告中外。還命令都統赫業為安西將軍，會同瓦爾喀守衛漢中。任命倭內為奉天將軍。吳三桂攻陷了辰州。甲子，皇帝在太廟舉行合祭。
這一年，皇帝免除了直隸、山東、安徽、浙江、湖廣等省的二十六州縣衛的災害賦稅，並根據情況有所減免。朝鮮和安南都向清朝進貢。
在十三年甲寅的春天正月乙亥日，勒爾錦率領的軍隊開始行動。庚辰日，吳三桂攻陷了沅州。丁亥日，偏沅巡撫盧震放棄了長沙並逃跑。己醜日，朝廷命令提督佟國瑤守衛鄖陽。總兵吳之茂以四川為根據地反叛，巡撫羅森、提督鄭蛟麟都投降了他。朝廷命令總兵徐治都回到夷陵防守。庚寅日，世祖的第七子隆禧被封為純親王。任命席卜臣為鎮西將軍，守衛西安。
二月乙未日，是農曆的初一，太皇太後頒發了內帑（皇宮中的財物）來犒勞軍隊。丁酉日，欽天監新製造的儀象（天文儀器）完成。壬寅日，敵人侵犯澧州，守城的士兵以城池為條件叛變，提督桑峨退到荊州，常德陷落。朝廷命令鎮南將軍尼雅翰率領軍隊守衛武昌。癸醜日，皇上親自到經筵（皇帝講讀經史之處）聽講。任命趙賴為貴州提督。甲寅日，吳三桂攻陷長沙，副將黃正卿叛變響應他，並旁及衡州。朝廷命令都統覺羅朱滿守衛嶽州，但他還未到達，嶽州就已經失守了。辛酉日，朝廷命令刑部尚書莫洛加大學士銜，擔任陝西的經略使。孫延齡在廣西反叛，殺害了都統王永年，並抓住巡撫馬雄鎮囚禁起來。
三月乙醜日，朝廷命令整頓驛站，每四百裡設置一名筆帖式（負責文書工作的官員），用來傳遞軍報和探聽消息。命令左都禦史多諾等人到軍隊前線監督軍餉的發放。戊辰日，吳三桂的軍隊要侵犯夷陵，勒爾錦派遣軍隊擊敗了他們。庚午日，朝廷任命額駙華善為安南將軍，鎮守京口。庚辰日，耿精忠反叛，抓住了福建總督範承謨並囚禁了他，巡撫劉秉政投降了敵人。癸未日，鄖陽副將洪福反叛，提督佟國瑤擊敗了他。 壬辰日，襄陽總兵楊來嘉在穀城反叛。朝廷任命希爾根為定南將軍，尚書哈爾哈齊為他的副手。命令舒恕、桑遏、根特、席布等人率領軍隊前往江西。甲午日，西安將軍瓦爾喀攻占了