閏三月癸卯日，皇帝巡視近畿地區。乙醜日，皇帝命令內大臣喀代和尚書馬喇前往科爾沁四十九旗主持盟會。 丁卯日，吳三桂的將領林興珠到安親王軍前投降，皇帝下詔封他為建義侯，並命他隨軍剿滅賊寇。同時，逮捕並審訊了副都統甘度海、阿進泰，因為他們在江西剿滅賊寇時失去了戰機。
四月庚午日，海盜蔡寅攻陷了平和，進而逼近潮州。甲戌日，祖澤清侵犯電白，但尚之信和額楚擊退了他，澤清逃走。庚寅日，慶陽的土賊袁本秀作亂，官兵出擊並斬殺了他。
五月庚子日，是五月的第一天，海澄公黃芳世在軍中去世，皇帝命令他的弟弟黃芳泰繼承爵位。戊申日，福建總督郎廷相、巡撫楊熙、提督段應舉都被免職，任命姚啟聖為福建總督，吳興祚為福建巡撫，楊捷為福建水陸提督。甲寅日，皇帝到西郊觀看莊稼。額魯特部的濟農被噶爾丹逼迫，進入邊境，但被張勇驅逐了出去。
六月壬申日，尚善派遣林興珠在君山擊敗了吳三桂的水軍。丁亥日，因為盛夏天氣極度乾旱，皇帝親自到天壇祈雨。這一天，天降大雨。壬辰日，吳三桂的軍隊侵犯永興，都統伯宜理布和統領哈克山與他們交戰，戰敗犧牲。海盜侵犯廉州，總兵班紹明等人將他們擊退。吳三桂的軍隊又侵犯郴州，副都統碩岱與他們交戰，不利，逃往永興。丁酉日，皇帝下詔說：“自從軍事行動開始以來，將士們身披鎧甲，手持武器，在酷暑和嚴寒中，忍受著極大的勞苦，朕深感痛惜。命令兵部檢查軍中有負債的將士，由官府代為償還，戰死的和受傷的將士要撫恤他們的家屬。”
七月，鄭錦攻陷了海澄，前鋒統領希佛、副都統穆赫林、提督段應舉戰死。甲辰日，鄭錦侵犯泉州。甲寅日，任命安珠護為奉天將軍。壬戌日，任命魏象樞為左都禦史。丙寅日，召翰林院學士陳廷敬、侍讀學士葉方藹進入南書房任職。這個月，吳三桂在衡州稱帝。
八月己卯
日，安遠靖寇大將軍、貝勒尚善在軍中去世，皇帝命令貝勒察尼代替他的職務。庚午日，西洋國王阿豐肅的使臣進貢。癸未日，皇帝主持經筵，並將自己的詩集賜給陳廷敬等人。乙未日，吳三桂去世，永興的**被解除。同時，頒布並實施了康熙永年曆。丙申日，皇帝下詔說：“逆賊作亂，現在終於遭受了天譴。被牽連的人，應該從寬處理。 如果有悔悟並歸順的人，都不再追究。”
九月，皇帝奉太皇太後到湯泉巡遊，並前往孝陵晉謁。姚啟聖和拉哈達在蜈蚣山大敗海盜，劉國軒逃走，泉州的**被解除。
十月癸未日，皇帝巡視近邊地區，駐紮在灤河，檢閱了三屯營的軍隊。己醜日，將軍鄂內在石口擊敗了吳應麒。丁酉日，皇四子胤禛出生，他就是後來的世宗皇帝，他的母親是吳雅氏。
十一月己亥日，拉哈達上疏說海賊切斷了江東橋，增援泉州的軍隊難以進入。在籍的侍讀學士李光地為大軍擔任向導，修通了險路，接濟了軍需，請求給予獎勵。 皇帝下旨說：“李光地在變亂之初就秘密