這一年,朝廷免除了江南、福建、甘肅、湖廣等省二十六州縣衛的災賦,並根據受災情況給予不同的減免。同時朝鮮、琉球、安南等國家向朝廷進貢。
康熙五十九年庚子春正月丁酉日,皇帝命令撫遠大將軍胤禵轉移軍隊到穆魯斯烏蘇。同時,任命宗室延信為平逆將軍,率領軍隊進入西藏,並讓公策旺諾爾布參與軍事謀劃。此外,西安將軍宗查木被命令駐守在西寧,平郡王訥爾素則駐守古木。
二月甲辰日,皇帝巡視京郊。癸醜日,皇帝任命噶爾弼為定西將軍,率領四川、雲南的軍隊進入西藏,並冊封新胡畢勒罕為六世****。辛酉日,皇帝返回並駐留在申昜春園。
三月己醜日,皇帝命令雲南提督張穀貞駐防麗江、中甸。丙申日,命令靖逆將軍富寧安進軍烏魯木齊,散秩大臣阿喇衲進軍吐魯番,祁裡德率領七千士兵從布婁爾出發,傅爾丹率領八千士兵從布拉罕出發,同時進攻準噶爾。
夏季四月戊申日,皇帝巡視熱河。
五月辛巳日,因為旱災,皇帝征求建議。壬午日,下了雨。
六月己亥日,陝西遭遇饑荒,皇帝命令從河南運送糧食去賑災。丙辰日,保安、懷來發生地震,皇帝派遣官員去賑災。
秋季七月丙寅朔日,出現了日食。癸酉日,富寧安在阿克塔斯、伊爾布爾和韶兩地擊敗敵軍,並擒獲了他們的台吉垂木拍爾。阿喇衲的軍隊到達齊克塔木時遭遇敵軍,成功擊敗他們,並俘虜了全部敵軍。之後,他們繼續進攻皮禪城,並使其投降。當軍隊到達吐魯番時,當地的首領阿克蘇爾坦率領部眾投降。丙戌日,傅爾丹在格爾厄爾格擊敗敵軍,斬獲六百人,並活捉了寨桑貝肯,焚毀了他們的積聚後返回,貝肯被送到京城。祁裡德在鏗額爾河擊敗敵軍,並使其寨桑色布騰等二千餘人投降。
八月戊戌日,皇帝進行狩獵。庚子日,琉球請求讓其陪臣的子弟進入國子監讀書,皇帝答應了。癸醜日,平逆將軍延信在卜克河連續擊敗敵軍。丁巳日,又在綽馬喇擊敗敵軍,敵軍將領策零敦多布逃跑。定西將軍噶爾弼率領副將嶽鐘琪從拉裡進軍。戊午日,攻克西藏,逮捕了一百多名依附敵軍的**,斬殺了他們的五個頭目,安撫了唐古特、土伯特人,西藏得以平定。皇帝任命高其倬為廣西巡撫。
九月壬申日,平逆將軍延信用軍隊護送****進入西藏坐床。富寧安的軍隊進入烏魯木齊,哈西哈回人投降,軍隊返回至烏蘭烏蘇。戊寅日,因為雲貴總督蔣陳錫、巡撫甘國璧的軍糧供應延誤,他們被免職,但仍被命令運送糧食進入西藏。
冬季十月癸卯日,皇帝返回京城。他下詔再次從河南運送糧食到陝西賑災。第二年,河南的漕糧將按數量補還倉穀,其餘的漕糧將留在河南。甲辰日,朝鮮國王李焞去世。皇帝下詔說:“李焞襲封五十年,恭敬地奉行藩國的職責,慈愛地治理民眾。現在聽說他去世,我深感悲痛,立即命令他的兒子李昀繼承王位。他進貢的物品全部帶回,並查詢撫恤的典禮具體上奏。”皇帝還下詔蠲免陝西、甘肅兩省康熙六十年的地丁銀一百八十八萬兩零,並預先發放本年的軍餉以應對兵力拮據的情況。同時,他還賞賜了進藏的官兵。甲寅日,戶部尚書趙申喬去世,皇帝賜予他祭葬,並諡號恭毅。丁巳日,皇帝命令撫遠大將軍胤禵商議明年的軍事行動。戊午日,因為陝西、甘肅歉收,皇帝命令同時用銀兩和糧食進行賑災,直到麥收為止。
在十一月辛