這一年，朝廷免除了江南、福建、甘肅、湖廣等省二十六州縣衛的災賦，並根據受災情況給予不同的減免。同時朝鮮、琉球、安南等國家向朝廷進貢。
康熙五十九年庚子春正月丁酉日，皇帝命令撫遠大將軍胤禵轉移軍隊到穆魯斯烏蘇。同時，任命宗室延信為平逆將軍，率領軍隊進入西藏，並讓公策旺諾爾布參與軍事謀劃。此外，西安將軍宗查木被命令駐守在西寧，平郡王訥爾素則駐守古木。
二月甲辰日，皇帝巡視京郊。癸醜日，皇帝任命噶爾弼為定西將軍，率領四川、雲南的軍隊進入西藏，並冊封新胡畢勒罕為六世****。辛酉日，皇帝返回並駐留在申昜春園。
三月己醜日，皇帝命令雲南提督張穀貞駐防麗江、中甸。丙申日，命令靖逆將軍富寧安進軍烏魯木齊，散秩大臣阿喇衲進軍吐魯番，祁裡德率領七千士兵從布婁爾出發，傅爾丹率領八千士兵從布拉罕出發，同時進攻準噶爾。
夏季四月戊申日，皇帝巡視熱河。
五月辛巳日，因為旱災，皇帝征求建議。壬午日，下了雨。
六月己亥日，陝西遭遇饑荒，皇帝命令從河南運送糧食去賑災。丙辰日，保安、懷來發生地震，皇帝派遣官員去賑災。
秋季七月丙寅朔日，出現了日食。癸酉日，富寧安在阿克塔斯、伊爾布爾和韶兩地擊敗敵軍，並擒獲了他們的台吉垂木拍爾。阿喇衲的軍隊到達齊克塔木時遭遇敵軍，成功擊敗他們，並俘虜了全部敵軍。之後，他們繼續進攻皮禪城，並使其投降。當軍隊到達吐魯番時，當地的首領阿克蘇爾坦率領部眾投降。丙戌日，傅爾丹在格爾厄爾格擊敗敵軍，斬獲六百人，並活捉了寨桑貝肯，焚毀了他們的積聚後返回，貝肯被送到京城。祁裡德在鏗額爾河擊敗敵軍，並使其寨桑色布騰等二千餘人投降。
八月戊戌日，皇帝進行狩獵。庚子日，琉球請求讓其陪臣的子弟進入國子監讀書，皇帝答應了。癸醜日，平逆將軍延信在卜克河連續擊敗敵軍。丁巳日，又在綽馬喇擊敗敵軍，敵軍將領策零敦多布逃跑。定西將軍噶爾弼率領副將嶽鐘琪從拉裡進軍。戊午日，攻克西藏，逮捕了一百多名依附敵軍的**，斬殺了他們的五個頭目，安撫了唐古特、土伯特人，西藏得以平定。皇帝任命高其倬為廣西巡撫。
九月壬申日，平逆將軍延信用軍隊護送****進入西藏坐床。富寧安的軍隊進入烏魯木齊，哈西哈回人投降，軍隊返回至烏蘭烏蘇。戊寅日，因為雲貴總督蔣陳錫、巡撫甘國璧的軍糧供應延誤，他們被免職，但仍被命令運送糧食進入西藏。
冬季十月癸卯日，皇帝返回京城。他下詔再次從河南運送糧食到陝西賑災。第二年，河南的漕糧將按數量補還倉穀，其餘的漕糧將留在河南。甲辰日，朝鮮國王李焞去世。皇帝下詔說：“李焞襲封五十年，恭敬地奉行藩國的職責，慈愛地治理民眾。現在聽說他去世，我深感悲痛，立即命令他的兒子李昀繼承王位。他進貢的物品全部帶回，並查詢撫恤的典禮具體上奏。”皇帝還下詔蠲免陝西、甘肅兩省康熙六十年的地丁銀一百八十八萬兩零，並預先發放本年的軍餉以應對兵力拮據的情況。同時，他還賞賜了進藏的官兵。甲寅日，戶部尚書趙申喬去世，皇帝賜予他祭葬，並諡號恭毅。丁巳日，皇帝命令撫遠大將軍胤禵商議明年的軍事行動。戊午日，因為陝西、甘肅歉收，皇帝命令同時用銀兩和糧食進行賑災，直到麥收為止。
在十一月辛