八月戊子日，皇帝任命阿桂為定西將軍。同時，任命於敏中為文華殿大學士，舒赫德掌管刑部，劉統勳專管吏部。己醜日，皇帝任命程景伊為協辦大學士。並調王際華為戶部尚書，蔡新為禮部尚書，嵇璜為兵部尚書。任命閻循琦為工部尚書。戊戌日，皇帝任命明亮為定邊右副將軍，富德為參讚大臣。壬寅日，皇帝前往木蘭圍場進行狩獵。
九月壬戌日，皇帝將海蘭察降職為領隊大臣。甲子日，皇帝回到避暑山莊。戊辰日，皇帝送皇太後回京。己巳日，索諾木帶著僧格桑回到了大金川，並派他的哥哥岡達克前往美諾。皇帝下詔命令阿桂趁機收複失地。同時，皇帝同意了戶部提出的開設金川軍需捐例的請求。壬申日，皇帝從避暑山莊返回京城。甲戌日，皇帝任命多敏為科布多參讚大臣，車木楚克紥布為烏裡雅蘇台參讚大臣。戊寅日，皇帝陪同皇太後返回京城。庚辰日，吏部尚書讬庸退休，皇帝調官保為吏部尚書。同時，任命英廉為刑部尚書，並繼續兼任戶部侍郎。
冬季
十月乙巳日，和碩諴親王允秘去世。己酉日，皇帝剝奪了車布登紥布定邊左副將軍的職位，但仍保留他的親王頭銜，任命瑚圖靈阿代替他的職位。
十一月丁卯日，阿桂等人奏報進攻小金川，攻克了資哩山梁等地，收複了沃克什官寨。戊辰日，皇帝命令福祿前往西寧辦事，並召伍彌泰回京。己巳日，阿桂等人奏報已經克複美諾，皇帝命令他們繼續進攻金川。辛未日，軍機大臣、大學士劉統勳去世，皇帝親自前往賜奠，並追贈他為太傅。壬申日，皇帝召梁國治來京，讓他在軍機處行走。同時，調巴延三為湖南巡撫，任命畢沅為陝西巡撫。癸酉日，明亮等人奏報已經克複僧格宗等碉寨。
十二月癸巳日，皇帝任命彰寶為雲貴總督。辛醜日，皇帝任命李侍堯為武英殿大學士，並繼續管理兩廣總督事務。
這一年，朝鮮和安南都向朝廷進貢。
三十九年春季正月丙子日，皇帝任命姚立德為河東河道總督。丁醜日，阿桂等人攻克了讚巴拉克等山