但是這一次，政府失算了，這多人被流放到地表上以後，最終有3000多人在殘酷的環境中存活了下來，並且在往後的多年內持續吸納被流放的罪犯，在地表成立了一個新的政府！地下城的政府把這個新生勢力視為眼中釘肉中刺，但又無可奈何：現在的地球表麵充斥著高劑量的輻射，除了沙漠和高山雪線以上的範圍內，其餘的地方包括山脈和峽穀中布滿了各種變異植物，而無數凶殘可怕的變異生物就潛藏在這連綿不斷的森林裡……派部隊上去硬剛？不可能的好嗎。還是待在地下，享受人生吧！
與醉生夢死的地下城的人們相比，在地表的人們為了生存，是拚儘了全力。這些“罪大惡極”的人中，真正的壞人隻是其中很少一部分，大多數人是因為反對政府的黑暗統治而被流放的義士。他們到了地表上以後，為了建立一個能提供基本保障的生存區披荊斬棘，無數人為此付出了生命的代價，一方麵要抵禦高溫、嚴寒和輻射等自然災害，另一方麵還要抵禦野外生物的騷擾。這一批被流放的5萬多人，在損失了多人的情況下，他們才建立起了第一個小村落；在又損失了多人的情況下，他們才獲得了周邊那些生物的認可——地表的那些“原住民”在拋下數萬具屍體後得出了這些“新來的”不好惹的結論，隨後便嘗試著與這些新鄰居和平共處——這是自然選擇的結果。每種生物在遇到競爭對手以後都會通過爭鬥來確認雙方在食物鏈中的地位，如果確認對方也是屬於食物鏈頂端的存在，便會合理的分享領地，而不會去選擇把對方滅掉，自己獨享領地——要是這種動不動就要滅族的情況存在的話，非洲大草原上將不可能有獵豹、鬣狗等多種多樣的食肉動物，而是獅子一統天下了。再說了，地表上的生物在經曆過大災變以後，有一部分生物已經進化出了智慧，它們覺得可以與人類合作，所以作出了這種選擇。也許你會覺得驚訝，人類用了五十萬年才做到的事，怎麼它們用了幾千多年就做到了？原因就出在大災變上。大災變之後，原本居住在地球上的所有生物在高能粒子、x射線和γ射線的照射下，基因突變率翻了幾十倍，這等於強行把生物的進化速度撥快了幾十倍！高變異率帶來了兩個影響，一是後代的高死亡率，二是後代的高進化率。物競天擇、適者生存這一自然法則在這時得到了集中體現。所有生物，包括植物、動物甚至真菌等，要麼在這輪大災變後飛速進化，適應環境，得以生存下去，要麼就無情的被自然淘汰。反觀人類，在移居地下以後遠離了危險的環境，沒能進一步進化，所以在千年以後仍然不敢輕易踏上地表。而此時地表的某些生物——例如狼和老鼠等已經進化出了一定的智慧，在地麵上構建起了村落的雛形。這些生物在發現有“新來的”和他們搶地盤以後，便指揮它們的手下發起了攻擊。請注意，這些地表上的“原住民”發動的攻擊並不是為了殺死這些新來的，也不是為了取得食物——畢竟在他們眼中，這些長得奇形怪狀的生物也不一定好吃。而是為了確定這些外來者在食物鏈中的地位，如果這些新來的戰鬥力一般，在食物鏈中的地位不高，他們也不介意殺光他們，搶回自己的地盤；如果這些新來的戰鬥力足夠強，和它們一樣都是位於食物鏈最頂端的那一層，那他們會考慮與他們和平共處甚至合作，畢竟，在這種危機四伏的惡劣環境下，能多結交一個朋友總比多招惹一個敵人強——當然，被流放的新人類也是這麼想的。
接下來的事情就順理成章了，人類畢竟曾經輝煌過，擁有強大的底蘊，人類提供了技術支持和工具，幫助新崛起的異族中的狼人一族正式建立了城市和國家，而狼人一族充分發揮了他們強大的戰鬥力，橫掃八荒。其實，當時地球上鼠人一族的勢力更強大，但為什麼人類會選擇狼人作為他們的盟友呢？因為人類對老鼠有一種天生的厭惡感，所以對於生性猥瑣的鼠人一族也充滿了敵意。後來，在經曆了一千多年的發展後，地表上的人類人口已經破億，他們和狼人一族聯合在了一起，逐步擊敗狼人族的主要競爭對手——鼠人族，建立起了大災變以後的第一個國家，宣布統一了地球表麵。呃，好吧，官宣什麼的，都是說說而已。其實說“統一”地球表麵似乎有點誇張了，應該這麼說，新人類和狼人建立了城市和國家，把鼠人和其他異族趕進了山林裡。畢竟從城市規模上來說，和人類當年的大都市相比，現在的城市實在是小得可憐，當時地球上最大的城市——夜闌城也隻有200萬人（狼）口。而且狼人族和人類聯軍控製的城市全部都集中在亞歐大陸上，美洲大陸對於他們來說，完全是一片未知。所有人狼聯盟控製的地盤加起來，也僅僅占了地球陸地麵積的10%而已，但是，這畢竟是大災變以後人類在地麵上建立起來的新城市啊！而且這是被流放者新建立起的國家啊！在經曆了幾十代人的努力後，他們終於重建起了國家，這該是多麼讓人興奮的事情啊！
而地下城的人類在得知了這一消息以後，可就不那麼開心了。在他們眼裡，這些“叛徒”竟然在地表上活了下來，我可以接受，但是你們竟然夥同狼人一起成立了偽政府，這是絕對不能容忍的！秉承“敵人的敵人就是朋友”這一原則，他們與鼠人一族達成共識，迅速結成了盟友，開始向地表的新人類宣戰。而後的一千多年便是曆史書上被稱之為《千年戰爭》的一段時期，從公元6543年一直打到了公元7890年，期間地上城和地下城互有勝負，但是誰也沒有能力徹底擊垮對方，但是這一切隨著公元7878年知識密封準則被不明身份的外星人打破戛然而止。《宇宙大統一理論》和《魂能論》被傳到地球上以後，地上城的新人類在占儘天時地利人和的情況下，以摧枯拉朽之勢擊潰了地下城的舊人類，把他們趕出了亞歐大陸，萬般無奈之下的舊人類最後選擇了戰略性的撤退，以期卷土重來，他們來了一場“新·敦刻爾克大撤退”，足足有1億多人再次從這個曆史上曾經發生過一次大撤退的地方登船，逃離了亞歐大陸，隻不過，這次他們的目標不是大不列顛島，而是遙遠的未知的美洲大陸。當然，新人類最後也沒有選擇趕儘殺絕，畢竟大家都是人類，而且這一億多人中，絕大多數是平民，屠殺平民這種事情他們可做不出來。