於是乎在第一時間就隱藏了起來。
劇情一如既往的展開，太一被困發信息求救，他的妹妹八神嘉兒（八神光）和高石武以及二手輔聞訊趕來。
然而沒有勇氣的數碼裝甲，v仔獸無法進化為裝甲體的烈焰獸，在黑暗之塔的範圍內更沒有辦法正常進化，看似儘在一乘寺賢化名的暴龍改造者掌握中的時候雅木茶出手了。
他在暗中破壞了黑塔之塔，解除了這場危機。
直到眾人離開數碼世界雅木茶也沒有出場的意思。
主角團目標太大，容易被盯上，比如暗中潛伏的貝利亞吸血魔獸和他的部下亞基利獸和木乃伊獸，以及隻露過數麵的四聖獸。
第二部的劇情時間線跨度說句實話並不長，從開始到結束也就幾個月的時間，其中上半部分還基本是邊玩邊冒險的劇情，相比起第一部緊湊的劇情要輕鬆很多。
於是雅木茶便離開了這個世界，超能力訓練盒那瞬間移動的能力即將在近期完成，而多邊獸2型則被一直留在數碼世界，一邊發展獲得能多的權限，一邊完成雅木茶布置給他的任務。
時間很快便過去.
“原來如此是黑暗之海。”
劇情已經發展到八神嘉兒在現實世界被召喚，來到了那片黑色大海的地方，也正是雅木茶先前看到的景象。
黑暗之海，也可以稱呼為達高獸之海，是數碼寶貝係列二代挖的一個史前巨坑，而且疑似是被遺忘的那種，即使到了02最新劇場版《最初的召喚》裡也沒有被提及。
召喚他的與召喚八神嘉兒的屬於同一生物，正是那群看似奇蛙獸但具體身份不明的黑色怪物。
區彆在於，它們把八神嘉兒當做繁殖對象，似乎把雅木茶當成了‘神’來召喚。
但雅木茶沒有在這裡多做停留，離開前深深的看了一眼那片黑色海域，在黑暗之海劇情的最後，達高獸的身影顯現出來過。
但這不是最重要的，據說黑暗之海深處隱藏著七大魔王之一的利維亞獸，一乘寺賢的神聖計劃也是在這片海域進化為d3暴龍機的，而且從究極魔獸不排斥進入黑暗之海甚至喊出‘你們會後悔讓我進入那片海域’這句話中可以看出，這片海域才是第二部最恐怖也是最神秘的地方。
在多邊獸2型的指引下，雅木茶來到了一座山脈前，他的麵前矗立著足足一百座的黑暗之塔。
這些都是一乘寺賢在無意識的時候製造的，或許連他本人都不知道為什麼要在這裡製作數量如此之多的黑暗之塔。
但雅木茶知道。
“多邊獸2型，將這些黑暗之塔全部改造，將桃太郎團子的分析數據植入進去，使用的對象是我，另外把我的信息也植入進去。”
多邊獸2型點點頭消失在那無數黑暗之塔中。
沒有過去多久，暴龍改造者被擊敗了.無數數碼獸得到了解放
伴隨蟲蟲獸的犧牲，那頭如魔神化身一樣的基米拉獸也一同消失.
數碼世界看似恢複了和平，其實也才剛剛開始，各方隱藏的勢力都開始蠢蠢欲動起來。
做為貝利亞吸血魔獸代言人的亞基利獸和木乃伊獸出現，她毫不留情的嘲諷著一乘寺賢，同時利用自己的頭發激活黑暗之塔用於製造數碼獸。
他們的目的是破壞聖石，乾擾四聖獸，攪亂數碼世界的平衡。