王琦被任命為副總負責人後，便立刻投入了工作。他首先整頓了工匠隊伍，選拔了一批技藝高超、忠誠可靠的工匠作為骨乾。同時，他還設立了嚴格的監督機製，確保每一筆資金都用在刀刃上。
然而，整治大運河的工作並非一帆風順。那些貪官汙吏們見王琦動了真格，開始暗中阻撓。他們勾結一些不法商人，企圖通過賄賂來收買王琦。但王琦性格剛正，堅決拒絕了他們的誘惑。
這天，王琦正在工地上忙碌著，突然接到一封密信。信中寫道：“今夜子時，有人在城南破廟等你，有要事相商。”王琦心中一動，知道這可能是那些貪官汙吏的詭計。他決定親自去會一會這個神秘人物。
子時，王琦悄然來到城南破廟。隻見一個黑影在廟門口徘徊，一見王琦，便迎了上來。那人壓低聲音道：“王大人，我家大人有請，有筆大生意想與您談談。”
王琦冷笑一聲：“什麼大生意？莫不是想讓我同流合汙，一起貪汙公款吧？”
那人臉色一變，但隨即又恢複了平靜：“王大人說笑了，我家大人隻是想與您交個朋友而已。”
王琦不再廢話，一把揪住那人的衣領，厲聲道：“我王琦雖然出身貧寒，但也知道什麼是正義，什麼是邪惡！你們這些貪官汙吏，休想拉攏我！”
就在這時，破廟內突然衝出一群黑衣人，手持刀劍，向王琦撲來。王琦雖然勇猛，但雙拳難敵四手，很快便陷入了苦戰。
就在這時，一陣馬蹄聲由遠及近，原來是朱壽得知王琦可能有危險，親自帶兵前來救援。朱壽率領侍衛們奮勇殺敵，很快便將黑衣人擊退。
王琦見朱壽親自前來救援，心中感激不已。他跪倒在地，哽咽道：“陛下，臣險些喪命於此，幸得陛下相救！”
朱壽扶起王琦，拍了拍他身上的塵土，沉聲道：“王琦，你是朕的忠臣，朕豈能讓你白白犧牲？這些貪官汙吏，朕定要一一嚴懲！”
王琦眼中閃爍著堅定的光芒：“陛下，臣願與陛下並肩作戰，直至大運河的問題得到徹底解決！”
朱壽點了點頭，目光如炬：“好，朕就與你一同整治這大運河的亂象！朕要讓百姓們看到，朕的朝廷是有能力、有決心解決這些問題的！”
接下來的日子裡，王琦與朱壽攜手合作，整治大運河的工作取得了顯著的成效。那些貪官汙吏被一一查辦，工匠們的工錢得到了保障，工程進度也得到了明顯的提升。
王琦還親自設計了一套新的水利係統，使得大運河的運輸能力得到了極大的提升。原本淤塞的河道變得暢通無阻，船隻往來如梭，大運河再次煥發出了勃勃生機。
朱壽看著這一切，心中不禁湧起一股豪情。他知道，這一切都離不開王琦的辛勤付出和聰明才智。他決定，等大運河的問題徹底解決後，一定要重重賞賜王琦。
然而，就在大運河即將竣工之際，一場突如其來的洪水打破了這份寧靜。洪水洶湧而來，勢不可擋，大運河的堤壩在洪水的衝擊下岌岌可危。
王琦聞訊後，立即趕到現場指揮抗洪救災。他親自率領工匠們加固堤壩，疏導洪水。在王琦的帶領下，大家齊心協力，終於將洪水成功擋在了堤壩之外。
然而，在這場抗洪救災中，王琦卻不幸身受重傷。他躺在病榻上，臉色蒼白，但眼中卻依然閃爍著堅定的光芒。