聖卡塔琳娜州人口約七萬，戰爭爆發後，一部分當地白人居民因為恐懼華人獨立軍，選擇離開聖卡塔琳娜州，前往後方巴拉那州，交戰近一個月，留在當地的巴西人不到四萬人，其他人口不是離開便是進了華人獨立軍的戰俘營地。
相比較占領南裡奧格蘭州，進軍聖卡塔琳娜州華人獨立軍損失更大一些，至沿伊瓜蘇以北推進的部隊遇到巴西駐軍，華人獨立軍總傷亡人數達到2600人，其中進攻當地巴西軍隊傷亡兩千人，其餘600人則是在小規模衝突中被當地巴西人襲擊傷亡的士兵人數。
華人獨立軍在南裡奧格蘭州強製驅逐當地居民的做法引起聖卡塔琳娜州巴西人的恐慌和憤怒，為了保護自己的土地和財產，大量巴西青壯組成小股武裝襲擊華人獨立軍分散部隊，迫使華人獨立軍不得不派出大量部隊維持占領區治安。
送彆劉樸等參加談判的一隊人，李明遠把精力投入了到清理當地反叛勢力的圍剿行動中。
經曆過圍剿南裡奧格蘭州遊擊勢力的經驗，麵對聖卡塔琳娜州的抵抗份子，李明遠有了明確的目標性和針對性。
首先抵抗勢力的領導者主要是當地的大地主階級，華人獨立軍開進聖卡塔琳娜州，利益受損最為嚴重的就是他們，而參與戰鬥的則是底層白人和無地印第安人，他們受到當地大地主的雇傭和華人獨立軍對抗。
對於敢於反抗的當地地主，沒什麼好說的消滅他們，把他們的土地財產全部剝奪，至於沒油水的底層巴西人，李明遠已經想好對付他們的方法，拉一批打一批，
主動舉報揭發叛亂武裝的赦免他們對他們的處罰並且獎勵土地財富，而那些選擇和華人獨立軍對抗到底的巴西人則徹底消滅，震懾占領區的普通居民。
一手大棒一手蘿卜，在先後消滅幾股勢力較大的反叛勢力之後，李明遠停止惡意驅逐當地居民的政策，然後向留下來的巴西人保證，檢舉揭發身邊的叛亂份子，你們的土地財富不僅可以保全，還能夠得到華人獨立軍的獎勵。
新的政策修改過後，當地居民雖然沒有大規模舉報叛亂份子，不過聖卡塔琳娜州的治安環境卻改善許多，當地居民的土地財富得到保證，又活生生看到一批批叛亂份子被執行槍決定，大部分人不敢冒著生命危險幫助叛亂份子，而隨著時間的推移，失去當地居民支持的叛亂份子日子越來越難過，一個個叛亂勢力被緊密圍剿的部分包圍剿滅，一些心懷二意的叛亂份子主動向華人獨立軍投誠，指引圍剿部隊找到叛亂份子的藏身之地，然後將他們一網打儘。
持續二十多天的圍剿行動隨著最後一批叛亂勢力投降宣告結束，遭受動亂和擔驚受怕的當地居民逐漸恢複正常生活。
二十多天的治安作戰總共剿滅俘獲2000餘人與叛亂有關的當地巴西人，2000多人之中直接參與叛亂的巴西人占據一半，剩下的則是為叛亂份子提供幫助的當地居民。
抓住叛亂份子，再像在南裡奧格蘭州那樣直接投入集中營進行勞動行不通，因為巴西通過英國人傳過消息，抗議華人獨立軍鎮壓普通居民，受製於巴西和英國人的壓力，李明遠選擇一定程度妥協，不將叛亂份子等同於戰俘，不過作為參與叛亂的懲罰，他們的土地全部沒收，並且會被強製送出聖卡塔琳娜州。
兩千叛亂份子被驅逐出境，原本居住在聖卡塔琳娜州的人口再一次減少，印第安人和少量黑人奴隸被掃蕩一空，隻剩下不到三萬白人和印第安白人混血兒留了下來，聖卡塔琳娜州的人口下降到一個極低的水準。
強製驅逐當地居民招致控製區域內巴西人的反抗和巴西帝國的強烈抗議，但是對於李明遠而言，這些代價都是值得的，隻有驅逐大部分當地人，華人才能占據大多數，華人獨立軍的統治根基才能穩固。
紛紛繁繁的治安作戰結束，劉樸為代表的談判團隊也從巴西歸來，帶來了談判達成和消息。
談判不是一帆風順，五方代表針對一個個協議內容討價還價，曆時半個月終於達成一個讓各方勉強接受的協議，其中關係到華人獨立軍方麵的協議一共八條，分彆如下：
1巴西帝國同意南裡奧格蘭州和聖卡塔琳娜州歸華人獨立軍所有，伊瓜蘇格以南區時由華人獨立軍控製，主權問題暫時擱置，其餘控製地區交還巴西帝國，兩方在前線劃定邊境線。
2南裡奧格蘭州和聖卡塔琳娜州合並為南裡奧格蘭公國，南裡奧格蘭公國加入巴西帝國，為巴西帝國不可分割的神聖領土，同時巴西帝國不乾涉南裡奧格蘭公國內政，允許南裡奧格蘭公國自治。
3釋放曆次作戰中被俘的巴西士兵，限期一個月內完成。
4停止驅逐當地白人，由白人自己決定是否離開，如果當地白人選擇離開，華人獨立軍需要按照土地財產支付不低於五成財產折算價值的賠償。
5巴西帝國解除對華人的封鎖，華人獨立軍可以從巴西購買需要的商品物資。
6華人獨立軍承諾不與巴拉圭、秘魯、玻利維亞締結對抗巴西的軍事條約。