可就在亞特迪斯號剛回收了海豚202號時，天氣驟變，不過數分鐘，就從晴空萬裡變的陰雨密布，刮起了狂風，掀起了駭浪，而後就是密集的暴雨，無邊的烏雲，將露露耶周圍籠罩的如黑夜一般，隻有一道道閃電劃過時，才能看到些光亮。
惡劣的條件，讓勘察隻能暫停，等待好轉，可是一連十多個小時過去了，狂風暴雨不見停歇，迪迦也不見歸來，於是在總監的命令下，tpc的艦隊在第二日的正午時分，闖入了暴風雨，準備去往露露耶的上方，投放深海無人潛航器。
一同出發的除卻飛燕ex-j，還有亞特迪斯號在更高的空域待命，隨時準備應對突發狀況，而在外太空，三角洲宇宙站也變軌到了露露耶的正上方，tpc出動了最大規模的戰團。
“這裡是大古，目前一切正常。”大古說著，一拉控製杆，駕駛著飛燕ex-j繼續繞圈。
“明白，繼續待命。”頭盔內置通訊器中傳出宗方的聲音，此刻他正在澳洲分部，不遠處的停機坪上，新組建沒多久的澳洲小隊全體登上戰鬥機，隨時準備起飛，前去支援。
克裡莫斯諸島會議，控製總監失敗
在距離克裡莫斯諸島八百公裡、深度一千米的海底，發現了大規模的人工造物即露露耶遺跡，開始探查那裡，發閃電人殲滅戰，種族之間的戰鬥，無論最開始是誰的錯，但隻要你是人類，就必須站在人類的立場上基裡艾洛德人被打敗，使得一直默默注視地球的戴西斯星係人開始活動，準備侵占地球
基裡艾洛德人通過行星聯盟發布任務，要求強大的宇宙人裡地球公開挑戰迪迦，並且破壞，從而出現受害者有罪論：如若不是迪迦在地球，怎麼會發生這樣的事情，不管是怪獸還是宇宙人，都是因為迪迦在地球的原因
閃電人的多次出現，讓等離子體暴走，地球空氣中的電離子增多，被茜拉供養著的主人靈魂得以現身，求助想讓茜拉不再那麼痛苦玄鳳鸚鵡茜拉如杜鵑啼血，迪迦將從人類那裡獲得的光，給了茜拉根津正親物理學博士北海道能源開發研究所所長1988年家裡發生爆炸
人類對艾勃隆細胞的研究導致了大量地球怪獸的誕生，莫拉特王，人類導致怪獸出現，然後怪獸再報複人類怪獸因不同的原因而蘇醒，但每次消滅他們的理由都是一樣的，這個世界並沒有怪獸的容身之地它並不想傷害任何人，它想存在著，找個可以容納它的地方。很可惜，這個世界不存在它的容身之處，因為它的存在即是錯誤。
娜迦人停止進攻，就像劫匪手裡的槍，隻有開火才知道真假，恐龍人知道了人類想消滅閃電人，因此恐龍人放棄了和人類商談的天真想法，根本不相信人類會和恐龍人和諧相處。飛船裡是一群娜迦人的難民，母星被龐大的斯菲亞母體吞噬，倉皇逃竄。了艾克斯的世界，成了個無名的編劇，英二導演不知道，但絕不是個好消息，更壞的消息是那個孩子還沒想起來，他很想去問‘你到底是不是那個宇宙人派來消滅怪獸的’，可冥冥中卻有個聲音在阻止他這麼做，而那個聲音的源頭還是手中的紅寶石。