眼下閹黨和東林黨不僅是水火不容，更是鬥爭到了極其激烈的程度。在幾個月前，東林黨的骨乾楊漣寫了一封奏折，上書彈劾魏忠賢二十四大罪，罪名分彆是迫害先帝舊臣、以宦官身份乾預朝政，逼死後宮賢妃，操縱東廠濫施淫威等等，最後還指出魏忠賢專權的惡果是“致掖廷之中，但知有忠賢，不知有陛下；都城之內，亦但知有忠賢，不知有陛下也。”
這奏折原本楊漣是打算在朝會時當著皇帝和大臣的麵直接上書的，可沒想到當天朝會因為天啟皇帝身體不適臨時取消了。楊漣無奈就以左副都禦史的身份遞交宮內，這奏折直接就先落到了魏忠賢的手裡。
看完奏折內容，魏忠賢心中大恐，卻不敢隱瞞，連忙帶著奏折去見了天啟皇帝。
見到天啟皇帝後，魏忠賢遞上楊漣的奏折，跪地大呼冤枉，一把眼淚一把鼻涕哭得淒慘無比。
天啟皇帝取過奏折翻開，看完後並沒生氣，楊漣奏折裡所說的內容大部分都是無稽之談，根本沒影子的事，至於有些事的確有，但天啟皇帝心裡清楚，這些事根本不管魏忠賢的事，是他授意魏忠賢乾的，魏忠賢隻是為自己背了黑鍋罷了。
魏忠賢從一開始就是天啟皇帝的一把刀，他所做的一切都是天啟皇帝的授意。天啟皇帝又不傻，怎麼可能因為楊漣彈劾魏忠賢就辦他呢？自己這條忠狗還要留著咬人呢，楊漣告狀告到了狗主人頭上，簡直就是可笑。
不僅如此，天啟皇帝還從這奏折看到了一個機會，那就是借題發揮搞垮東林黨的良機。
這幾年裡，魏忠賢的閹黨和東林黨鬥的不可開交，雙方誰都奈何不了誰，而隨著時間推移，不少官員的陸續投靠也使得閹黨的勢力越發壯大，東林黨從最開始的占據上風漸漸成了勢均力敵，並開始有落入下風的跡象。
這是天啟皇帝樂於看到的結果，楊漣這一手看似狠辣，直接打中了魏忠賢的要害。可實際上楊漣這麼做是再蠢不過的舉動，在政治上鬥不過魏忠賢，就拿那些捕風捉影的玩意來陷害對手，還挑撥天啟皇帝和魏忠賢的關係，簡直就是可笑。
這點也證明了東林黨已逐漸失去了主動，開始狗急跳牆了。天啟皇帝看得明明白白，心裡更是清楚的很。合上奏折，天啟皇帝好言安慰了魏忠賢，讓他不必懼怕，有自己在，他不會有任何事。
魏忠賢見天啟皇帝這個態度頓時心中大定，有了天啟皇帝撐腰魏忠賢哪裡會懼怕區區彈劾？並且因為楊漣的舉動更讓魏忠賢恨之入骨，就在前不久魏忠賢抓到了楊漣一個把柄，直接以“大不敬”的罪名把楊漣革職為民，楊漣丟官後，魏忠賢心中大大出了一口惡氣。
楊漣被革職後，首輔葉向高見勢不妙提出請辭。作為三朝元老的葉向高兩次擔任首輔，這個老狐狸政治嗅覺靈敏的很，馬上就察覺到了局勢的危險。作為東林黨的一員，葉向高位高權重，如果繼續在首輔位置上呆下去恐怕沒有什麼好結果。
葉向高已經老了，也沒了精力卷入政治糾紛中，並且葉向高比其他東林黨人更明白魏忠賢背後是天啟皇帝，東林黨和魏忠賢爭鬥實際上是東林黨和皇帝的權利鬥爭，有天啟皇帝給魏忠賢撐腰，這場鬥爭東林黨無論如何都是贏不了的。
與其再在首輔位置上呆著，倒不如急流勇退離開這個政治旋渦，以自己的身份和地位，隻要主動退出去，天啟皇帝是不會拿自己怎麼樣的，至於魏忠賢就更不用擔心了，隻要天啟皇帝不發話，魏忠賢這條狗就不會隨便亂咬人。
但沒想求辭後，天啟皇帝遲遲不給予回複，這讓葉向高坐立不安。接下來接連又發生了幾件事，先是工部郎中萬燝彈劾魏忠賢被仗刑而死，接著禦史林汝翥也因為得罪了魏忠賢被仗刑，他的運氣好些沒給打死，可也嚇了個半死，為了保命直接從京師逃到了遵化巡撫衙門躲了起來。
林汝翥是葉向高的外甥，找不到林汝翥，魏忠賢的黨羽直接上門讓葉向高交人，使得葉向高焦頭爛額。見情況不妙，再不走自己老命恐怕不保，葉向高繼續請辭，一連上了二十道請辭折子，天啟皇帝這才看在他老臣的份上同意了讓葉向高致仕。
就此，雙方暗中達成默契，葉向高以徹底退出政治舞台讓出首輔之位，再不摻和東林黨的事後天啟皇帝和魏忠賢高抬貴手放了他一碼，並且加封葉向高為太傅，派錦衣衛護送他離京返鄉。
葉向高去職，東林黨受到了重重一擊，沒了葉向高這個中流砥柱，東林黨在朝堂的實力大損，接替葉向高的韓爌乾了沒多久就被朱國楨取代，朱國楨當了僅僅一個月的首輔又被魏忠賢的人彈劾去職，隨後首輔的位置就落到了閹黨一係的顧秉謙頭上。