這是一場精心策劃的襲擊，都在萬磁王的計劃之中。反抗一開始，那些反X計劃的人紛紛暴露了變種人身份，充當敢死隊，對人類高層進行自殺式襲擊。國會淪陷，五角大樓的將領傷亡慘重，總統殉職，副總統繼任。
整個美軍陷入了一場無指揮官的混亂戰鬥，分不清誰是平民，誰是變種人叛軍。於是軍隊執行了一項殘酷的行動，即遇到檢測為變種人的普通人類可以直接擊殺，無需請示。
這將許多原本不希望戰爭，甚至站在普通人一邊的變種人推上了絕路。政府迫使他們拿起武器戰鬥！
至此，全美動亂達到了高潮。以美國為中心，這場變種人叛亂的風暴席卷了全球。
變種人兄弟會公開露麵。萬磁王埃裡克宣稱：“變種人是進化之果，是人類的終極形態。普通人應當在這曆史的洪流中被淘汰！世界屬於我們！”
變種人兄弟會統一了全球的反抗勢力，萬磁王以殘酷手段與各地人類政府軍交戰。
十五年間，全球隻剩少數普通人類的國家。在這十五年的戰爭中，羅根看著昔日的戰友一個個倒下。羅傑斯隊長和他的複仇者們在紐約保衛戰中英勇犧牲。夜行者和他的守夜人被全球通緝，據說夜行者前年已被抓獲並處決。
還有鋼鐵俠托尼·斯塔克。他是堅持到最後的一個，在戰爭初期，萬磁王廢了他的雙腿，鋼鐵俠再也不能走路。奧斯本的再生技術也無法救他，因為奧斯本集團已被變種人占領。據說現在托尼領導著一支地下反抗軍，雖然無法親自戰鬥，但他利用科學智慧為人類反抗軍製造武器裝備。據說托尼還活著，但羅根覺得這樣的生活對鋼鐵俠來說太