在地方的主要有前任應天巡撫毛一鷺，前任宣大總督張樸，前任大同巡撫王點，宣大總督張曉，大同巡撫張翼明，天津巡撫總督遼餉黃運泰，保定巡撫張鳳翼，鳳陽巡撫漕運總督郭尚友，專督河道侍郎李從心，三邊總督史永安，陝西巡撫胡廷晏，延綏巡撫朱童蒙，河南巡撫郭增光，湖廣巡撫姚宗文，撫治鄖陽梁應澤，山東巡撫李精白，前任登萊巡撫李嵩，前任遼東巡撫袁崇煥，以及各地巡按、巡鹽、布政使、按察使、道員、知府、知縣、鄉官等主持建祠官員。
他們被朱由檢統統定為第五等拿下，命錦衣衛以衛尉寺名義配合戶部罰沒這些人的財產，在戶部贓罰庫賬上走一下，直接充入軍餉。
四十所生祠，牽連到主犯上百人，朝中雖然涉及到的大臣不多，但是有尚書加銜的侍郎就有兩個，加上曹爾禎就是三個，還有兩個侯爵。
地方總督在薊遼總督劉詔被拿下後，又有宣大總督、三邊總督、漕運總督落馬。而且皇帝召開這次會議主要是討論西南問題，川貴總督張鶴鳴多半也要被換。
可以說，六個總督隻有兩廣總督商周祚被留下來，其餘五個都要調換。
這個動靜實在太大，以至於群臣紛紛求情，不能一下子處罰這麼多官員。
朱由檢隻是在氣頭上，才一口氣把這些建祠主犯羅列出來。
聽到群臣求情，他也覺得地方變動太大不好，說道：
“天津巡撫總督遼餉黃運泰、鳳陽巡撫漕運總督郭尚友、專督河道侍郎李從心、三邊總督史永安、延綏巡撫朱童蒙。”
“這五人視其以往功績暫且留任，如能解決邊餉問題，以後降低逆案等級從輕發落。”
“其餘人定為第五等，罰沒非法收入以充邊餉，如有隱瞞直接抄家。”
兵部右侍郎呂純如為袁崇煥求情，說道：
“袁崇煥多有功績，其人不怕死不愛錢，懇請從輕發落。”
這些日子為袁崇煥求情的人不少，朱由檢考慮到他還有些能力，沒有堅持把他定在第五等永不敘用，決定從輕發落。
不過這個人膽子實在太大，以後擅自砍了毛文龍不說，之前被罷免的一個原因就是因為擅自和後金議和，被遼東督師王之臣等彈劾。
袁可立也因為這件事“辱國非計”，被魏忠賢認為有可能壞了袁崇煥的功勞、影響魏良卿封爵，把袁可立廷推到南京致仕。
所以袁崇煥這個人，朱由檢是不敢再把他放到遼東前線的。
想到援蜀副總兵江起龍也請求啟用袁崇煥，朱由檢道：
“湖廣巡撫姚宗文被拿下，需要有人代替。”
“袁崇煥既有軍功，可以從輕發落定在第六等，起複在有戰事的地方，早日平定戰亂。”
群臣都聽出皇帝的意思，知道想把袁崇煥用在西南。一些人雖然覺得他更適合去遼東，但也沒敢在這個節骨眼上提出來——
從第五等摘出來就不錯了，職務以後再說。
袁可立雖然對袁崇煥擅自議和不滿，這時也沒有做惡人。他見皇帝幾乎指定了湖廣巡撫人選，擔心這樣下去會對廷推督撫的慣例造成破壞，說道：
“薊遼總督、宣大總督等督撫被拿下，懇請儘快廷推。”
“京營總督、侍郎也應儘快定下。”
朱由檢考