崇禎元年(1628年)六月,大明中央朝廷起用朱燮元為兵部尚書,總督雲、貴、川、湖、廣西軍務兼貴州巡撫。
朝廷要求朱燮元儘快解決奢崇明與安邦彥的叛亂。
於是朱燮元就到了貴州,並移駐貴竹司(治今貴州貴陽)。
在貴州招收安撫流民,開墾土地,恢複貴州被破壞的經濟。
同時派兵據險固要,在交通要道設立營壘,封鎖叛軍的物資進出。
又招募新兵充實軍伍,進一步的增強了官軍的實力。
就這樣,一直到了崇禎二年(1629年)四月,朱燮元派貴州總兵許成名等由奢崇明的老巢永寧出兵。
經過戰鬥,官軍收複赤水衛(今四川赤水河),這也是安邦彥老巢水西的一道天塹,赤水衛被官軍占領。
就意味著官軍隨時可以攻入,安家的老巢,因此安邦彥不得不想辦法奪回赤水衛,也由此揭開了官軍與叛軍主力決戰的序幕。
八月,安邦彥分兵守陸廣、鴨池、三岔等要地,並進逼遵義,自稱“四裔大長老”,奢崇明稱“大梁王”,合兵10萬進擊赤水。
由於趙安派遣宋佳,這一年多的滲透,加之趙安舍得花錢,使得宋家除家主宋萬化外大部分宋家的人,都已經暗中投降於官軍。
當安邦彥剛剛召集大軍準備進攻赤水衛時,宋家的高層就將詳細的計劃彙報給了趙安,趙安通過秦良玉,將消息傳遞給了朱燮元。
於是朱燮元設計,命令貴州總兵許成名假裝兵敗,引誘安邦彥和奢崇明的叛軍主力至永寧一帶。
隨後,早已埋伏在此的官軍以逸待勞,先後在五峰山、桃紅壩、鵝項嶺,大敗叛軍,斬首數萬級,安邦彥、奢崇明一路敗退。
這一戰,趙安與韓烈率領的火槍兵軍陣大放異彩,以區區2000人,堵住了數萬叛軍的退路,再配合馬鈺的800騎兵。
僅僅是趙安與馬鈺這不到三千人,就殺敵近萬,秦良玉與朱燮元,都上書朝廷替馬縣令表功。
但是可惜的是,讓奢崇明與安邦彥帶著殘部逃走了。
崇禎二年(1629年)八月,這天的天氣充滿了大霧,明將李仕奇借助天氣之便,率兵埋伏於紅土川。
阻截住了奢崇明與安邦彥殘部,隨後支援而來的官軍從後掩殺,奢崇明與安邦彥都於此戰中被擊殺,奢崇明與安邦彥的主力基本被消滅。
但是在奢崇明與安邦彥死後,這場叛亂也沒有被馬上的平息,安家家主安位率餘部繼續頑抗。
朱燮元再次采取“四麵迭攻,漸次蕩滌”的作戰方針,屯兵險要,四麵包圍,逐步壓縮,絕其資儲。
又經過幾個月的圍剿,再次的斬殺叛軍萬餘人。
終於崇禎三年(1630年)春,安位遣使乞降,這場奢安之亂徹底平叛結束。
消息傳到京師,崇禎皇帝大喜過望,畢竟奢安之亂自天啟元年(1621年)九月於重慶起)至崇禎三年(1630年)止,已經八九年了。
如今終於在他的手裡被平叛成功,崇禎帝大喜之下,決定重賞平叛的有功人員,於是馬縣令也成功的升遷為了渝州知府。
至於叛亂的有關人員,奢崇明所屬的永寧宣撫司被撤銷,設置永寧衛。