“平將門之亂”後，平氏的勢力一落千丈，在鎮壓平氏的戰鬥中為朝廷建功效力的源氏家族開始嶄露頭角。
源氏是日本一個著名的氏族，它是日本皇族降為臣籍的時候所賜予的姓氏之一，通常是下賜給被降為臣籍的皇子皇女，意為係出同源。
“源”這個姓氏始於嵯峨天皇時期，生性風流的嵯峨天皇因膝下子女太多，國庫無力供養，下詔書把四位皇子和四位皇女降為臣籍，賜姓“源”。後世的天皇共20多位曾賜姓過“源”這個姓氏，即有20餘支源氏，其中最著名的就是清和天皇的清和源氏。
清和源氏是以第56代清和天皇第六皇子貞純親王之子經基為始祖。經基王之子源滿仲幫助藤原北家確立了攝關政治，並且確立了自己在地方上武士領袖的地位，又親自將攝津國設為據點，成立武士團。隨後，他的三個孩子——源賴光、源賴親、源賴信將這個武士團擴大到了全日本各個地方，形成了很多的派係分支，奠定了清和源氏在武家中的聲望。其後的鐮倉幕府創立者源賴朝、室町幕府的足利氏、江戶幕府的德川氏，其來源也都可以上溯至清和源氏。
源經基938年任武藏介，赴任時預先察覺平將門謀反之圖謀。其後參與藤原純友謀反後的餘黨平定工作。
969年，源滿仲告發源高明連同橘繁延、藤原千晴等密謀廢立，引發安和之變，導致源高明、藤原千晴等從朝廷失勢流放。事後清和源氏在京都的勢力大增，其與藤原北家的關連也更加緊密。
1030年，源賴信接替平直方，開始平定平忠常的叛亂。至1031年亂平，殺平忠常。經此事件，原屬平忠常的阪東平氏的勢力範圍，多落入源賴信之手，可說是後來清和源氏一族在東國一代稱霸的重大資本。
1051年-1062年，源賴義與源義家父子與出羽清原氏聯手，擊敗奧州的安倍氏，此稱為前九年之役。
1083-1087年，源義家介入出羽清原氏的紛爭之中，協助藤原清衡擊敗異父弟清原家衡，此稱為後三年之役。
後三年之役結束後，朝廷認為此役係清原氏私鬥，因而不予獎賞，義家於是自散家財賞有功者，自是其威名更著，被稱為“天下第一武勇之士”。
前文就說過，重文輕武這一現象，在古代日本遠比中國更為嚴重，武人的地位很低，非常的低，而降為臣籍的源氏走的恰恰是武家路線，因而，雖然藤原氏的攝關政治是在源氏的幫助下才得以確立，但是源氏還是隻有做狗的命，最多就是一條主人比較喜歡，比較凶猛的狗。
當實力不夠時，做狗已經就很滿足了，但是隨著實力的增加，沒有人是願意做狗的，源氏同樣如此。
由於白河法皇與藤原氏的鬥爭日趨激烈，掌管武力的源氏的重要性也愈發突出。
當前，白河法皇利用藤原氏內部一些人的野心挑起了事端，使得原本順理成章成為關白的藤原忠實遭到了來自藤原氏內部的阻擾，雙方展開了激烈的鬥爭，而關白一職也出現了極為罕見的空缺。
在曆史上，直至1106年，藤原忠實才在源俊明的支持下出任了關白一職。次年，1107年鳥羽天皇即位，藤原忠實任攝政。當時鳥羽天皇舅父藤原公實希望以外戚身分擔任攝政，因源俊明阻撓而未果，藤原忠實因而得以擔任攝政。
可以說，在藤原氏的內部鬥爭中，源氏倒向誰，誰就能取得足夠的優勢，因此，源氏的勢力也是愈發的強大起來。