比試結束，共有八十餘名官兵獲得擔任各級軍官的資格，這個人數與楊林計劃中的人數相差很大。他告訴官兵，今後還會有很多比試的機會，不要放棄希望。
獲得軍職的官兵個個興高采烈，覺得這是依據自己的實力獲得的榮譽。就好比書生考取了功名一般，走起路來腰杆兒挺的筆直。其他的官兵對他們不僅是恭敬，而且還頗為崇拜。這種現象在當今的明軍中實為罕見。
楊林對手下現有官兵重新進行整編。如未算上未歸隊的王長水和劉萬山兄弟率領的五十名官兵，現有在冊官兵二百八十人。共分為甲乙丙丁戊五個哨，每哨額定官兵一百人。另設一個軍法隊和一個輜重隊。
其中甲乙兩哨為齊裝滿員的主力哨，若有敵情則第一個上陣。剩餘三個哨、軍法隊和輜重隊，僅有少數官兵作為骨乾先支撐起來，等以後補充了兵員再說。
楊林知道後金方麵正在消化薩爾滸大戰的勝利果實，一時半會兒還不會有大的軍事行動。因此要把手下現有官兵的訓練程度提高上來，等日後上了戰場就可以發揮堅強作用。所以他不怕手下官兵缺編，怕的是時間不足和缺餉。
現有的糧餉還可用三個月，等用儘後張應昌能不能按時補給都是未知之數。如拖欠軍餉，官兵的熱情和積極性都將受到打擊，再好的訓練方法都沒有用。但現在沒有好的解決辦法，隻能走一步看一步到時候再說。
根據比試結果，楊林當眾任命張魁武署理甲哨哨官、馬勇署理乙哨哨官、趙海臣署理丙哨哨官、孫奎亮署理丁哨哨官、劉信署理戊哨哨官。這五人雖是署理哨官之職，但大家都明白，隻要這他們不出紕漏、不犯錯誤，正式擔任哨官是早晚的事。
軍法隊暫時以熊大海和吳小七和幾名官兵為主，他們要找人把新舊軍規都記下來，然後監督各級官兵實施。這可把吳小七累慘了，因為在楊林的親自教導下，他是軍法隊中唯一識得幾個字的人。所以他白日要監督官兵軍紀，晚上還要熟記各項軍規，然後再默寫下來加深記憶。
新的訓練開始了。這個時代的明軍訓練內容不過就是列隊、行軍、布陣、搏擊等傳統的內容，而且還是每隔三天或五天才訓練一次，可想而知訓練程度和效果會如何。麵對單兵戰力和身體素質較強的後金軍，武備鬆懈的明軍明顯不是其對手。
楊林認為，若想克製後金軍，由遼東漢人組成的遼軍是其強勁的對手。遼東漢人在身體素質和飲食習慣等方麵，幾乎與女真人極為相似。
如圍獵的區彆。女真人通常以家族、宗族或部落，分工明確的有組織、有季節性的進行。而遼東漢人多數是在冬季農閒時節，為了增加口糧而自發性的進行。雖然分工和組織度不高，但在本質上還是有一致性的。
再如飲食方麵。遼東漢人和女真人都生活在高緯度的寒冷地區，日常主食以穀稻、粗糧、麵粉、肉類等為主，並不似華北地區多以麵食為主，也不似華南地區多以稻米為主。而是兩者兼而有之，再以其他雜糧為輔。
菜肴以重油重鹽為主。重油是為了增加身體的脂肪，以抵禦寒冷的天氣。在寒冷的季節裡勞作，人體消耗的熱量要高於溫暖地區。所以重鹽的作用是能快速補充身體鹽分，保持有較高的體力進行活動。從古自今生活在遼東的各族百姓，鹹菜和大醬幾乎是每餐必不可少之物。
在曆史上，主要由遼東漢人組成的“東江軍”，依靠頑強的意誌和對遼東天時、地理和環境的熟悉，時常深入敵後百裡甚至是數百裡襲擾作戰。若是其主將毛文龍不死，後金被其逆襲翻盤的概率極大。
而後期的“關寧軍”不僅能正麵硬鋼後金軍，在某些時段和地點已能遏製其攻勢，並進行頗有成效的小規模反攻。可惜領導他們的祖家、吳家等遼西軍閥始終心存私念，未將他們的作用真正發揮出來，以致成為一大憾事。
楊林堅信隻要訓練得當並糧餉足額，自己手下的這些遼兵在日後必能發揮巨大的作用。因此他根據後世中國軍隊的訓練方式和內容，總結分析現今明軍的作戰特點，在原有的訓練內容上新設戰術、偵查、擒敵、越野、器械、工事、體能、泅渡等九大主要訓練科目。各主要訓練科目下包含不同的次要訓練科目。
如戰術訓練除了傳統的訓練內容外，新增了在平原、城堡、山地、叢林等不同地形的攻守方法，以及對今後裝備的大盾和標槍的訓練方法。其中四百米障礙就屬於這一科目內的次要科目。
偵查訓練包括刺探、化妝、潛伏、捕俘、偽裝等方法，是斥候和夜不收們必備的訓練科目。
擒敵這項科目主要是訓練官兵個人的格鬥技能。楊林將教授他們來自後世的中國散打、西洋拳擊和泰緬拳腳等格鬥技能。這是在戰場上與敵人肉搏時獲取優勢的關鍵。
越野訓練分為輕裝和武裝兩種。簡單地說輕裝就是徒手長跑，武裝就是全身披掛長跑。
器械訓練包含單雙杠、木馬，以及飛索、雲梯、衝車、戰車等如何使用。
工事訓練主要內容就是構築營地和野外工事，外加布設炸炮和鹿砦等物，以遏製和防禦後金軍的騎兵及弓箭手。