拓跋晃也極為高興。
之後征戰柔然，攻打吳提，拓跋晃沉思許久提出應當趁機進攻，卻被尚書令劉潔阻止，但是之後事實證明，拓跋晃判斷是對的，拓跋燾再一次注意到了拓跋晃的軍事才能，這使得某些人對他格外不滿。
太平真君四年（446），拓跋燾提出滅佛。
他瞧見了父皇頭痛的模樣，他雖然不想繼續打擾，卻是不得不去討擾。
他哭泣上奏，不止一次跪求父皇，拓跋燾卻依舊不曾回心轉意，他隻得抗旨，暫緩聖旨發放，他救了很多人，他也成了某些人的眼中釘，拓跋燾也懷疑，他是不是想造反。
但是，他在沙門眼中，是佛，是神，救了千千萬萬性命的太子。
太平真君十一年（450）八月，南朝宋攻打滑台。
拓跋燾去滑台前夕，令拓跋晃屯駐漠南，以防柔然進攻。他的仁政令百姓都感激涕零，他尤為照顧老人，孩子，還有窮人，在他代政的時候，全國墾田人數大大增加。
一位老人曾經哭著感謝他：“太子仁德，必有好報啊！”
他為政清廉，洞察細微，卻為宗愛不喜，他哄騙已經神誌不清的拓跋燾殺了拓跋晃手下十多個官員，折斷了拓跋晃羽翼。
拓跋晃瞧見他們頭顱之時，立刻昏了過去，朝堂內憂外患，拓跋燾又覺得他密謀篡位，他憂慮成疾，最終倒了下去。
六月十五日，在東宮去世，享年二十四歲。