實力大損的修奈澤爾被迫啟動計劃，下令日向夏英格從北方基地進發轟炸霓虹，新武器芙蕾雅展現了驚人的威力，北方戰線聯邦元帥在與夏英格交鋒中負傷，未能阻止新武器彈頭落入霓虹。
最終京都伏見、東京租界等各個城市均受到不同程度的損害。
在悲痛和愧疚之中，聯邦霓虹同盟暫緩了作戰，樞木首相和皇神樂耶返還本土安撫民心，然而遠在帝國的魯路修終於意識到事情的嚴重性，在繁雜的情報中找到，修奈澤爾試圖使用絕對製空天空要塞達摩克利斯與搭載的新武器芙蕾雅轟炸帝都潘多拉貢。
為了疏散帝都居民，千鈞一發之際，魯路修與家臣傑雷米亞哥特巴爾德以及地方貴族控製頻道進行電視直播，亮明身份以及揭發二皇子的轟炸計劃請求帝都軍民儘快疏散，然而信者寥寥。
修奈澤爾如願以償消滅帝都潘多拉貢，第一皇子以及諸多皇族也喪生於帝都，然而這一步並沒有讓他握住勝利，皇帝早已離開皇宮召集騎士團準備討伐二皇子；
原屬於二皇子的帝國特彆派遣向導技術部在麵對轟炸計劃和二皇子的政變時無所適從被軟禁在北方大草原的莊園之中，而這一切早已被魯路修洞察，並在轟炸之時安排EU誌士瑛鬥和蕾拉潛入作戰救出眾人；被皇帝拋棄的帝都幸存者在浩劫之後也有了不同的想法，權勢的天平開始向第三方傾斜。
雖然已經握有力量，但要討伐皇帝和二皇子仍力有不逮，魯路修內心所追求的答案也未能獲得，為了繼續前進，魯路修隻身前往曾經戰鬥的地方-霓虹。
皇帝對二皇子的討伐戰中，四大騎士團和十二位圓桌騎士在大西洋登陸歐洲討伐二皇子的新貴族新青年勢力，雖然二皇子手握芙蕾雅但對於正麵戰場效果有限隻能勉強擊退圓桌騎士，四大騎士團在夏英格的新機體麵前付出極大的代價艱難取勝，修奈澤爾為了保存實力向東撤退，皇帝軍則接管西歐各地軍隊。