拿到朱常洛手書的西廠組建計劃後，魏忠賢便開始對徐光啟的通州兵進行整編、擴編與改編。徐氏通州兵共942人，其中戰鬥人員有672人，輜重及斥候部隊共120人，未編人員150人。
他先將150名未編人員中的112名（一個滿編標準局）編入了戰鬥序列，剩下的38人則編入輜重斥候及部隊。
這樣一來，徐氏通州兵的戰鬥部隊就變成了7個局，合21個旗，合63個小隊。其中百總7人，旗總21人，隊總63人。
整編完成後，魏忠賢拿著皇上的手諭去禦馬監，要求掌印太監商經穎調兩千五百精銳給他。
商經穎是萬曆朝的老人，為人中正、忠誠。無論是爭國本、爭冊立、爭三王並封還是妖書案、梃擊案，他都沒參與。他秉持的理念一直都是，禦馬監隻忠於龍椅上的皇帝。
在收到魏忠賢送來的調令之後，商經穎立刻就去求見皇帝朱常洛。在這次短暫的麵聖中，商經穎告訴朱常洛，禦馬監下轄的作戰部隊隻有勇士營和四衛營，這兩營禁衛加起來並算上後勤部隊才堪堪七千人出頭。要是在短時間內調走兩千五百名戰兵恐怕會出大問題。
朱常洛聽了之後深以為然，於是便命令商經穎先揀選五百精銳給魏忠賢使用。至於其餘的人手，則詔令禦馬監從民間新募士兵兩千五百人，等其中兩千人到後，再抽調禦馬監原有精銳兩千人供魏忠賢使用。
朱常洛之所以非要抽調禦馬監的人，而非錦衣衛的人去補充西廠，一是為了混淆視聽，二是因為在京錦衣衛總計不到六千人，一下子抽走三千，就算不考慮日後清查錦衣衛係統時可能發生的包庇行為，也得考慮京師的治安問題。
至於京營，......還是算了吧。
因為禦馬監的招人標準很高，所以當左光鬥用一封彈章引爆“東廠貪帑勒索案”時，魏忠賢才堪堪收到314個的新兵，算上之前一口氣調來的500人，西廠才擴編57個隊（剩下的是輜重及斥候部隊），滿打滿算不過110個12人小隊。
根據皇上手書的建廠計劃進行改編之後，行動單位取消“鳥銃”與“殺手”的區彆，去掉原來的冠名，改冠“執行”二字。
所有的12人小隊統稱為“執行隊”，由隊總1人，刀盾兵3人，長矛兵2人，樸刀弩兵2人，樸刀火槍兵3人，火兵1人組成。
3個執行小隊組成執行小旗，設旗總1人；3個執行旗組成執行總旗，不再稱局，設總旗總（取消百總稱謂）1人；3個執行總旗組成執行中隊，設把總1人；3個執行中隊組成執行大隊，設千總1人。
因此，執行小隊12人，執行小旗37人，執行總旗112人，執行中隊337人，執行大隊1012人。
原則上，執行大隊為最大執行單位。如果遇到特殊情況需要更多人手，則西廠提督在得到皇帝的允準後，可以以執行大隊為基礎成立特彆執行隊。特彆執行隊成立後，西廠千總有權調動同等人數的錦衣衛，或者一個衛所的所有兵力協同辦案。
特彆執行大隊完成任務後，任務報告將受到由刑科、司禮監、西廠內部監察機構組成的臨時聯合審查團的審查。
由於禦馬監按照皇帝的命令隻撥了士兵而沒撥軍官，因此僅是這次小規模的擴編就讓接近四分之一的徐氏通州兵軍官往上升了一級。