香山縣縣衙接到巡撫衙門的命令之後絲毫不敢怠慢，立刻讓縣丞帶著衙役和一隊縣兵趕往澳門。
澳門的耶穌會看見香山縣衙這個架勢，還以為朝廷裡又出了什麼問題，要搞第二個南京教案。但實際上，縣衙帶兵不過是為了照例充門麵和防止匪徒襲擊而已。廣東地區一直都不太平，否則陳邦瞻就不會以兵部右侍郎的身份總督兩廣軍務了。
誤會很快解開，因為縣兵並沒有拿人，而是給了耶穌會一封來自徐光啟的邀請函。儘管香山縣丞的表情和語調和邀請二字有很大的差距，但函件上的內容不會是假的。
函上說，新帝禦極，萬象革新。皇帝不僅對新式數學很感興趣，而且對那支受耶穌會讚助的新式軍隊非常滿意。鑒於此，皇帝恩召取消“南京教案”的判罰，部分解除對耶穌會的限製。
函上還說，徐光啟因為奏對得體，深得聖心，現已升任禮部尚書兼鴻臚寺卿。上任後，徐光啟上疏力陳耶穌會於朝廷之用，得到聖上允準，給了他們一個進京麵聖的殊榮。請耶穌會即刻啟程、切莫遷延。
在朝廷的公函之外，還有一封以徐光啟個人的名義寫給耶穌會的信。徐光啟在信上說，皇上有意將“西式通州兵”編入宮廷衛隊，而且朝廷今後還要練兵以用來對付建州賊寇，所以請耶穌會赴京的時候儘可能地帶錢、帶人、帶書、帶槍、帶炮，隻要能得到聖上的垂青，就有望在神州大地廣播耶穌基督的福音。
收到信函之後，繼利竇瑪之後的第二任耶穌會中華省會長龍華民可以說是欣喜若狂。
自聖方濟·沙勿略於嘉靖三十一年抵達並病逝於廣東上川島，耶穌會人士來華已經六十八年了。其間，他們曾多次求見大明的君主，但除了利竇瑪在萬曆二十九年進行過一次另類的“麵聖”之外，耶穌會人便再沒有與帝國的最高統治者有過新的接觸。
進京覲見中國的皇帝，向他宣傳歐洲的科學與文化，並通過皇帝自上而下地打開向中國傳教的大門，是自第一代耶穌會人來華之後就一直夢寐以求的事情。
經過數十年的接觸與摸索，來華的傳教士群體終於開始意識並承認，大明或者說亞洲與歐洲的不同之處。
從朱元璋建國以來，大明始終保持著對周邊各國的淩駕態勢。明長城建成後，北方的問題也從敵國入侵變成了經年邊釁。除正統十四年那次驚天動地的土木堡慘敗，以及嘉靖年間短暫的庚戌之變之外，帝國的北部國門——京師，再沒有受到過外敵的威脅。
大明與周邊政權的關係並不是平等的國與國的關係，而是君與臣的宗藩關係，在朝廷的認知中，歐洲人的地位可能比朝鮮人還低，最多比倭國的海盜高那麼一點。
耶穌會來華的最初一段時間裡，絕大多數明朝的官員對耶穌會的態度甚至都不是敵視而是漠視。即，“仿佛不特沒有人來讚同，並且也還沒有人來反對”，外夷而已，能撫就撫，不能撫就剿。這一情況一直持續到利竇瑪開始閱讀中國文學，並對中國典籍進行鑽研。
他用一把精巧的鑰匙打開了中華帝國的通風口，但也因此驚到了儒教的衛道士。萬曆四十四年的南京教案就是明代士大夫對耶穌會發起的一次進攻，自那以後，耶穌會的在華傳教活動受到了全麵打擊，傳教活動全麵停滯。
不過就算是這樣，進攻的發起者也必須將基督教當描繪成與白蓮教無異的邪教，才能得到朝廷和皇帝的重視。