高麗君臣此時無心思去查探起義軍的底細，他們現在隻想保住自己和親屬的性命。高麗王是最不想死的人，見群臣都同意前往江華島避難，就順水推舟答應下來。在選擇留守大臣的時候，群臣全都縮了頭，沒有人願意留下。高麗王無奈之下，點名隨大乾使團歸來的樸正歡為留守大臣。理由是大乾使團會留部分人在漢城，樸正歡與大乾使團熟悉，便於溝通交流。
樸正歡也不想留下，可是他又不敢抗拒高麗王的旨意，隻能硬著頭皮領旨謝恩。高麗君臣跑路速度很快，第二天就浩浩蕩蕩的乘船離開漢城，前往江華島。賈琮帶領使團成員隨行，賈環與五百錦衣衛緹騎則是留在了漢城。賈琮解釋說，這些人會在女真人攻破漢城後，保護王宮不會收到損毀。
高麗群臣離開後的第三夜裡，樸正歡擺了場鴻門宴，除去了留守的幾位將軍。與此同時，被賈環拉攏的軍官發動兵變。在錦衣衛的協助下，掌控了漢城的軍隊。而栽著高麗君臣的船隊在漢江口遭到了海盜的襲擊，隨行的高麗宗室和官員全部被殺。高麗王的運氣不錯，被趕到的大乾艦隊救了下來。不過或許是驚嚇過度，失了神智，變得癡癡傻傻。消息傳回漢城，樸正歡立刻自封領議政，代替高麗王掌權。由於高麗朝廷大員團滅，留守漢城的官員紛紛升官。
高麗朝廷大換血後，女真人竟然主動撤兵了。高麗南部的倭寇大肆燒殺搶掠一番後，害怕被大乾艦隊斷了後路，也撤離了高麗。兩路大敵都主動撤走，那些起義軍也很快就銷聲匿跡。高麗的局勢變化之快，讓人根本反應不過來。
樸正歡上位後，發布的第一道政令就是招募流民。由於高麗大半地方都經曆了戰爭，導致大量百姓無家可歸。賈環就趁著這個機會，做起了人口販子。以青壯男子五兩銀子，婦孺二兩銀子的價格，從樸正歡手裡購買人口。載滿高麗人的船隊不停的往返與高麗和天津衛之間，這些人會在登州修整幾日，然後就會被送往西域。
女真人並未完全撤出高麗，他們占了鹹鏡道和平安道。高麗暫時無力發動反擊，樸正歡在賈環的授意下，默認了這個結果。朵顏蒙古則是全部撤離高麗。他們把平安道移交給女真人，換取了大量財物，算得上是皆大歡喜。
這場戰爭中的幾方勢力，除了高麗是受害者，其它幾方都得到了自己想要的結果。大乾掌控了高麗朝廷，女真人擴大了生存空間，朵顏蒙古和倭寇得到了大量錢財。運送高麗人前往登州的船隊返回時，帶著大乾的士卒。這些士卒屬於大乾海軍，不過他們主要是在陸地作戰，類似於後世的海軍陸戰隊。