兩家機構巨大的差異和使命吸引了兩類不同的人才加入，他們在執行任務的過程中，逐漸製造出兩種不同的製度文化，而文化上的衝突才是本質。
F~B~I破獲案件的思路，必須是基於合理的根據，不能僅僅是懷疑和猜測，F~B~I要的是一個明確的可供查證的線索；但是對於C~I~A，懷疑和猜測卻是他們工作持續進行的“燃料”，相對於單個事實，C~I~A更注重多個事實之間的聯係，他們把收集起來的情報碎片加以整合，以構想出事情的整個圖景。
C~I~A成員很注重保護他們的“線人”，因為這些“線人”手裡掌握著重要的情報，C~I~A的很多官員都認為有責任使自己的線人免遭迫害，以至於很容易陷入一種偏執狀態——除了“線人”，他們不會跟任何本機構之外的人透露情報，因為，情報的性質與新聞恰恰相反，它要求知道的人越少越可靠安全，這也就是C~I~A和F~B~I情報溝通不暢的最初原因。
眾所周知的“9~11事件”，往前推3年，也就是1998年的時候，C~I~A曾提供給F~B~I一條情報，然而，這條情報卻被淹沒在F~B~I眾多的文件中。
這條情報的內容，正是一夥阿伯恐bu分子有可能正計劃操縱一架裝滿炸藥的飛機穿過美國的地標建築物。
當時F~B~I擱置情報的理由是：這份情報既沒有能支持這項恐bu計劃的證據，也沒有任何實地調查，更沒有獲得的來源及途徑。
對於C~I~A來說，提供這些證據內容簡直就是天方夜譚，因為這會危及C~I~A持續獲得情報的能力。
但是對於F~B~I，一個沒有可查證的消息來源，僅僅是模糊的預測，是毫無用處的。
兩機構巨大的製度文化差異由此充分體現出來，毫無疑問，這次情報溝通不暢應該為沒能阻止“9~11事件”的發生負很大一部分責任。
自“9~11事件”給美國人民造成了巨大傷害以後，為了保護美國不再受恐bu襲擊的共同使命迫使兩機構嘗試合作，美國國會也多次呼籲改革情bao機構。
但是，這兩個機構的製度文化如此不同致使合作至今為止都難有進展。
美國曆史上，由於FBI和CIA的製度文化衝突導致的惡性事件，除了2001年的“9·11”，還有2個比較典型。
一個就是肯尼迪遇刺事件，因為C~I~A方麵貶低F~B~I的情報來源。
美國的一些曆史學家認為，F~B~I和C~I~A之間的“聯絡問題”造成了1963年肯尼迪的遇刺，事後對於事件真相的調查更是由於兩者之間的內鬥而毫無結果。
這起事件的聚焦點，在前su聯叛逃特工尤裡諾申科身上，F~B~I和C~I~A就此人是否忠誠發生衝突。
諾申科稱，刺殺肯尼迪的凶手李奧斯瓦爾德曾受克ge勃的監視，但克ge勃從未試圖招募他，這一問題很關鍵，因為克ge勃同奧斯瓦爾德的交往可能暗示前su聯卷入刺殺事件。
這時，F~B~I控製著的代號“費多拉”的叛逃人員證實了諾申科的說法，但複雜的是，“費多拉”最終被視為是為前su聯工作的雙料間諜，而且C~I~A進行的兩次測謊都證明諾申科在奧斯瓦爾德一事上撒謊。
由此，F~B~I和C~I~A產生了判斷的不一致，F~B~I認為諾申科說的是真話，而C~I~A確信他通過撒謊來保護莫斯科。
到了1970年，F~B~I和C~I~A又通過從不同途徑獲得的人證來證實各自的判斷，當衝突達到頂峰時，F~B~I當時的局長也是創立人胡佛打電話給尼ke鬆總tong，問他如何看待F~B~I提供的報告，尼ke鬆答說從未收到過報告。
胡佛這才發現，C~I~A反間諜處竟然宣稱那是假情報，扣下了它們，胡佛極其憤怒，要知道，一直以來，C~I~A都在貶低整個F~B~I的情報來源，卻沒想到在這件事上全盤推翻。
這也是兩家機構徹底撕破臉的開端，自這件事以後，兩家的鬥爭從未停止過，互相搞一搞對方的帶頭大哥，那都是家常便飯。
理查德德斌能夠理解楊橙的疑惑，事實也是如此，科米確實想給C~I~A下絆子，這次C~I~A自己的情報人員搞出的大烏龍，他要是不抓住機會，以後也就沒法自稱胡佛先是的子弟了。