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就在圓滿解決郵局大盜案件的第二天，11月7日，警視廳發生了一件大事。
一波剛平，一波又起。
這一天，阿笠博士帶著參與了郵局大盜案件的孩子們來到警視廳，作為證人做筆錄。
佐藤美和子警官帶著孩子們做完筆錄後，和高木警官會合，卻一起目睹了又一場爆炸——
白鳥警官在告訴高木爆炸案的始末經過後，在開車準備離開時，他的車爆炸了。
雖然白鳥任三郎很快做出了反應，但還是慢了一步，遭受了重創，因為急性硬膜下血腫而被送到了醫院搶救。
而他被送到醫院前最後留下的東西，則是一張紙，一張和三年前爆炸案事前收到的預告傳真一樣的紙。
三年前，警視廳也收到了歹徒的傳真，上麵的內容是關於下次爆炸將要發生地點的暗號。
而一心為好友萩原研二報仇的鬆田陣平守在警視廳搜查一課，第一時間便破解了暗號，趕往暗號指向的摩天輪。
當他登上摩天輪，並且即將要熟練地拆除掉炸彈的時候，炸彈上的液晶屏卻突然出現了一行字。
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也正是因為這樣，鬆田陣平停下了已經完成一大半的炸彈拆除，守到即將爆炸的最後一刻然後被炸死，隻為了將消息傳遞出去，保護無辜的民眾。
這件事也成為了佐藤美和子心中永遠的遺憾。
而這次貼在白鳥警官車內的紙上，則寫明了“比賽開始的信號是在明天正午時分，結束是下午3點。”
整個警視廳都被調度了起來，以應對這一名喪心病狂的炸彈歹徒。
而在整整一夜的搜尋排查後，警方仍舊一無所獲。
就在距離爆炸時間越來越接近的緊要關頭，載著少年偵探團一行的高木涉受到了神秘柯學力量的指引，發現暗號中“登上染血的投手丘”指的就是東京塔。
等到他帶著孩子們趕到東京鐵塔的時候，便發現東京塔的電梯已經發生了一次輕微爆炸，現在無法運行。
當高木將這個狀況報告給佐藤警官後，三年之前的慘劇再次浮上佐藤美和子的腦海，她用命令的語氣讓高木在原地待命，等待她的到來。
因為她再也不想看到有身邊的人離她而去了。
在看到高木喬裝的模樣時，她之所以那麼激動，是因為她從眼前的高木身上看到了自己父親和鬆田陣平的影子，還有一個隱隱約約的死神正要收割高木的生命。
可高木在這時，卻正好聽到圍觀的人們正在討論說，有一個小孩子被困在了電梯裡麵。
高木回想起由美對他說過的“你千萬不能讓美和子遭遇到任何危險”，這位被灰原哀稱為“濫好人”的警察終於下定了決心。
他決定不聽佐藤美和子原地待命的指令，自己一人先前往發生爆炸的電梯處，查看情況。
而柯南自然也跟在他的後麵，並囑咐灰原看好車和步美光彥元太三人。
結果，兩人剛剛把困在電梯裡的小女孩救出，藏在暗處、一直關注著現場狀況的歹徒便聽著新聞播報的情況，按下了手中的起爆裝置。
於是，和三年前鬆田陣平被困在半空中的摩天輪裡一樣，柯南和高木兩人如今被困在了東京塔的電梯中。
而與那時一樣的，除了被困之外，還有著一個近在咫尺的炸彈。