“棋奕，你明天就十五歲生日了，想好要選誰做你的初始精靈了嗎？”爸爸溫和的聲音打斷了王棋奕的思緒。
爸爸口中的精靈王棋奕更習慣稱它們為神奇寶貝，但是這個世界上的人都不這麼叫它們。國際精靈聯盟在公元1950年成立，並正式稱呼這些神奇的動物們為精靈，並頒布法令隻有滿十五歲的公民才能擁有精靈，如今王棋奕也即將迎來他的初始精靈。
王棋奕來到這個世界已經五年了，沒錯，不是十五年而是五年，因為他本不屬於這個世界，而是一個穿越者。但是他這個穿越者和其他故事不同，因為他還是叫王棋奕，父親還是那個父親，母親還是那個母親，所有的人都沒變但是世界變了，生活變了。就像是另一個時空的自己，他在十歲那年穿越到了另一個時空也是十歲的自己身上。
兩個世界最大的不同就是他眼前的這個生物了。一頭閃耀著紅色鱗片的大鯉魚，比他以前在餐桌上吃過的任何一頭鯉魚都大。王棋奕知道，它叫鯉魚王是眾多神奇寶貝中的一種。它們本應該隻存在於動畫片或者電子遊戲的世界。
王棋奕很喜歡神奇寶貝，三歲時就開始看小智帶著皮卡丘到處旅行的動畫，家裡擺滿了神奇寶貝的手辦，每年生日他都許願爸爸能送他一隻神奇寶貝，爸爸為了滿足他就給他買了有關神奇寶貝的電子遊戲，公仔，玩具等等。直到十歲生日那天，他一覺醒來真的看見了活著的神奇寶貝，他難以置信，以為這是一場夢，那天他異常的興奮。直到他發現不隻是他的房間，整個世界都是神奇寶貝，而其他人對此習以為然並沒有多麼驚訝，這才知道這裡不再是原來的世界，而是一個有神奇寶貝的世界。
……
神奇寶貝是一種神奇的生物，它們的存在很不科學，但又讓這個世界的人們進一步的了解科學。為什麼這麼說呢？這要從神奇寶貝的來曆說起：
人類的曆史在公元1916年的一個春天發生了改變。當時第一次世界大戰正打得如火如荼，造就了無數人的家破人亡。然而就在戰場的中央，突然出現了一個時空秘境，秘境中湧出大量的精靈。當時的人們稱之為魔獸，魔獸們擁有各種各樣的超能力，人類在它們麵前如同螻蟻一般被隨意碾壓。世界大戰戛然而止，取而代之的是魔獸戰爭。
人類的編年史在這一刻發生了改變：
1916年—1926年 魔獸戰爭時代，曆時十年，世界人口銳減，大量土地成為魔獸的棲息地。
1926年8月 麗薩卡羅爾馴服了第一隻魔獸胖丁，成為第一位魔獸訓練家。
1926年—1936年 第一次訓練家潮持續10年，大量魔獸被人類收服。
1936年—1942年 隨著人類大規模奴役魔獸，甚至食用魔獸，出現了大規模魔獸反叛，開啟第二次魔獸戰爭時代，曆時六年。