在兩軍相持的過程中，雙方都想利用黃河堤壩來打擊對方，明軍方麵；是想挖開黃河，引水到城外護城河以加強開封府祥符縣城的防守，並衝淹流寇。
而闖王方麵；則是想大範圍挖掘堤壩，利用洪水浸泡城池，以便徹底拿下祥符縣。
最初的引水灌城是小規模的，但隨著雨季到來水位大漲，加之此前明軍和闖軍都曾挖掘堤岸，直接導致了黃河的大泛濫。
洪水迅速淹沒了整個祥符縣乃至開封府其餘州縣，三十萬百姓以及明軍和闖軍都葬身魚腹，沿岸大片良田也被淤泥掩蓋化為荒土，原本繁華的開封府祥符縣變成廢墟！
導致了明周孝親王：朱恭枵，不得不帶領王妃、世子、以及一部分宗室和周親王府官員，在洪水和闖軍攻城的喊殺聲中狼狽逃離前去彰德府避難。
事後明開封府總兵：陳永福，率軍突圍而出，闖王則占領被洪水淹沒退去的廢棄開封府。
10月初9日，明陝西三邊總督兼兵部左侍郎：孫傳庭，在陝西承宣布政使司經過五個月的休整略有積蓄，再加上朝廷不斷催促孫總督進軍，故此明陝西三邊總督決定帶著新募的士兵出征試試戰鬥力？
陝西明軍一路上偃旗息鼓，潛行於山中偷偷進入河南承宣布政使司接近闖軍，打算來個出其不意攻其不備。
過了河南府在汝州郟縣，下令明軍潛至開封府附近，讓明秦州衛總兵：左勷，率領左軍、明固原衛總鎮總兵：鄭嘉棟，率領右軍、明援剿總兵：高傑，率領中軍設下埋伏，由明臨洮衛總兵：牛成虎，率領前軍負責誘敵深入。
雙方接戰不久後，明臨洮衛總兵佯裝兵敗，將闖軍引入包圍圈內，四周伏兵突起讓闖軍猝不及防射殺數千流寇，闖軍被迫向東逃竄，明軍繼續追殺了三十裡地。
不過闖軍雖叛初戰失利，但畢竟人數眾多，而明軍方麵多數都是新兵見錢眼開，所以在收拾戰利品和物資之際，起了衝突發生鬥毆事件，被闖王率領主力殺了個回馬槍，打得陝西明軍措手不及、兵敗如山倒！
也讓明陝西三邊總督：孫傳庭，被迫率領殘兵敗將撤回河南府潼關衛，史稱「柿園之戰」。
10月12日，朝廷下令鳳陽行都督府監軍：劉元斌，出兵征剿劫掠南直隸州府縣的流寇不得有誤。
11月初9日，流寇：袁時中（小袁營）西進投降闖軍，被闖王下令讓他通知流寇：革裡眼（賀一龍）前去江西承宣布政使司九江府首府德化縣，以窺探湖廣承宣布政使司黃州府麻城縣動向。
但是革裡眼（賀一龍）到黃州府黃梅縣卻停留不進，還收了明平賊將軍：左良玉，殘兵八百人，先見麵見了闖軍：曹操（羅汝才）加入他的部下。
致使闖王大怒開始忌狠他，並且舉兵南下攻打湖廣承宣布政使司襄陽府。
中原地區由於闖軍聲勢浩大，有開封府百姓：李好、孫學禮、李際遇，等各自號召數萬百姓與亂民劫富濟貧。
11月13日，由於東虜建奴韃子再次入關劫掠，以及中原流寇禍亂四起，使得明毅宗：朱由檢，第三次發布「罪己詔」來檢討自己的過失。
12月初7日，流寇：袁時中，見到開封府地區州縣被闖軍搞得民不聊生，認為闖王不得民心再加上劫掠鄉紳官吏已被，文人士大夫所拋棄，故此流寇：袁時中，率軍離開開封府東逃南直隸鳳陽行都督府打算在此發展，大有投降朝廷之意？畢竟年齡大了不想成天東奔西跑。
到了明崇禎十六年公元1643年正月11日，明平賊將軍：左良玉，率部二十萬湖廣明軍避賊南下，在經過湖廣承宣布政使司武昌府之時。
打算前去武昌府向明楚定親王：朱華奎，索要武昌衛、武昌左衛，以及楚親王府護衛指揮使司（武昌護衛）與楚親王府儀衛司的兵員、再要些糧餉，均遭到楚親王府長史司官員們的拒絕。
不得已便開始劫掠奪武昌府包括漕糧和湖廣都轉鹽運時司的經費，還向湖廣承宣布政使司承天府官員們索要糧餉，被明湖廣巡按兼都察院廣西道監察禦史：李振聲，給拒絕了。
故此明平賊將軍又率軍去江西承宣布政使司九江府內擁兵觀望自保，還上了奏章給兵部宣稱自己沒糧餉才劫掠，請求朝廷原諒和寬恕。
緊接著南直隸投降的流寇們又相繼叛亂了，分彆是；兵白貴、小秦王、托塔王、劉公子、混江龍、管泰山，等部所在兵力眾多聯合起來劫掠州府縣。
致使南直隸鳳陽行都督府中都留守司明軍們大驚失色，全部列隊於沿江兩岸，不問對方為兵為賊，隻要出兵劫掠一律攻殺，斬首數千人。