這讓明寧夏衛總兵隻知不敵就上奏朝廷，明神宗立刻調動了明大同總兵：麻貴，在讓明宣府總兵：李如鬆，暫任寧夏衛總兵又以明江浙道禦史：梅國楨，充當監軍統率遼東都司、宣府三衛、大同府、山西承宣布政司及浙江承宣布政司、再加貴州承宣布政司等地明軍一起進行圍剿。
幾路明軍分頭行動偷襲各處叛軍關卡以此麻痹叛軍，明大同總兵搗毀河套部大營又追擊叛軍土文秀部到賀蘭山，在把河套部驅逐到襖兒都司地區，主力明軍在明陝西總督：葉夢熊，的指揮下將寧夏衛城池團團包圍。
這時明大同總兵提議道“總督大人，咱們光是圍城恐怕不能逼迫叛軍出來？何不利用黃河之水往城裡灌城，水淹叛軍讓他們失去外援。”
此計馬上被明陝西總督采納，在圍攻了十日之後城內叛軍彈儘糧絕導致內部起哄，明寧夏衛總兵：李如鬆，乘機率領遼東明軍攻破城門衝進去斬殺哱拜一家平定戰事，史稱（哱拜寧夏衛之亂）。
剛剛平定了寧夏衛戰事的明宣府總兵：李如鬆，回到朝之後就發生了由安土桃山幕府關白：豐臣秀吉，派遣使者假意借道李氏朝鮮宣稱要朝貢大明？
此時豐臣秀吉的南路水師在南洋地區，已經讓大明帝國的附屬國琉球王國、呂宋都督府都改為朝貢安土桃山幕府了！隻有幕府東路軍被李氏朝鮮宣祖河城君達孝郡王：李昖，拒絕借道並攔截幕府使者在尚慶道。
由此便拉開了李氏朝鮮與幕府西路軍大戰的開端，16萬幕府軍隊分三路進攻僅用二個月就把李氏朝鮮八道20萬軍隊打敗！隻剩下李氏朝鮮全羅道都指揮使：李舜臣，在海上抗擊幕府熊野水軍統帥大隅守：九鬼嘉隆、幕府熊野水軍佐渡守：藤堂高虎，的七百艘戰船與4萬幕府水師。
由於李氏朝鮮八道被占七道！所以幕府軍隊駐紮在王城京畿道漢城府附近，還俘虜了李氏朝鮮世子臨海君：李珒，與王六子順和君：李?，因為這兩人是李氏朝鮮宣祖郡王的至親故此被幕府倭軍優待他們打算以此相要挾，而李氏朝鮮宣祖郡王則逃到平安西道平壤府義州地區。
同時李氏朝鮮以朝鮮右議政：柳成龍，為主的群臣開始擁力王二子：李琿，為（世子邸下）繼續抵抗倭軍形成（分朝政權），李氏朝鮮宣祖郡王與琉球尚寧郡王兩人相繼上報大明帝國請求發兵抗倭，其中李氏朝鮮宣祖郡王還要求內附遼東都司，但被大明朝臣們一致反對。
此時明兵部左侍郎：宋應昌，就建議皇帝陛下先派出明遼東副總兵：祖承訓、明遼東遊擊：史儒，先帶5千明軍在李氏朝鮮右議政的帶領下前去抗擊，豐臣秀吉的第一軍攝津守：小西行長、和第二軍大名：加藤清正、第三軍參議：島津義弘。
本來明軍交戰很順利的但由於輕敵中計5千明軍先後在平壤府戰死！消息傳回朝中之後明神宗才封明兵部左侍郎：宋應昌，為遼東經略與明遼東提督：李如鬆，等明將一起帶領5萬明軍和3百東廠錦衣衛先行前往李氏朝鮮支援。
這讓察言觀色的明建州左衛指揮使：佟努爾哈赤，借此機會第二次入京朝賀大明天子，還帶來了許多貢品進獻皇帝陛下，他在得知幕府倭軍入侵李氏朝鮮的消息後故意大為震驚，並上奏明神宗說道“臣懇請天皇帝陛下準許，臣帶本部子民趕赴李氏朝鮮前線，剿滅這些個危害朝廷的倭寇。”
此舉深得明神宗的信任但佟努爾哈赤畢竟非中原人士，明神宗為了防止建州女真三衛勢力擴大到李氏朝鮮，在加上李氏朝鮮宣祖郡王也拒絕讓東虜軍隊前來支援。
於是明神宗就回信說道“愛卿忠義可嘉，朕很是欣慰但此次戰役關乎到朕的帝國威嚴，愛卿不必插手！”為了表示他的忠心明神宗特賜了（冠服）又封（龍虎將軍）的稱號給佟努爾哈赤，另外朝廷為了儘快平定倭亂就詔命黔蜀兩地會勘。