這個時候朝廷才知道經略、巡撫兩人不和！心想；定會壞了邊疆大事！群臣們奏章紛紛討論此事，明南直隸兵部尚書就勸明遼東巡撫除掉明遼東經略。
此時南方永寧宣撫使：奢崇明，自稱「大梁王」發兵包圍城嘟府而城內隻有鎮遠營明軍7百人，明蜀景親王：朱誌澎，急令明四川布政使：朱燮元，全力抗擊又調石柱宣慰司和龍安府等地軍隊抵抗，得到明熹宗誇獎升朱夑元為四川巡撫，並調明山東按察司僉事：楊愈茂，為四川總兵率明軍出征。
同時明一品誥命夫人親率川軍白杆兵4千人進駐南坪關，明貴州巡撫：李標，則派明銅仁府總兵：張彥芳、明貴州總兵：許成名、明貴州都指揮使：黃運清，等援救四川承宣布政司從10月至12月之間，打了大小百餘戰才消滅土司兵1萬3千人，先後收複了遵義府、綏陽縣、湄潭縣、桐梓縣、烏江縣等地。
另外叛軍大梁王：奢崇明，之子：奢寅，在城嘟府造雲梯和呂公車日夜攻城，明一品誥命夫人等各路明軍到達城嘟府後，與明登萊副使：楊述程、明安錦副使：劉芬謙，打敗叛軍於牛頭鎮又收複了新都縣。
明天啟二年公元1622年明刑部員外郎：徐大化，配合明遼東巡撫彈劾明遼東經略，並把奏章發給各部被明熹宗拒絕，正好遇後金軍逼近西平堡，朝廷才停止了爭議命他們共同抗金而西平堡被圍！明遼東巡撫聽信了明廣寧衛中軍遊擊：孫得功，的計策發動了廣寧衛全部兵力讓明廣寧衛中軍遊擊和明靖東營中軍遊擊：祖大壽、明甘肅總兵會合前去作戰。
明遼東經略也令明盤山參將：劉渠，拔營支援但在平陽橋遭遇後金軍，剛一交鋒明廣寧衛中軍遊擊和明廣寧前屯衛參將：鮑承，首先逃跑導致鎮武堡、閭陽堡的明軍也被打敗，明盤山參將、明甘肅總兵在沙嶺戰死！明靖東營中軍遊擊逃往覺華島，西平堡守軍等地援軍跟明西平堡參將：黑雲鶴，也戰死！
當時明遼東經略已離開廣寧右屯衛去駐軍閭陽堡了，此刻明山東布政司左參議：邢慎言，就勸他急救廣寧衛卻被明寧遠衛指揮僉事：韓初命，給阻撓住他認為現在回去就是送死？
於是明遼東經略就撤回來，而後金軍卻在沙嶺停了下來不敢向前走害怕有伏兵？就讓明遼東巡撫的心腹愛將早已偷偷投降後金的孫得功，去活捉明遼東巡撫獻功，機智的他在城內對軍民們謊稱後金軍已到城下，嚇得城內軍民們各自逃跑。
明廣寧衛左參政：高邦佐，阻擋不住軍民就跑去廣寧衛指揮所裡找王巡撫，然而明遼東巡撫正關門處理軍務毫不知情？明振武營參將：江朝棟，推門而入時還被明遼東巡撫大聲訓斥，隻見明振武營參將直接喊道“王巡撫大人不好了！東虜殺入城了，事情危險請速撤離！”
不知所措的明遼東巡撫被扶上馬逃走，來到大淩河時遇到了明遼東經略被嘲笑道“王巡撫大人好厲害啊？6萬軍隊就可以把敵人一舉殲滅現在怎樣呢？”感到慚愧的明遼東巡撫就建議駐守寧遠衛和廣寧前屯衛。
但明遼東經略卻說道“已經晚了！現在隻有保護百姓撤入山海衛去。”說完就把5千士兵交給明遼東巡撫殿後，並把全部積蓄燒了撤軍，由明遼東經略和明寧遠衛指揮僉事一起護送難民入關。
隨後明遼東巡撫：王化貞、明遼東監軍道：高出、明兵科給事中：胡嘉棟，等將領也先後入關，隻有明寧遠衛左參政：高邦佐，一人無言以對拔刀自殺！後金入城時孫得功率領廣寧衛明軍投降被納入（鑲白旗）當中軍遊擊。
此刻後金天命汗：愛新覺羅·努爾哈赤，搶掠廣寧衛、廣寧中衛、廣寧左衛、廣寧右衛、廣寧前衛、廣寧後衛、廣寧後屯衛、廣寧中屯衛、廣寧左屯衛、廣寧右屯衛。
並接連入侵漠南蒙古哈喇慎部占領明軍放棄的義州衛、平陽橋、西興堡、鐵場堡、小淩河、錦安堡、團山堡、鎮寧堡、鎮遠堡、鎮安堡、鎮靜堡、鎮邊堡、大清堡、大康堡、鎮武堡、壯鎮堡、閭陽驛、十三山驛、鬆山堡、杏山堡、牽馬嶺、戚家堡、正安堡、錦昌堡、中安堡、鎮彝堡、大靜堡、大寧堡、大平堡、大安堡、大定堡、大茂堡、大勝堡、大鎮堡、大福堡、大興堡、盤山驛、鄂拓堡、白土堡、塔山衛、中安堡、雙台堡等40座城池努爾哈赤還下令把遼河以西居民驅趕到遼河以東，並讓遼河軍民全部（剃發易服）不從者一律屠殺。