並分東江兵2萬8千人為四部，以毛文龍長子：毛承祚，管一部、明用旗鼓：徐敷奏，管一部、其餘二部由東江鎮各官舉薦明東江遊擊：劉興祚、明東江參將：陳繼盛，二人分管並將帶來的餉銀10萬兩分給各島官民。
然後明薊遼督師才上奏朝廷，接到此消息的明毅宗大為震驚，他連忙拍案幾站起來罵道“好你個袁崇煥啊！竟敢私自斬殺上司正一品左都督？看朕不把你五馬分屍。”但旁邊的明司禮監秉筆太監卻勸說道“陛下，如今左都督東江總兵以被殺！若在殺袁督師恐怕遼東都司戰事一時無人能控製？”
沉思過後的明毅宗儘管十分生氣但毛文龍已死不得不依靠袁崇煥！這讓後金天聰汗：皇太極，得知毛文龍已死？就立刻兵分三路；上路攻入大安口斬殺明遵化參將：周鎮、中路攻入龍井關、下路攻打洪山口明薊州參將：張安德，兵敗逃跑而明薊州守備：張萬春，降金之後薊州被後金包圍！明毅宗急忙下令京師戒嚴。
另外皇太極還親自率軍攻破龍井關，並以漠南蒙古科爾沁台吉：孛兒隻斤·布爾噶圖，為指引帶後金軍占領洪山口又攻破大安口到達遵化縣城下，就遇到明山海衛總兵：趙率教，出兵救援在遵化縣城外與後金武英郡王：愛新覺羅·阿濟格，開戰不幸被後金左翼四旗和右翼科爾沁二旗給包圍，孤軍奮戰的明山海衛總兵因等不到援軍到達而戰死！
明永平巡撫：王元雅、明保定衛推官：李獻明、明永平推官：何天球、明遵化知縣：徐澤，等軍官在城破之後與後金砍死依舊寧死不屈最終明軍全軍覆滅！
萬全都司、大寧都司、河南承宣布政司、山東承宣布政司、山西承宣布政司、山西行都司等地得知京城戒嚴，紛紛奏請明毅宗要求率師勤王，其中明山西巡撫：耿如杞，帶3千軍隊救援、明山西總兵：張鴻功，帶5千軍隊救援，明毅宗就讓戶部立下軍令狀道“大軍到地點就發軍餉。”
很快山西承宣布政司明軍就到紫禁城下，但今日派守通州三衛、明日調昌平州、後天又調良鄉縣，接連三日都沒給軍餉就激起了兵變！還好被京軍三大營給及時鎮壓住事後耿如杞、張鴻功被捕入獄，駐軍隻好搶掠附近富強商戶獲取軍餉。
雖然明薊遼督師：袁崇煥，主要分管山海衛關外防務，但是對於整個帝國的薊遼防禦還是有責任的，況且後金鐵騎就是從山海衛外繞道漠南蒙古科爾沁而來入侵大明的，恰好明薊遼督師又讓明山海衛總兵：趙率教，調去關內應戰後金騎兵了、明寧遠衛總兵：祖大壽，也被調入關另外又讓明廣寧前屯衛總兵：朱梅、明廣寧前屯衛副總兵：徐敷奏，去駐守山海衛才讓後金有機可乘。
然而防京師要道的明薊遼督師卻讓明萊州衛參將：楊春，守永平府、明萊州衛遊擊：滿庫，守遷安縣、明萬全都指揮使：劉振華，守建昌縣、明登州衛參將：鄒宗武，守豐潤縣、明登州衛遊擊：蔡裕，守玉田縣。
其次明薊遼督師還嚴守京畿地區，又在靠近京師東北方向的薊州、三河縣、密雲縣、順義縣嚴密布防，而後金則從東北路入京，明薊遼督師急派明保定衛總兵：曹鳴雷，駐守薊州在由明薊遼督師親率大軍以明寧遠衛總兵作先鋒駐薊州調度策應，又命明宣府總兵：侯世祿，守三河縣、明薊州總兵：劉策，守密雲縣安排好防守。
布置完畢後就開始阻攔後金軍南下的第一線遵化縣阻截，因皇太極隊突破了龍井關和大安口直接指向遵化縣，遵化縣是京師東麵重鎮因此明薊遼督師想把後金軍隊攔在此，誰知之前派出明山海衛總兵：趙率教，的4千明軍陣亡導致第一線阻攔失敗！（實際上袁督師故意這樣做的？）。
戰報傳到朝廷時明毅宗震驚，連忙命明薊遼督師做好抗敵準備，另外皇太極留兵8百守遵化縣，在親率後金軍接著南下向京師出發逼近薊州。
這時明薊遼督師就帶領9千關寧鐵騎（這是遼東總兵：李成梁，的遼東鐵騎軍改編組成的關寧軍，成為當時大明又一騎兵主力）實施第二線薊州阻截，關寧鐵騎急速趕往薊州。