但朝廷依舊不知他倆是被誤殺，而是誤以為陣亡，還讓陣亡的明建州左衛軍民指揮同知：愛新覺羅·塔克世，長子：愛新覺羅·努爾哈赤，繼任大明建州左衛軍民指揮使。
而七顆痣之事則被遼東都指揮使司死囚強行燙的傷疤代替，以酷刑來掩蓋其真相。
6月初3日遠在雲南承宣布政使司的明軍，大批開赴永昌軍民府施甸長官使司姚關縣前線鎮守，並積極進行防禦和作戰。
先後在雲南承宣布政使司治下的；車裡軍民宣慰使司思茅縣斷山、灣甸長官使司、臨安府新化州三尖山，一帶進行了三次戰役，明軍均取得了豐厚的勝利，基本打垮了叛軍，捍衛了邊疆安定。
8月10日大明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤，以朝廷正三品官職名義繼續整頓好兵馬，打著朝貢之意入境，前去攻打遼東都指揮使司境內的甲板城。
得到消息的明蘇克素滸河部圖倫城主：佟佳·布庫錄（漢名：尼堪外蘭）連忙聞風輾轉，逃往撫順守禦千戶所附近的鵝爾渾城。
使得明建州左衛軍民指揮使再度撲空，但卻收下圖倫女真部數千人而還，致使建州左衛軍民指揮使司勢力漸增，而圖倫女真部勢力開始衰弱，再加上圖倫城主數次逃離讓許多人看到他的懦弱與不可靠！
便紛紛轉而投向建州左衛軍民指揮使司麾下。
12月初4日，朝廷明兵部尚書：張學顏，上奏說道“南直隸應天府南京城內，中軍都督府衛所軍隊原額有；十二萬六千五百一十人，現今隻有三萬四千二百餘人，將近減少了四分之三，宜令南直隸兵部按後湖舊冊逐一清查補足。”
明神宗聽後準許明兵部尚書之請。
而野心勃勃的明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤，為了躲避仇人的追殺特意改族姓為（佟）這個姓氏連朝廷與女真各部在內都不知道此事。
畢竟女真族譜裡麵記載的隻是氏，也就是（愛新覺羅氏）並沒有姓！所以遼東都指揮使司的檔案裡麵，也隻能查到女真各族的氏而已，故此明建州左衛軍民指揮使：佟·努爾哈赤，就借助這個名字用朝廷從三品軍民衛指揮使名義擴大領土勢力。
到了明萬曆十二年公元1584年4月11日，明騰越州遊擊將軍：劉綖，率領大軍至永昌軍民府施甸長官使司姚關縣一帶。
各軍乘勝追擊，向西直逼隴川宣撫使司，先後斬首敵軍萬餘人，明軍進至隴川宣撫使司猛卯。
明騰越州遊擊將軍先分兵占據了隴川宣撫使司沙木籠山，後在親領大軍入城，讓原本駐守在隴川宣撫使司偽隴川宣撫使：嶽鳳，見到四麵被圍，隻得出城投降，其餘周邊聯盟各土司官員，紛紛歸附朝廷投降明軍。
7月13日負責籍沒前任明內閣首輔：張居正，府中財產的官兵們開始登記人口，封鎖門戶大批人員餓死或者被殺，正當處置年近80多歲明一品詔命夫人：張老太，眼見目睹孫媳們一個個投環求死不得，複用匕首刺目，血流不止，左目遂瞎。
而先前長孫明禮部主事：張敬修，被抓下獄自殺，次孫明翰林院編修：張嗣修，被發配邊疆充軍（待罪之身）三孫明江陵縣狀元：張懋修，投井自殺未成功又絕食自儘也失敗，一同被發配邊疆充軍。
四孫明南鎮撫司錦衣衛指揮同知：張簡修，是武壯士出生又娶了明陝西三邊總督兼北直隸刑部尚書與南直隸兵部尚書：王之誥，的女兒因此隻是被貶為庶民。
唯有五孫明尚寶司司丞：張允修，聽聞風聲之後逃到荊州府江陵縣老家山林之中隱居起來，以及六孫：張靜修，年紀尚幼未授予官職，在親朋好友幫助下逃到德安府應城縣躲過一劫。
就在官兵們動手抓捕明一品誥命夫人：張老太，上奏準備用刑之際明內閣首輔兼文淵閣大學士：申時行、明都察院左副都禦史兼刑部尚書：潘季馴，有些於心有不忍，上疏明神宗，認為（治張閣老之獄太急，至於奄奄待斃之老母，煢煢無倚之諸孤，行道之人皆為憐憫）
但是明神宗看後不悅，恰好明都察院江西道監察禦史：李植、明都察院河南道監察禦史：江東之，等人與明內閣首輔兼文淵閣大學士：申時行、明吏部尚書：楊巍，互相攻擊彈劾對方，明刑部尚書：潘季馴，則幫助內閣打壓其餘彈劾官員。
於是明都察院江西道監察禦史就以黨庇張居正，「朋黨奸逆，誣上欺君」言辭刻薄，呈交給皇帝陛下觀看，讓明神宗大為喜悅，即刻就令明刑部尚書自辯，誰知明刑部尚書上疏認罪，卻被削籍為民。
8月初5日，廣西都指揮使司平樂府平樂守禦千戶所，士兵因軍餉分賞不均鬨事，殺死打傷了四十餘人，並逮捕明平樂縣知縣：王佩搖，企圖索要糧餉。
當地州府命官兵前往討伐，參加兵變者幾乎被殺儘，首要分子明平樂守禦副千戶：徐凱，被俘不屈自縊身亡。