時值大雪紛飛，建州左衛軍民指揮使司女真兵由瑚齊寨至兆佳城，需要翻越噶哈嶺，此處山勢陡峭，道路難行。
士兵們剛到達嶺前，便有人畏怯意圖後退，明建州左衛軍民指揮使得知後，一方麵曉喻兵將樹立信心，另一方麵則周密布置，他率先鑿山為磴，命令士卒們用繩子連馬，前拉後推魚貫而上，很快就圍困住了兆佳城。
而兆佳城主事先接到密報，已聚兵登城早有戒備，讓明建州左衛軍民指揮使見狀不得不親自身先士卒奮力強攻。
明建州左衛軍民鎮撫使：鈕祜祿·額亦都，率先登上城牆率兵跟進，守城女真兵力不能支，出現全線潰敗的情況，導致兆佳城主被俘。
同時在北直隸京畿順天府紫禁城內，明神宗召明通政使司左通政：海瑞，為南直隸都察院右僉都禦史，命他即刻赴任。
當時明南直隸都察院右僉都禦史：海瑞，已經七十二歲了，他直言上疏稱自己衰老垂死，願意效仿古人屍諫的意思，並列舉出明太祖吳王洪武高皇帝陛下刑法，剝人皮裝上草製成皮囊，以及定律枉法多達八十貫判處絞刑的規定。
並且還說應當用這樣的方法，來懲治貪汙，其它謀劃時政，言語極為切實，隻有勸皇帝用暴虐刑法才能治國。
然而當時南北直隸都察院官員們評議，都認為這樣做是錯誤的？故此由明都察院經曆使：梅鶤祚，出麵彈劾明南直隸都察院右僉都禦史。
好在明神宗明察秋毫認為明南直隸都察院右僉都禦史言論雖有過失，卻清楚的意識到海大人的忠誠，為此隻是免去明都察院經曆使的俸祿，並改任海瑞為南直隸吏部右侍郎。
3月10日，朝廷下令明元江軍民府知府：那恕，去招撫明車裡軍民宣慰使：刀糯猛，因嘉靖年間，車裡軍民宣慰使司就曾以大車裡（既；宣慰使司南部）應緬甸軍民宣慰使司，而以小車裡（既；普洱縣一帶）應大明。
這次在明軍對緬甸軍民宣慰使司的自衛反擊戰中，取得了勝利的形勢下，明車裡軍民宣慰使才複歸大明，進獻訓象、金屏、象牙諸物，謝罪。
在這種情況下，明神宗不計前嫌恢複了他的車裡軍民宣慰使的官職。
4月初10日禮部重修「大明會典」，要刑部提供有關法律資料，明刑部尚書：舒化，與明吏部尚書：楊巍，遂選輯自明嘉靖三十四年公元1555年曆次詔令以及〈宗藩條例〉、〈軍政條例〉、〈捕盜條例〉、〈漕運議單〉中與法律相關的條款，以律令為正文，以事例為附注，共三百八十二條，彙編成書，定名為〔問刑條例〕。
5月19日明神宗早朝退了之後，以平台方式召見明內閣首輔：申時行，等官員們商議大事，明陝西巡按兼都察院廣西道監察禦史：董子行，趁機上奏疏稱“巡撫、巡按，官員當親自巡曆地方，不可推諉給其餘將吏，巡撫宜久任，沿邊兵備道官員宜加優待，沿邊同知、通判等官員宜慎選用，破格遷除。”
此刻明神宗：朱翊鈞，則回複道“董愛卿所言甚是，邊疆之事重大，若巡撫、巡按，官員不親曆地方專委小官，豈不誤事也！”
但明內閣首輔：申時行，等官員卻上奏說“就如陛下所言，邊疆之事全賴巡撫、巡按，官員他們每年巡曆地方，而下人不敢欺騙，自能儘心料理，若巡撫久任，卻不惟人才得以展布，發揮作用，而百姓亦得相安無事。”
明神宗則說“巡撫久任者，寧可加俸加銜，也不行以親故讚其成，非大臣謀國之忠。”
立刻就被明內閣首輔奏辯道“當初陛下閱視此地時，都察院江西道監察禦史李大人、都察院河南道監察禦史江大人，可並沒有說起此事，若輕易更動乃輔臣召對之典，自孝廟後至是再舉。”
由此引起了明神宗的注意。
6月17日四川都指揮使司敘州府敘南衛建武守禦千戶所，參加嘩變的士兵將領，明建武守禦副千戶：範泰龍、明建武守禦千戶所鎮撫使：李德，等十餘人被殺，並傳首所部兵營。
又有四川承宣布政使司龍安府平武縣楊柳蕃人進犯鬆潘衛金瓶堡，以及成都府茂州蕃人聯合起來集結成48寨，北上進犯疊溪守禦千戶所與疊溪長官使司、普安堡、歸水岩，一帶導致川西震驚。
明四川巡撫：雒遵，得知消息後急忙派遣明四川總兵：李應祥，率兵前去征討，以防叛軍擴大戰局騷擾軍民。