其三；是內部不和，大明南軍和北軍的矛盾，從平壤府之戰中，明薊州鎮左參將：吳惟忠，率薊州鎮步兵（北軍）首先攻克了北門牡丹峰，而明京軍神機營左參將：駱尚誌，則率浙江都指揮使司步兵（南軍）首先破城，就連李氏朝鮮王國的文獻上也認為大明南軍輕勇敢戰，是破平壤府大捷的關鍵。
但是明東征提督：李如鬆，卻在給朝廷上報的文書中，把破城的首功記在了自己的嫡係明東征左副總兵：楊元、明東征右副總兵：李如柏，這兩位北軍將領的頭上，才招致了南軍將領們的不滿。
4月20日，明遼東經略：宋應昌，明東征提督：李如鬆，兩人商議之後決定再派明禦倭遊擊將軍兼通事：沈惟敬，前往倭軍大本營中議和。
臨行前明遼東經略特意交待道“此間和議，汝既專主，吾不當欺李氏朝鮮，亦不敢誣朝廷，爾須率策士五人，領倭眾歸幕府，受關白降書以來，本部院得此，定會轉奏，請旨冊封關白為郡王，使之進貢，勿令誤事。”
由此可見，明遼東經略賦予了明禦倭遊擊將軍與幕府交涉的目地，一是要求倭軍從李氏朝鮮王國撤兵，二是要求幕府關白向大明帝國送來投降書。
而作為大明回報的條件，則是冊封幕府關白：豐臣秀吉，為幕府國王〈大明郡王〉，同時準許幕府向大明帝國進行朝貢貿易。
恰好幕府關白也是這麼想的，他覺得既然拿不下李氏朝鮮王國，又有地方戰亂屍體沒有處理爆發了疫情，還與明軍們死磕也不是辦法！隻能采取休養生息之策，便也同意了雙方再次議和。
這次和談，在5月16日有了初步的結果，由於明遼東經略與明東征提督繼續率軍南下壓境，驅除倭軍出全羅左道南原郡、尚慶右道晉州牧，迫使倭軍主力從慶州府釜山浦移駐到熊川郡西生浦。
為了不被明軍追擊，倭軍方麵同意釋放被俘虜的李氏朝鮮庶長子臨海大君：李珒，李氏朝鮮庶六子順和大君：李?，這兩位王子和李氏朝鮮兵曹判書：黃廷彧，等人。
同時幕府關白還派遣了幕府飛驒守：小西飛（內藤如安）跟隨明禦倭遊擊將軍前來大明帝國落實議和事宜，但幕府關白開出的議和條件，卻是要大明帝國嫁公主殿下入幕府成為幕府後陽成天皇：周仁，為皇妃。
以便於恢複大明、幕府之間的朝貢貿易，兩國大臣為通好共立盟誓，在歸還占據的李氏朝鮮王國北部四道，同時割讓李氏朝鮮王國京畿左右道南半部和全羅左右道、忠清左右道、尚慶左右道，給幕府管理。
並且還要求李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，派遣王子以及一兩位大臣到幕府為人質，另外李氏朝鮮重臣還要向幕府書寫不違背和約的誓詞。
沒想到此舉竟然被當朝的明兵部尚書：石星，給全盤默認答應了。
另一邊在大明帝國的西南方，一股勢力正在慢慢崛起，由於統治四川承宣布政使司播州宣慰使司7百多年的楊氏，早已是雄踞一方，而且此人好鬥嗜血，還動輒殺戮村民，並巧取豪奪周邊中小土司們的財物。
甚至因寵妾的誣告，又將自己的正妻：張春花，給斬殺了！讓張氏的娘家〈五司七姓〉家族者們憤恨不已，以此為由，五司七姓家族們紛紛寫奏折上報朝廷，向大明皇帝彈劾明播州宣慰使：楊應龍，之過錯。
但都一一被朝廷給鎮壓下來了，畢竟抗倭需要軍隊，恰好明播州宣慰使又自告奮勇願親率五千播州軍赴朝討倭，以便將功贖罪，考慮正是用人之際，播州軍又有強大的戰力，所以明神宗萬曆帝：朱翊鈞，才答應了他的請求。
可在得知倭軍已被先期入朝的明軍擊潰，才讓明播州宣慰使將功贖罪的希望泡湯，而他又認為整個四川都指揮使司的明軍弱不經戰，對此非常輕視，久欲占據整個四川承宣布政使司準備獨霸一方。
他的居所全是雕龍飾鳳，又擅用閹宦，儼然是一個土皇帝的行為了。
再加上朝廷又一而再，再而三的勘查，讓他終於失去了耐心，他將前來勘問的朝廷官員一律轟了出去，並且抗命不出不配合調查。
於是明四川巡撫兼都察院左都禦史：王繼光、明固原衛總鎮總兵：劉承嗣，分路出兵四川承宣布政使司準備強行拘捕明播州宣慰使。