同時李王龍華帝君：劉天緒，還約定於12月23日，長至日乘官祭陵之機起事，後因其眾：陳繼學，等人懼怕事發禍及，先期告變。
被明南直隸兵部尚書：孫钅廣，於12月18日，發兵捕獲無為教徒四十九人，殺劉天緒一人，其餘發配邊疆充軍。
再次上任的明遼東總鎮總兵兼寧遠伯：李成梁，因守不住東邊建州八部之一董鄂部放牧地的寬甸六堡，遂與明薊遼總督：蹇達、明遼東總鎮巡撫：趙楫，商議放棄該地，將堡內的六萬戶居民全部遷到內地撫順守禦千戶所，凡留戀家室，不願遷徒者，即動軍隊用武力強迫他們遷居，造成死亡者不計其數，還命令遼東明軍後退三十裡！
此事被明兵科給事中：宋一韓、明都察院湖廣道監察禦史兼遼東總鎮巡按：熊廷弼，兩人上奏稱“棄地非良策，應當分兵把守。”
還大罵明遼東總鎮總兵不負責任，對此明神宗俱不聽，而是繼續采用了明遼東總鎮總兵的建議！至此遼東都指揮使司屏障儘被撤除。
幸虧此時女真諸部族的首領人物，相繼死亡，又加上朝廷重開遼東都指揮使司開原衛、廣寧衛，之間的馬市和木市，使得各族人民友好往來，於是八年時間內遼東都指揮使司平靜少事。
不過明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）也趁機把勢力擴張到了明軍防線，並借此機會又去京城朝貢大明天子表示守衛邊疆的忠心。
明萬曆三十五年公元1607年正月28日，明陝西總鎮巡按：餘懋衡，疏劾明陝西礦監稅使：梁永，私自運載大宗貨物到京畿，且多用民夫馬匹。
此舉讓明陝西礦監稅使大恨，指使其黨明西安府判官：樂綱，收買膳夫兩次下毒，企圖害死明陝西總鎮巡按。
但被明鹹寧縣知縣：滿朝薦，發現他不畏強權，直接逮捕了膳夫，欲置於王法，明陝西礦監稅使懼禍及己，親率其黨攜兵器衝入縣衙內，因縣中衛兵早有防備，才讓明陝西礦監稅使的陰謀沒有得逞。
此時西安府軍民皆稱明陝西礦監稅使必反，但他卻自稱“並無反意。”
而暗地裡竟養甲士數百人，伺機反抗，使得西安府鹹寧縣、長安縣、臨潼縣、藍田縣、鹹陽縣，等地亦下令嚴厲打擊明陝西礦監稅使一夥，更讓礦監黨徒見勢不妙，多數已稍稍離去，竄到渭南縣。
明鹹寧縣知縣聞訊，為了除暴安良，緊急提兵追擊，雙方打鬥互有所傷，嚇得明陝西礦監稅使見狀大為恐懼，便暗中命人藏奏書於頭發裡，並火速入京誣告明鹹寧縣知縣搶劫上供朝廷的貨物，且殺死稅役數人投屍河中。
被明神宗得知後大怒，不問真假便命北鎮撫司錦衣衛提騎抓人。
2月初5日，因新任的大明安南都統使：黎維新，剛剛嗣位，遣使來明進貢，被明神宗批準，而此時在安南都統司已經失去政權的莫氏宗黨們則多流竄處濱海地區，並往往僭稱公、侯、伯、名號，還不斷侵犯我大明帝國廣西承宣布政使司邊境。
新任的大明安南都統使竟無力製止，其後莫氏宗黨仍數次來犯，邊境之民頗受其害。
明雲南總鎮總兵兼黔國公：沐睿、明雲南總鎮巡撫兼都察院右副都禦史：陳用賓，以教化八關十二堡聞名，初期臨安府教化三部長官使司自相殘殺，導致；龍勝安、張德勝兄弟，支角□羊白氏一家：白麟奔，就儂氏：儂應祖、廣南府苗族酋長：智高，等也相繼被打殘。
之後明八寨長官使：李世茂，預謀召安南長官使司兵力，以攻取教化三部長官使司獲得福利時，卻不料明安南長官使：武德成，頗以兵力自雄占據了臨安府交岡縣與明南丹縣員外郎：張仲林、明蒙自縣牛羊寨首領：儂金貴，聯合擁兵象軍十萬人攻打臨安府教化三部長官使司、八寨長官使司，儘躪其地。
其中明雲南總鎮巡撫屢遣諭書勸說，但叛賊們任然不退，使得臨安府蒙自縣、阿迷州、一帶風雨飄搖。
明臨安府提學道兼雲南提刑按察使司僉事：範允、明臨安府左參將：張名世，等以諸夷合兵入內地而勢不可久宜，因諸酋力奮明軍，在被擊破之時明安南長官使，宣稱“安南都統使司黎朝（黎敬宗弘定惠郡王：黎維新）的弘定七年安南黎朝國內從賊皆稱王公驟用兵割據。”
意思是讓他們趁著明軍圍剿之際，南下投降安南都統使司，這下讓諸酋們不知定方向，且明軍乘勝追擊來勢洶洶，斬其清郡公：黃文通，縛叛舍：李世茂，降其句賊者：白麟所，俘斬百四十五。
而叛賊：武德成、張仲林、儂金貴，皆以擾亂邊界罪押赴京師斬首，並查儂應祖之黨是否有相助？