到了酉時一刻，明王皇貴妃去世，但是過了四天都沒有發喪，直到明內閣首輔兼東閣大學士：葉向高，提出意見一再上奏，這才得以發喪。
但是禮官呈上禮儀製度之後，接連五天都沒有回複，最後還是明內閣首輔出麵才讓明神宗始賜明王皇貴妃諡號為〈肅靖皇貴妃〉葬於天壽山。
10月初5日，明福親王：朱常洵，的府第建成之後，工部請求皇帝陛下讓明福親王回到封國藩地內，由明內閣首輔擬旨交上去，但明神宗卻直接不發聖旨，並改在次年春天在讓明福親王回封國。
等到日期臨近時，明內閣首輔就請求先整頓明福親王的儀衛司、舟車，等儀仗隊用度，但明神宗卻不予采納。
12月13日，又遇到明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）再次來朝進獻寶物，以解除大明帝國對建州女真八部的猜忌，並恭祝大明天子天皇帝陛下萬壽無疆。
更讓明神宗很欣賞明建州左衛軍民指揮使的表現，不僅當眾表揚了他，還賜很多絹匹銀兩。
明萬曆四十年公元1612年4月初2日，南直隸都察院、河南道、山西道，山東道，等道都察院監察禦史各官員們奏言“臣等曆觀祖宗朝二百餘年以來，未有皇太子六七年不開講而滿朝催請置之不理，未有兩都六部尚書、侍郎缺乏至一二人者，未有台、司空虛而長期不補者，以致諸多廢墮！陛下深居二十餘年，不見大臣一麵，不議國家一事，長此不變，不知數年之後，有誰能與陛下共治多事之天下。”
然而明神宗依舊把奏折放一邊不理！
9月12日，烏拉女真部貝勒：納拉·布占泰，聯合漠南蒙古科爾沁部率騎兵攻打建州女真八部所屬的虎爾哈路掠奪物資。
這事很快就被明建州左衛軍民指揮使知曉，他率第五子明建州衛軍民副千戶：愛新覺羅·莽古爾泰、第八子明建州左衛軍民百戶：愛新覺羅·皇太極，親征烏拉女真部，並沿烏拉河南下連奪河西五城。
在拿下金州城後明建州左衛軍民指揮使便讓女真八部軍隊停止進攻，開始安營紮寨稍作休整。
12月初1日，兵部奏稱“販海之禁，屢經申飭，不意仍有人公行無忌，查其盤驗，雖非通倭之貨，但脫逃可疑，應行原籍衙門拘審，並通行所屬沿海軍衛、有司禁戢軍民，不許私出大洋，興販通倭，致啟釁端。”
此舉被明神宗從其議。
12月11日，經過休整之後建州女真八部軍隊，便兵臨烏拉女真部城下，明建州左衛軍民指揮使命令建州女真軍攻打烏拉城北門焚其糧草毀其城門，還將攻占的城堡全部焚毀掉，企圖徹底拖垮烏拉女真部。
膽小怕事的烏拉女真部貝勒見勢不妙，連忙乘獨木舟到烏拉河中遊向明建州左衛軍民指揮使這個嶽父叩首請罪，並請求寬恕。
好在這位嶽父（明建州左衛軍民指揮使）也比較大方，他立馬於河岸上，派人傳令數落著烏拉女真部貝勒的種種罪狀。
隨後就親率大軍撤回，但也留下了1千軍馬駐紮在烏拉河邊的麻虎山上，負責監視著烏拉女真部貝勒的動向。
本以為女婿能夠改過自新好好過日子，然而等建州女真八部軍隊撤走之後，烏拉女真部貝勒馬上就將怒火轉移到了兩位建州女真妻子身上，既明建州左衛軍民指揮使的四女兒：愛新覺羅·穆庫什，以及明建州左衛軍民指揮使的侄女：愛新覺羅·額實泰。
曾將此二人給捆綁起來，以弓箭射向愛新覺羅·穆庫什，又將她倆給囚禁起來。
明萬曆四十一年公元1613年正月初2日，東部地區的大明附屬國李氏朝鮮郡王光海大君：李琿，遂奏言道“德川幕府使者頻頻前來要挾和議，大有興兵入侵之勢？請大明天朝即刻選將帶兵入吾李氏朝鮮王國，督同本國訓練軍隊，防備倭軍。”
當時明神宗早在之前的〈萬曆朝鮮戰爭〉時就已留下了部分明軍將士在李氏朝鮮王國境內，而且教習成法俱在，不必再派軍隊，便命李氏朝鮮使者奉旨回國認真整飭軍備。
後因德川幕府妄圖再次出兵侵略李氏朝鮮王國，才有明遼東巡撫：張五典，上疏說“可用南方兵教練李氏朝鮮三道水師，在用北方邊軍教練李氏朝鮮步兵。”
但明兵部尚書：王象乾，卻說道“出水陸兩軍到李氏朝鮮王國，恐路途遙遠且糧餉白銀難以補繼，宜以華夏之事責華夏，以屬國之事責李氏朝鮮王國，李氏朝鮮王國是屬國，隻能如此處理。”
於是明神宗批準明兵部尚書之請，