故此明貴州總鎮巡撫隻得儘焚大方縣廬舍而退，已斷其藏匿的賊軍物資，在撤軍回貴陽府的總鎮巡撫衙門。
怎奈得知明軍準備開拔的消息後，水西反賊軍們挑唆當地部分土司出動，打算中途設伏攔截明軍，土司們熟悉地形在設伏之後偷襲明軍得逞，導致明中軍右參將：王建中、明援剿副總兵：秦民屏，兩位將領戰死！
大部分的明軍且戰且退，相繼在陸廣河巡檢司附近，遭遇到水西反賊軍以及暴亂的土司兵攔截。
正月10日，行進到內莊屯的明貴州總鎮巡撫：王三善，為被原永寧宣撫使司降將明永寧衛副總兵：陳其愚，私通永寧反賊出賣明軍，故意放明軍馬廄戰馬胡亂衝撞。
此舉導致反賊來襲時，驚魂未定的戰馬被明貴州總鎮巡撫騎上去之後，立馬摔落在地，被永寧反賊軍圍了上來，他想自刎保住體麵，結果被俘。
而明貴陽府同知：梁思泰、明兵部職方清吏司主事：田景猷，等四十餘人皆戰死，這下水西反賊與永寧反賊合為一體，打算再次造勢生謠。
正月12日，朝廷以明貴州總鎮巡撫：王三善，戰敗殉國為由升任明鄖陽府巡撫兼都察院右副都禦史：蔡複一，為「兵部右侍郎」負責征剿土司叛賊。
正月17日，明都察院福建道監察禦史：崔奇觀，彈劾明福建承宣布政使司右參政：程再伊，聽任明福建總鎮總兵：張嘉策，的建議接受荷蘭紅毛夷〈荷蘭銀三萬兩〉還許其澎湖巡檢司的互市。
同時遠在大明帝國東部附屬國～李氏朝鮮王國境內因反正有功的李氏朝鮮鹹境北道兵馬節度使：李適，僅僅被封為一個正二品的「漢城府府尹」，其子：李旃，更是未錄入戰功。
對此讓李氏朝鮮漢城府府尹：李適，很是不滿！
又加之時逢關西邊患（指東虜建奴），因此王室就任命李氏朝鮮漢城府府尹：李適，為（副元帥兼平安東道兵馬節度使）駐守寧邊大都護府，從而促使其產生謀反之心。
很快新任的李氏朝鮮仁祖純孝郡王陵陽大君：李倧，就得到了密告，當即下令要逮捕李適父子。
正月24日，首先是其子：李旃，被捕叛變消息走漏風聲，逼得李氏朝鮮副元帥兼平安東道兵馬節度使：李適，遂殺害寧邊大都護府都事，還與李氏朝鮮龜城府使：韓明璉，一起發動叛亂率軍攻打平安東西道的價川郡、順川郡、慈山都護府等地。
起初由於叛軍有1萬2千多人的精銳部隊，因此勢不可擋，一路往南殺來意圖逼近京畿右道漢城府王京附近。
另一邊的大明帝國北部，觀望了數年的漠南蒙古科爾沁貝勒：奧巴，決定放棄漠南蒙古察哈爾部，改成與後金搭上關係，就遣使與後金結盟。
這讓後金覆育英明天命汗：愛新覺羅·努爾哈赤，高興不已連忙派遣第十四子後金鑲白旗和碩額真：愛新覺羅·多爾袞、第八子後金四貝勒：愛新覺羅·紅歹是（皇太極）先後前去迎娶漠南蒙古科爾沁的格格為妃。
導致了漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗：孛兒隻斤·林丹汗巴圖爾（虎墩兔）非常不甘心！就這樣坐視漠南蒙古科爾沁部倒向了對手後金那邊。
於是他打算展開報複。
2月初3日，明遼東總鎮經略：孫承宗，上奏稱；今邊方大計，不過日守，日款，日恢複，陛下敕臣說這寧遠衛、廣寧中屯衛及河東土地，漸圖恢複，乃觀天下大議，似專守關以內，而道且說國家失襖兒都指揮使司（漠南蒙古河套部）、則大寧都指揮使司（指內蒙古）不失為全盛，何必複遼東都指揮使司。
然而遼東都指揮使司不複，山海衛則不可守，欲複遼都指揮使司必守其關外，則關以外必不可不屯兵，屯必不可不修築，而寧遠衛覺嘩之議必不可輕罷，請以守言之，凡客兵利速戰，主兵利久守，今關城聚集；秦、晉、川、湖、齊、梁、燕、趙，之眾儘號客兵，無論糧餉不繼，即其繼也，不逋不華而坐食，使自坐困。
蓋以速戰之備為久守之謀，欲進則不足，久守則必變，故議兵必在土著。
然薊州衛與薊州鎮少土兵，而守遼東都指揮使司以內，則遼兵亦為客，故隨遼人之便，安插於兩衛三所二十七堡之間，以土以屯，曰以遼人守遼土，養遼人，使關外之備稍足，則關內之防稍減。
況守在關以內，則內備淺薄、守在寧遠衛，則山海衛已為重關，北直隸帝都紫禁城神京遂在千裡之外，今天下亦嘗計及此乎。
再以款言之；臣之妝抵關，毳幕旗車，雜踏岡阜，一登陴而腥膻之氣撲人，日報劫殺，議遠撫場而通官難之，得廣寧左屯衛議和，初移之廣寧中後守禦千戶所為百裡，又再移之寧遠衛為二百裡，以兩協提路將分之信地，即撫即防，劫掠希少。
今議撤關外之防為守關內，則仍入關為撫，而八部三十六家仍環聽於關門，且寧遠衛有兵備道、廣寧前屯衛有兵備道，遼東都司府統稱為［遼鎮］遼東總鎮巡撫統稱為〈遼撫〉，而安插遼人於廣寧前屯衛，則說胎禍。