6月12日，得不到大明朝廷市賞的漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗情況非常糟糕，內部嚴重缺乏物資，因此決定發兵大舉入侵山西行都指揮使司大同府，擊殺守邊軍民數萬人，差點就攻占了大同右衛邊境長城地帶。
明廷本欲以漠南蒙古右翼諸部來抵禦漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗，但怎奈傳令時漠南蒙古右翼諸部皆已覆滅。
恰好漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗也無意得罪大明，便在附近劫掠一番後下令撤退。
6月21日，明毅宗複起用前任明貴州總鎮巡撫：朱燮元，為「南直隸兵部尚書」總督雲南都指揮使司、貴州都指揮使司、四川都指揮使司、湖廣都指揮使司、廣西都指揮使司，五司軍務移駐貴州承宣布政使司貴陽軍民府新貴縣貴竹長官使司負責招撫土司流民。
乃至廣開墾田、恢複經濟、占據險要，立營壘，充實軍伍。
上任之後的明南直隸兵部尚書兼五司總督：朱燮元，立即征調雲南都指揮使司滇軍攻下霑益州烏撤後守禦千戶所直逼四川承宣布政使司烏撒軍民府烏撒衛、四川都指揮使司川軍則出兵永寧宣撫使司永寧衛，在攻下畢節衛。
而明南直隸兵部尚書兼五司總督自己則率兵駐紮在貴陽軍民府新貴縣貴竹長官使司陸廣河巡檢司地界。
首先由水西叛軍首領羅甸大王：安邦彥，與永寧叛軍首領大梁王：奢崇明，前來攻擊明軍陣地。
明南直隸兵部尚書兼五司總督就傳令明貴州總鎮總兵：許成名，率軍佯攻敗退故意誘敵深入，又另派兵三路搗其叛軍老巢，再由明四川總鎮總兵：侯良柱、明敘瀘副使：劉可訓，與叛軍戰於永寧衛。
後又與川軍彙合，大破水西土司叛軍。
7月初3日，朝廷得知東虜建奴軍撤走後，朝廷經過商議後，還是決定讓袁總督來擔任遼東總鎮經略的職務，因此朝廷政策又發生了改變。
在聖旨派發之前，袁總督就上奏朝廷選擇要守土安民，因此寧遠衛方麵就出動了兩萬人北伐擊潰，東虜建奴小隊守軍，再次修整廣寧中屯衛工事。
等竣工完成時，就由明遼東總鎮巡撫：畢自肅，負責驗收完畢。
7月15日，明遼東總鎮經略：袁崇煥，返回京城時，上疏陳述關內外兵事，明毅宗就在皇極殿平台內召見袁總鎮經略。
在見麵行作輯禮之後，袁總鎮經略就聲稱自己可以用五年時間平遼？這讓明毅宗大喜過望，還對此大加讚賞。
然而明兵科給事中：許譽卿，就詢問袁總鎮經略的複遼策略，但袁總鎮經略卻說，這隻是安慰陛下的話？
因此明兵科給事中就說道“陛下英明，怎可隨意應對？他日若按期限追求成效，你該如何是好？”
這才讓袁總鎮經略感覺自己失言了，便上奏說“五年複遼的計劃不容易完成，陛下既然委托給了臣，那臣又怎敢隨意推辭，這麼艱難的任務，但五年內，戶部轉運軍餉、工部提供器械、吏部用人、兵部調兵選將，必須朝廷內外事事配合，才能有所成功。”
於是明毅宗就讓四部尚書們按照袁總鎮經略的話照辦。
但袁總鎮經略還是害怕自己，去往邊關以後，朝中難免會有人再次誹謗自己，便將此事告訴皇帝陛下，又在明禮部尚書兼東閣大學士：劉鴻訓，等人的建議下，收回了被罷免的明遼東總鎮經略：王之臣、明山海衛總兵：滿桂，的尚方寶劍，將其轉賜給袁總鎮經略。
還鑒於此前明遼東總鎮經略：熊廷弼、明遼東總鎮經略帝師：孫承宗，都因為受到排擠陷害，而使自己的意願難以舒展，便又上書稱；恢複遼地的計策，不外乎臣往年所提出的以遼人守遼土，以遼土養遼人，防守乃是正規的策略，攻戰是變通的策略，議和是輔助策略的說法，執法在循序漸進而不在突變猛進，在追求實效而不在貪圖虛名，這是臣與諸邊防官員所能做到的，至於選擇用人的人，與被人用的人，都是陛下掌握其中的關鍵，怎麽才能用人而不三心二意，相信而不懷疑？因為駕馭邊防大臣與朝廷大臣不同，軍中可驚可疑的事特彆多，隻應當談論成敗的大局，不必摘取一言一行的細小過失。