緊接著明毅宗也詢問道“卿為何襲擊大同軍？關寧軍又為何一觸即潰？朕不是給了全國70%的軍餉，來給你養關寧軍的，為何戰力如此之差？”
以上這些話題袁督師都回答不出，更讓明毅宗與文武大臣們認為其中有詐，紛紛向朝廷告狀稱“袁崇煥名為入援，卻聽任東虜建奴與北虜軍隊沿途劫掠焚燒民舍，卻不敢前去阻攔，城外的外戚勳臣的莊園土地均被韃子軍隊給蹂躪殆儘。”
因此便把袁督師給扣留下來，交由刑部與大理寺以及都察院三司審問。
還論功行賞給滿總鎮總兵等將領設宴慶祝，明司設監太監：車天祥，負責諭慰遼東都指揮使司的將士們。
另外還命滿總鎮總理負責總管各路勤王援兵，充當天下兵馬大主帥節製諸將，明左軍都督府右都督：馬世龍、明遼東總鎮總兵：祖大壽，則分理遼東軍與關寧軍。
12月初3日，明毅宗下令明司禮監太監：沈良佐、明內官監太監：呂直，負責提督京師九門及皇城四門，明司禮監左少監：李鳳翔，總督〈忠勇營〉提督京營。
12月初4日，後金蒙古聯軍圍攻順天府固安縣進行劫掠，明固安縣知縣：劉伸，見狀連忙安撫百姓南逃去保定府雄縣避難。
而此時負責勤王的明大同總鎮總兵：滿桂，勇猛敢戰，他部下的降人有時攪擾百姓，滿總鎮總兵也不加懲辦，結果明大同右衛副總兵：申甫，所率領的隊伍中就有很多市井鄉民，毫無軍紀肆意騷擾百姓。
導致大同明軍出於正義便鎮壓他們，夜間向他們的駐地射箭驚嚇他們，還射死了許多無辜軍民，被明順天府監軍禦史：金聲，彙報上去後，明毅宗也不追究滿總鎮總兵的過失。
此時在京畿北鎮撫司詔獄衙門內，被關押的袁督師正由三司官員輪流審問著，其中以明兵部職方司郎中：餘大成，認為袁督師膽敢作為此等事情，勢必會與手下勾結，才能做到欺上瞞下，因此懷疑明遼東總鎮總兵兼征遼前將軍：祖大壽，是否也參與進來？
還揚言道“如果不出本官所料，祖總兵可能在這三日之內，必定會反？”
而另一邊各路勤王兵馬正在南下，繼續驅趕後金蒙古聯軍，但是眼下遼東軍主帥卻與明大同總鎮總兵不和，導致雙方指揮權混亂，反而一股清軍趁機偷襲，使得遼東軍以及關寧軍大敗。
果然不出所料，為了保住家丁以及麵子，畢竟袁督師不在，祖總鎮總兵就是領頭人，再加上聽聞官員說袁督師有勾結祖總鎮總兵的嫌疑？因此一時衝昏頭腦的祖總鎮總兵竟與明遼東總鎮副總兵：何可綱，私下商議真就帶兵北撤了。
由於是臨時通知的，故此遼東軍與關寧軍毫無組織的撤退，從通州三衛人踩人般的逃走。
此事很快就被明中極殿大學士：孫承宗，得知消息他連忙前去阻攔，並且上奏稱“遼東兵潰約有1萬5千人，自通州三衛南趨張灣，臣聞之，急以手劄慰諭祖總鎮總兵，並傳檄三軍，令明撫寧衛遊擊將軍：石柱國，力諭諸將校尉，然將校們多垂淚曰；主帥已戮城上，又以火炮殲我，故逃避至此！臣思大壽危疑之甚，又以身貴不能受製同列，故乘吏卒驚疑，全軍儘潰陷，人以自護，非諸將儘叛也，急宜敕關內、關外兩道慰諭將領，解散士卒，大開生路以收人心。”
此事被明毅宗給批準了。
緊接著又急忙派遣明通州左衛都司：賈登科，帶著自己的書信前去安撫祖總鎮總兵，又派明撫寧衛遊擊將軍：石柱國，繼續安撫其它遼東軍與關寧軍將士。
但祖總鎮總兵卻依舊不為所動，而明中極殿大學士也認為袁督師有罪，卻仍然上書皇帝陛下，請求力保祖總鎮總兵，還說祖總鎮總兵不會真的反叛。
於是又派人讓祖總鎮總兵上奏章說明自己為何往東潰逃？等奏折傳上去之後，明毅宗非常不高興，但也不責怪他，而遼東軍將士大多出自明左軍都督府右都督部下，因此明毅宗急忙傳令明中極殿大學士移鎮山海衛前去追趕。
就這樣北撤的遼東軍以及關寧軍將領們，在聽說孫大學士與馬都督即將到來，這才安心回歸。
亥時，後金天聰汗連夜傳令在順天府固安縣停留的後金蒙古聯軍們集合起來，明日準備再次北上出擊良鄉縣，給勤王明軍來個回馬槍。
同時經過北鎮撫司錦衣衛的審問下，袁督師供出來了明東閣大學士：錢龍錫，這讓他的死黨明戶部尚書：王永光，得知消息後隨即就讓自己提拔的明都察院江西道監察禦史：高捷、明巡城禦史：史褷、明都察院河南道監察禦史：袁弘勳，一起上奏彈劾錢大學士私通袁督師罪責難逃。
這讓錢大學士非常恐慌連忙解釋道“崇煥初見陛下時，臣觀其姿態語氣，退謂同官此人恐不能勝任也！然崇煥以誇五年複遼論，往詢方略，還稱恢複當自東江鎮開始，文龍可用則用之，不可用則去之，才造成突誅文龍事件，疏有臣低徊一語，臣念及文龍有功，朝端共知，因置不理，奈何以崇煥誇詡之詞，坐臣朋謀罪？又辯挑激大壽之誣，今臣請賜罷黜。”