因此故意克扣軍餉，還把罪名推給黃總鎮總兵頭上，又加上援遼軍隊也就東江鎮與皮島本部裝備待遇最差。
這很快就引起了東江鎮與皮島部明軍將領們的不滿，恰巧這時明東江鎮水營左參將：李梅，又在軍裡搞起了走私活動，以補充軍餉物資。
當即就被明東江總鎮總兵將其打入大牢內，但是這個李參將卻是明登州衛中軍左參將：耿仲明，的親信兩人關係非常好，而明登州衛中軍左參將弟弟明皮島步兵都司：耿仲裕，又恰好在東江鎮軍隊裡任職。
他得知消息後為了救哥哥好友李參將，便寫信給哥哥耿參將，而他就指使弟弟耿都司，以索要軍餉為名，趁機起兵包圍了黃總鎮總兵東江鎮衙門，並將他綁了起來，押到演武場上批鬥。
還讓他跪下，準備下令割掉他的耳朵和鼻子，甚至拔刀怒罵，看起來要殺了他一樣，左右身邊的將領們發現情況不對勁，連忙上前阻攔，並說道“耿都司大人，咱們隻是要問黃總鎮總兵索要軍餉，眼下以綁住，弟兄們也開倉取得糧餉了，沒必要在趕儘殺絕，更何況是黃總鎮總兵還是朝廷任命的武將，又是遼東都指揮使司孫督師的部將，若貿然斬殺了，恐怕朝廷方麵也不好交代。”
於是明東江總鎮總兵就這樣撿回一條性命，並被士兵鬆綁攙扶著走下去，而李參將也被人從牢裡放出來，換成了黃總鎮總兵下獄。
因此明東江鎮坐營左參將：沈世魁，便站出來出謀劃策，也讓帶頭鬨事的明皮島步兵都司：耿仲裕、明金州守禦千戶所前鋒千總：王應元，等人覺得是時候推舉出一個帶頭者了。
就在叛軍們座談之際，在東江鎮中頗有影響力的人物，現分屯於海上的明東江鎮水營都司：尚可喜，在收到消息後第一時間就率軍趕回皮島，並煽動親信以及好友們準備反戈一擊。
這讓意識到情況不妙的沈參將，連忙調轉兵峰也加入到了平叛當中，眾將們先救出黃總鎮總兵，在捆綁了叛將：耿仲裕、王應元，等帶頭者將其斬首示眾，黃總鎮總兵為了表達感謝，當即提拔明東江鎮水營都司：尚可喜，為〈東江鎮水營遊擊將軍〉。
在兵變平息後的上疏中，明東江總鎮總兵還將明東江鎮坐營左參將：沈世魁，列為平叛有功人員之首，不過也讓囂張跋扈的黃總鎮總兵，在吃了這計驚險後變得謹慎起來。
同時他還上書朝廷，請求治明登州衛中軍左參將：耿仲明，的罪。
然而明登州衛中軍左參將對於黃總鎮總兵殺死弟弟的做法十分氣憤，但畢竟是弟弟行為過於膽大，因此耿參將隻得向明登萊巡撫：孫元化，彙報情況要他上奏朝廷，彈劾黃總鎮總兵貪汙軍餉，這才導致了士兵嘩變。
於是朝廷派人來查，結果查來查去也沒有查清楚具體情況，隻是給朝廷交了個調查報告，便不了了之了。
事後參與調查的明遼東總鎮兵備道：楊嗣昌，秘密上報朝廷表示此事實為安撫明登萊巡撫、明東江總鎮總兵之間的利益衝突，所以才故意上報說查不出結果，其實這個索餉事件，的幕後主使應便是沈參將，但卻殺了耿都司等人替罪。
10月25日，被圍困近兩個月的大淩河堡（廣寧中左守禦千戶所）徹底彈儘糧絕陷入困境當中，據從城裡逃出來的一個商人叫：張翼輔，的開口說“城裡邊先是殺戰馬，吃馬肉，待馬肉吃光了，就吃人，先吃手無寸鐵的築城民夫，也吃那些餓死的士兵，惟有幾個大官還有米一二升而已，沒柴就用人骨，烤人肉吃。”
很顯然，此時的大淩河堡（廣寧中左守禦千戶所）城內已經變成了一座活地獄，後金天聰汗在通事以及漢官的彙報中，了解情況後更加堅定勸降之事。
城內經過眾將們的談判明遼東總鎮總兵：祖大壽，也做了最後決定，他主動寫信邀請後金正白旗遊擊將軍：瓜爾佳·石廷柱、後金三等副將：金礪，進城商議降金事宜。
當晚祖總鎮總兵侄子明廣寧中屯衛千總：祖可法、二子明廣寧中屯衛副將：祖澤潤、明援剿遊擊將軍：劉天祿、明寧遠衛右參將：張存仁，四人跟隨後金正白旗遊擊將軍一同到了後金軍大營內。
後金天聰汗聞訊親自出營迎接，四人半跪作揖便拜，後金天聰汗急忙上前一步攙扶，還以女真人最高貴的禮節抱腰禮相見，還設盛宴款待，四人被請至座中。
待談好事情後於10月28日，明遼東總鎮總兵殺死寧死不降的明遼東都指揮同知：何可綱，當即帶領其餘將領大開城門，率領眾將們前去敵營。
後金天聰汗與後金大貝勒：愛新覺羅·代善、後金多羅貝勒：愛新覺羅·莽古爾泰，及眾位貝勒眾大臣們，一齊隆重迎接祖總鎮總兵一行人。
雙方登壇發誓祭天，待盟誓祭天完畢，後金天聰汗就握著祖總鎮總兵的手進入大帳內，為祖總鎮總兵設宴慶賀。