不僅如此明山東總鎮巡按還下令地方軍，趁機襲擊叛軍，將亂事擴大化。
叛軍們在登州衛豎起「替天行道」的大旗，他一麵引誘遼東都指揮使司沿海軍民加入，一麵又向四周積極擴張，兵鋒直指山東都指揮使司，另一處重鎮〈萊州府〉。
因此叛軍們就從登州府招遠縣入萊州府首府掖縣、萊州衛，一帶地區與守軍抗戰，新任的明登萊巡撫：謝鏈，與新任的明山東總鎮巡撫：徐從治，等人一起防守。
3月12日，後金天聰汗趁著大明帝國內亂之際，第二次集結大軍下令遠征西部的漠南蒙古察哈爾部，還傳令歸順後金汗國的漠南蒙古各部速率本部兵馬前來彙合，一同出征。
3月21日，明山東總督：劉宇烈，聯合明薊州總鎮總兵：鄧玘、明密雲中衛左參將：牟文綬，以及四川都指揮使司（川軍與土司兵），等軍隊前往萊州府救援。
總計調集了援軍2萬5千人，外加6門紅夷大炮，但明山東總督卻不懂軍事，居然逐次把兵力投向戰場，犯了兵家大忌優勢。
這還不算最糟糕的，待援軍們走至北直隸順德府沙河縣，眾將們以及朝廷均商議要安撫叛軍，而這劉總督居然還用弱旅來運送紅夷大炮。
結果在過了山東承宣布政使司東昌府進入濟南府長山縣時，就被叛軍們繞到後方偷襲，截獲了6門紅夷大炮，這一炮沒放就這樣全都資敵了，大量的輜重、火器也都全被叛軍們收繳。
叛軍們還利用這些物資跟火器反擊，打得明山東總督麾下的2萬5千人，丟盔棄甲隻剩6百餘人逃到了青州府首府益都縣、青州左衛境內與衡親王府駐軍打算下一步計劃。
明衡憲親王：朱常?，庶第三子明鎮國將軍：朱由棷，讓援軍們前去萊州府昌邑縣議和，就連明萊州府推官：屈宜陽，也請求要入明叛將：孔有德，軍營內議撫。
結果明叛將：孔有德，以禮相待這讓明山東總督又以為叛軍可以招撫，便請示朝廷，而叛軍們則乘其不備，突然攻城導致明軍大敗！
4月10日，漠南蒙古科爾沁部、漠南蒙古內喀爾喀紮魯特部、漠南蒙古內喀爾喀巴林部、漠南蒙古奈曼部、漠南蒙古敖漢部、漠南蒙古喀喇沁部（哈喇慎部）、漠南蒙古河套土默特部、漠南蒙古阿魯科爾沁部、漠南蒙古翁牛特部、漠南蒙古阿蘇特部，等漠南蒙古諸部的台吉、貝勒們彙聚於西拉木倫河岸。
再加上後金天聰汗本部主力軍隊，總兵力約有10萬兵馬。
此時後金鑲黃旗麾下，兩個漠南蒙古人偷馬逃出，將後金天聰汗正率兵大軍壓境的消息報告給漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗：孛兒隻斤·林丹汗巴圖爾（虎墩兔），讓他做好禦敵準備。
不過眼下漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗剛入侵了大明帝國邊界萬全都指揮使司長城一帶，正駐帳於萬全都指揮使司宣府鎮邊外［歸化城］。
他聽說事情後非常震驚，因為大明信王崇禎帝：朱由檢，拒絕貢賞導致漠南蒙古察哈爾部西遷以來實力大減，自己又入侵劫掠得罪了大明天子，少了友軍的支持肯定招架不住後金蒙古聯軍進攻，而後金天聰汗這個老對手的兒子又窮追不舍。
因此為了保存兵力，漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗立即下令率部繼續西奔，後方的後金天聰汗則率領後金蒙古聯軍，分兵三路窮追漠南蒙古察哈爾部41天。
4月16日，明叛將：孔有德，在攻打萊州府時，明山東總鎮巡撫：徐從治，組織軍隊在平度州、昌邑縣一帶驅除叛軍，卻在指揮作戰中不幸被叛軍炮彈擊中要害犧牲殉國。
5月15日，後金天聰汗率領大軍進駐到歸化城時，在得知漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗已渡過黃河而去。
遂停止追擊，轉而下令攻打大明帝國萬全都指揮使司從柴溝堡進入內地，過萬全左衛、宣府前衛、宣府左衛、宣府右衛、保安州（保安衛）過延慶州走永寧縣，避開永寧衛與延慶左衛徹底擺脫大明追兵，成功返回長城關外。
途中還收攏了漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗所部遺眾數萬人，迫使漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗亡命到朵甘都指揮使司（青海蒙古土默特部），在逃難過程中部眾大量流失。
7月初6日，來到北直隸順天府紫禁城內的孫元化、王徵，等官員上奏詔安山東承宣布政使司叛軍之事，但卻被眾官員彈劾。
連同王道純一起被抓下獄治罪，至於王徵因為朝中好友官員力保，僅僅隻是發配到山東都指揮使司萊州衛充軍，免除一死。
7月10，明叛將：孔有德，再次用詐降術來對付一起出城招撫叛軍的明登萊巡撫：謝璉、明萊州府知府：朱萬年，兩人。
其中明萊州府知府聞訊剛到叛軍軍營門口，就被明叛將：孔有德，下令將朱知府斬殺，並派兵衝出萊州衛指揮所內囚禁了明登萊巡撫，之後也被叛將：李九成，殺害。