兩人因此被清軍斬殺！
隨後明薊遼總督：洪承疇，率軍前來才趕跑了東虜建奴韃子軍隊。
11月初3日，尼德蘭王國荷屬東印度公司再次派遣了，尼德蘭王國駐巴達維亞上校：朗必即·裡哥，率領大型戰船9艘北上，協助大員（台灣府）方麵前來騷擾大明帝國福建承宣布政使司沿海地區。
並數次擊敗明軍水師的小型船隊，這很快就引起了明泉州府總兵：鄭芝龍，的注意。
隨後明泉州府總兵就親率軍隊，攜帶盛滿火藥的竹筒泅水攻擊，一連焚毀尼德蘭船隊5艘，打得尼德蘭王國駐巴達維亞上校狼狽逃竄。
並且明泉州府總兵還請求福建布政司衙門，調動了福建水師明軍出動，最終奪回了從德川幕府到南海的全部東亞製海權，也讓明泉州府總兵被稱為〈閩海王〉。
從此東南海域唯鄭總兵是從，來往內外商人皆用鄭氏旗號為主，代替日月旗，而明泉州府總兵：鄭芝龍，也因功升任為「福建總鎮總兵」，負責保護整個福建承宣布政使司海域平安。
因此每一艘前來福建承宣布政使司海灣，停泊的船隻，都要繳納三千金幣，一年歲入千萬兩，並築城於泉州府安平城專門收納客商稅賦，抽一半上交朝廷，留一半自己享用。
當時凡航行在東亞地區的船隻，都必須花錢購買明鄭的令旗，若無此旗，在東亞海麵上被攔截，甚至遭到海盜打擊的概率超過百分之五十，若在大明福建承宣布政使司沿海，則百分之百被攔截。
最後就連台灣府的尼德蘭人都不得不，偷偷地以德川幕府船隻的名義購買令旗，當時大明東南沿海在明鄭和平的籠罩下，正在向平穩發展，由此尼德蘭人再也不敢對大明用武，而是改為互助經商政策。
明崇禎十三年公元1640年3月初7日，明毅宗信王崇禎帝：朱由檢，下詔罷免各鎮內臣，告諭道“各鎮內員，察飭已久，兵馬、錢糧、器械等項稍有改觀，但戰守防援，事權未能儘一。”
隨即就將監軍、分守等宦官俱撤回京另用，凡邊務一切錢糧、兵馬、邊防、剿禦，等事，都由；總督、知府、總鎮巡撫、總鎮總兵、兵備道，等官員一意肩承。
3月27日，滿清太宗吸取過去強攻寧遠衛、廣寧左屯衛、廣寧中屯衛（錦州）受挫的教訓，便製定了長圍久困、迫其出降的作戰計劃。
因此滿清太宗又命滿清和碩鄭親王：愛新覺羅·濟爾哈朗、滿清豫郡王：愛新覺羅·多鐸，率軍在義州衛城外駐紮屯田，並禁止大明帝國遼東都指揮使司廣寧中屯衛（滿清叫錦州）地方不得耕種。
並且還包圍了廣寧中屯衛與廣寧左屯衛，切斷明軍後方資源，使得明薊遼總督：洪承疇，第一時間立刻發兵救援，但雙方兵力出動之後均按兵不動，還互相對持。
4月15日，明毅宗告諭吏部群臣們，說道“曆年來資格畛域，抑壞人才，考選屢奉旨舉貢兼收，究竟不遵，非祖宗破格用人至意，就教貢士並試過歲貢生共二百六十三人，俱著於六部司屬、都察院、通政司、太常寺各司屬及推知正官通行察缺，依次填補，此係特用，後不為例。”
6月29日，明毅宗還詔輯《武經七書大全》，命明東閣大學士兼內閣首輔：範複粹，為總裁，明禮部右侍郎：黃錦、明詹事府少詹事：李紹賢，為副總裁，明詹事府右春坊右讚善：胡世安、明翰林院史官修撰：劉理順、明翰林院編修：方拱乾，等官員為纂修官，開館編輯。
12月18日，明毅宗又下詔增加天下關稅，以崇禎初年為例，關稅每兩增一錢，北直隸順天府崇文門、武清縣（武清衛）、山東承宣布政使司東昌府臨清州（臨清衛）、江西承宣布政使司九江府（九江衛）、南直隸蘇州府首府吳縣（蘇州衛）滸墅關、揚州府（揚州衛）、崇明縣（崇明守禦千戶所）北新關，淮安府（淮安衛），共增五萬兩。
不久又增二錢，但明戶部尚書兼東閣大學士：陳演，就建議增加南直隸皇城南京宣課司稅賦額一萬，改為三萬兩，但明南直隸戶部尚書：鄭三俊，則以宣課所收落地稅無幾，請稅蕪湖以抵增數。
因此明戶部尚書就上疏稱“蕪湖三萬兩稅賦，而南直隸宣課司仍增一萬兩，後乃以度支日絀，增加關稅二十萬兩。”
此舉也導致了南直隸地區商人與百姓日益窮困。
12月24日，山西承宣布政使司平陽府蒲州（蒲州守禦千戶所）境內大旱，草木皆被百姓們吃光，官府隻能在城門外掘坑以埋餓死者，但饑餓無食的人卻爭先去到坑內割食其肉，甚至有父子夫婦相食者。