重建可以俯瞰聖薩爾瓦多城的撤守堡，以免日後尼德蘭軍隊從此地，居高臨下炮擊主城，但這也引起了尼德蘭軍隊的重視。
12月20日，明毅宗信王崇禎帝：朱由檢，敕令內臣十二監四司八局宦官們，不得乾預朝政，並戒諭廷臣們說道“朝廷分職，原是宮府不同，臣子守官，豈容暗奸作弊，況析圭儋爵之義，宜無私交，而防微杜漸之閒，尤先近侍，無奈世風日降，士乞遂靡，雖奉公守法者固多，而行險僥幸者亦有，嫵媚交歡，勢權嫟就，為阿大夫之借譽，左右掃門，有路可通，無徑而走，窺探泄漏，視為固然，以後內外大小諸臣，如再蹈前轍，憲典具在，朕不敢私。”
明崇禎十五年公元1642年正月初8日，巴達維亞的尼德蘭王國荷屬東印度公司再以，尼德蘭王國荷屬東印度公司駐巴達維亞中校：拉莫提，為統帥增援大員（台灣府）。
不過當地的尼德蘭王國荷屬東印度公司駐大員總督：保羅·杜拉弟紐司，擔心夏季海風結束前，援軍無法抵達大員，遂派遣尼德蘭王國荷屬東印度少校：哈魯斯，帶了396名尼德蘭士兵再次進攻，這就是第二次聖薩爾瓦多城戰役。
此時尼德蘭軍隊已經有了重武器，所以能攻城如虎添翼，導致西班牙哈布斯堡王朝駐軍總共陣亡6位士兵，損毀2台加農炮，徹底放棄抵抗，雙方開始協商。
正月26日，經過商議之後西班牙哈布斯堡王朝駐軍開城投降，從此西班牙哈布斯堡王朝控製台灣府北部的曆史結束，還被尼德蘭軍隊送到巴達維亞囚禁。
2月18日，滿清太宗見圍困已久便再次下令滿蒙聯軍炮轟鬆山堡，城內明軍依舊頑強抵抗，明毅宗還派遣明順天府巡撫：楊繩武，督師軍隊北上救援明薊遼總督：洪承疇，但明順天府巡撫卻走到順天府玉田縣就病死了。
無奈之下明毅宗隻得又派明兵部右侍郎：範誌完，領兵北上救援，又以明山海衛左參將：焦埏，出山海衛協助。
此時鬆山堡城內早就彈儘糧絕了，軍民們爭相搶食樹木草皮乃至敵軍屍體，明廣寧中屯守禦千戶：夏成德，不想就這樣白白餓死，便私下裡送饑餓的兒子出城，前去滿蒙聯軍大營內當做人質。
還帶去書信與滿蒙聯軍相約攻城日期，自己則作為內應。
3月初7日，滿蒙聯軍再次來襲守城明軍餓的站不起路，又在明廣寧中屯守禦千戶開城帶領下，致使城破！
城中的明遼東總鎮巡撫：邱民仰，身負重傷臥病在床的明東協總兵：曹變蛟，以及明薊遼總督：洪承疇、明遼東總鎮總兵：王廷臣、明援剿副總兵：祖大樂、明寧前兵備道：張鬥、明永平府監軍道：姚恭、明撫寧衛遊擊將軍：王三楨、明寧遠衛右參將：江翥、明鬆山堡總兵：饒勳、明鬆山堡遊擊將軍：朱文德，以及左右參將、遊擊將軍、千總、把總、都司以下共計一百多位文武官員，以及明軍8千餘人都被俘虜。
除了滿清太宗欣賞的洪總督、明援剿副總兵：祖大樂，以及投降等將領外，其餘明軍將士們，都被滿蒙聯軍慘無人道地殺害了！
3月初8日，滿清太宗為了再次招降明廣寧中屯衛總兵：祖大壽，便送明援剿副總兵：祖大樂，到廣寧中屯衛城下去勸降。
而洪總督則被押往大清國都盛京城，由於滿蒙聯軍還在圍困廣寧中屯衛，而城內孤立無援早已沒糧，隻能率部開城歸降！
這讓滿清太宗大喜過望，連忙命人把兩位祖總兵請到自己帳內，畢竟祖氏家族在遼東都司府名望很高，有了他們何愁勸降其餘明將？
當祖大壽與祖大樂跪倒時，滿清太宗親自將他倆摻扶起來，好言撫慰道“女真語：上次你倆背叛朕，是為了你們的主子，為了你的妻子兒女和宗族，朕曾經對大臣們說過，祖大壽一定不能死，如果以後再次投降，朕也決不會殺他，現在事情過去了，今後隻要儘心地侍奉朕就可以了。”
此時滿清太宗費儘心思才拿下來鬆山堡和廣寧中屯衛（滿清叫錦州）、廣寧左屯衛，眼看攻城開支太大，便又提出要與大明議和，一來可以補充互市物資，二來不用劫掠大明，也有錢財豈不美哉？
為此還讓李氏朝鮮王國作為中間人，去大明寧遠衛私下提議和之事，但李氏朝鮮將領們卻認為滿清議和之心不誠，便上奏李氏朝鮮領議政：崔鳴吉，讓其負責推脫。
4月初3日，從遼東都指揮使司前線逃回京的明兵部職方武選清吏司主事兼寧遠衛監軍道：張若麒、明兵部職方清吏司郎中兼鬆山堡監軍道：張紹愉，兩人彙報了鬆山堡兵敗，以及滿清方麵提出的議和之事。
當即得到了明兵部尚書：陳新甲，的同意並私下奏報明毅宗眼看打不過，且國內還需要鎮壓流寇，因此明毅宗決定先讓人去跟滿清交涉，可明兵部職方武選清吏司主事卻不同意，便被明兵部尚書彈劾入獄，改讓明兵部職方清吏司郎中北上議和。