故此直接發兵燕親王府抓捕官屬，並密信讓明翰林院侍讀即刻逮捕明燕武親王，可惜明翰林院侍讀乃是明燕武親王的舊部，他把消息告密讓燕親王府護衛指揮使司以及北平行都指揮使司駐地兵馬準備起事。
7月13日明燕武親王以裝瘋賣傻之計誘騙，朝廷派來的明北平左布政使：張昺、明北平行都指揮使：謝貴，兩人抓起來斬殺並命明燕山左護衛指揮使：張玉、明燕山中護衛副千戶：朱能，率兵乘夜攻奪北平行都指揮使司九門控製都司府。
在救出明燕武親王之後又以尊祖訓、誅奸臣指；明兵部左侍郎齊泰、明翰林院大學士：黃子澄，為國〈靖難〉的清君側名號誓師出征。
戰事之初因北方諸將多為明燕武親王的舊部，所以歸降從戰者甚多使得燕軍勢力壯大發展到10萬兵馬，先後攻下通州左衛、通州右衛、通州衛、薊州、薊州鎮、居庸關、懷柔縣、山海衛等城，其中明南北鎮撫司錦衣衛指揮使：宋忠，以及明薊州守備：馬宜，明薊州鎮總兵：毛遂，等將領戰死！
8月11日朝廷方麵明惠宗得知事情緊急燕軍勢不可擋，他立即以明太祖吳王洪武高皇帝陛下的舊將65的明長興侯：耿炳文，為大將軍率軍13萬號稱討伐明燕武親王。
其先鋒在抵達雄縣之時就被為燕軍襲擊，九千人全部戰死！第二次交戰於真定府又大敗！
此事被明惠宗知道後直接換皇親國戚明岐陽武靖郡王：李文忠，之子明曹國公：李景隆，代替還調兵30萬號稱直逼北平行都指揮使司築壘九門圍攻城牆。
之後燕軍又北上兵至永平府，駐守的明永平衛指揮僉事：趙彝、明永平衛千戶：郭亮、明永平衛百戶：吳成，等將領開城投降。
9月明江陰侯：吳高、明山海衛指揮使：耿獻、明左軍都督府左都督兼遼東總兵：楊文，率遼東都指揮使司兵馬圍攻永平府，而燕軍方麵則調兵遣將自救之。
為了保存兵力與之燕軍匹敵，明江陰侯第一時間帶領軍隊退守山海衛，而燕軍通州衛指揮僉事：穀祥，等駐守在商家堰下莊、楊家莊一帶與朝廷遼東軍大戰於團林，繳獲馬匹甚多，犒賞軍士大量銀鈔和布匹。
10月份因明曹國公率大軍圍攻北平行都指揮使司，但此人是個有勇無謀之人控有兵權卻不懂使用，兵力數倍於燕軍居然在即將攻破城牆之際下令停止進攻，故此明燕武親王才趁機跑出來尋找救兵。
明燕武親王親自率領本部精騎北上入大寧都指揮使司，假意到明寧獻親王：朱權，寧親王府內做客在提出借用兀良哈三衛的兵馬，怎奈明寧獻親王不肯！但也無濟於事，因為明燕武親王早已經暗中用重金收買了兀良哈三衛鐵騎。
此三衛所屬鐵騎原本是蒙元帝國中書省上都路精銳騎兵，眼下被收買自然是要利用他們攻打朝廷軍隊了，為防萬一明燕武親王隻得俘虜明寧獻親王及明寧親王妃：張氏，以及妾室和明寧親王世子：朱磐烒，一起南下北平行都指揮使司。
另一邊明曹國公還在虛攻北平行都指揮使司，但不能攻克？因為有明燕武親王的長子明燕親王世子：朱高熾，鎮守著他用冰凍住了城牆，使得朝廷軍隊無法登樓破城。
待到明燕武親王回師從大寧都指揮使司返回後，在鄭灞縣大破朝廷軍隊，消息傳回朝中明惠宗被迫罷免明兵部左侍郎：齊泰、明翰林院大學士：黃子澄，兩人的職位以安撫燕軍南下。
明建文二年公元1400年4月20日，明燕武親王與明曹國公的軍隊又戰於白溝河，燕軍以兀良哈三衛騎兵為主，火銃隊、弓箭隊為左右側翼，火炮營為後翼緩慢推進，再次將有勇無謀的明曹國公給打敗，燕軍還乘勝圍攻山東承宣布政使司濟南府和附近都司衛所。
但遭到了押運糧草的明山東布政司左參政：鐵鉉，的救助以及明山東都指揮使：盛庸，率軍固守濟南府以逸待勞，多次詐降燕軍使得燕軍久攻不下損失慘重，在燕軍謀士：姚廣孝，的勸阻下不得已撤兵。
5月遼東都指揮使司兵馬南下北平行都指揮使司永平府昌黎縣，燕軍通州衛指揮僉事則在汀流河擊敗朝廷遼東軍，以成功抵擋住他們南下包圍北平行都指揮使司。
燕軍中軍主將：張玉，跟隨明燕武親王攻破山西行都指揮使司廣昌縣、蔚州衛、大同府、大同前衛、大同後衛、大同左衛。
這時明曹國公立即收集敗軍再次反攻，燕軍中軍主將道“兵貴神速，請讓我屯軍白溝河以逸待勞。”
果然他駐紮在河上三日，養精蓄銳在以精騎出擊再次打敗明曹國公，還奪取了德州衛，又追擊朝廷明軍至濟南府，但是圍城三個月仍舊不能破城隻得撤軍而回。