提意見的人越來越多，但大多都是些毫無用處的妄想，不過也有理智的人提出應該組建政府機構，雖然出不去，但生活仍然還要繼續，畢竟三萬多人要在這裡待上幾十年，必須要有社會組織進行管理，不然肯定會發生混亂，而且說不定等過幾年城外的世界發生了變化，就會有人將他們救出去。
最終各部隊的首長采取了組建政府的意見，又經過商討和投票，選舉出了鳳凰城臨時政府的管理人員，又成立了各級行政機構，並給所有人安排了相應的工作，好讓眾人都有事情可做，免得閒來惹是生非。
臨時政府成立之後確實有了成效，鳳凰城內的生活也重新恢複了平靜，日子就這樣一天一天的過去，但好景不長，沒過幾年時間，便開始有人忍受不了這種暗無天日，被終身監禁沒有自由，沒有任何希望的生活。
此後酗酒、打架、鬥毆、破壞公物之事時有發生，也有人開始偷盜、搶劫，甚至發生了強奸、殺人的惡性事件，自殺率更是居高不下，不出數年鳳凰城內的形勢便已是混亂不堪，臨時政府不得不出手進行乾預整治，為此也將很多違法亂紀的人抓進了監獄。
經過臨時政府的大力整頓，社會治安倒是暫時穩定了下來，但是由於臨時政府在整頓的過程中手段有些過激，對一些案件的處理也不甚公平，便激起了那些最早想要解散部隊回歸自由之人的反對，這些人便組成了反控製聯盟，與臨時政府進行對抗。
又因為臨時政府處置不當，最終導致矛盾升級，爆發了大規模的衝突，雙方多次發生械鬥，後來更是將鳳凰城內的所有人都卷了進去，經過幾番爭鬥之後，終是臨時政府一方用血腥手段取得了勝利，將反控製聯盟的暴亂鎮壓了下去，並且處死了所有參與暴亂的人。
持續十年的暴亂雖然被成功製止，但鳳凰城社會也遭受到了重創，大量的人員因為戰爭、仇殺而死，再加上疫病和自然死亡，竟使得鳳凰城的人口呈斷崖式的下降，到暴亂平息之時，鳳凰城內已經從最初的三萬多人，剩下不足三千人，而那段時間則被幸存下來的人稱之為湮滅日。
不過湮滅日之後，鳳凰城卻安定了下來，也許是因為城內的人們都已人過中年，都已經沒有了年輕時的激情與衝動，也或許是因為已經習慣了這種生活，沒有了其它奢望，反倒相安無事，又平靜地度過了十多年。
直到十多年後的一天，鳳凰島一帶發生了一次海底地震，將鳳凰城的一處地基給震塌了，人們在修複地基的時候卻發現了一個洞穴，而且這洞穴很深，竟是不知通向何處。
看著這處洞穴，人們突發奇想，也許這洞穴會通到城外也說不定，便立即組織了人員到洞穴內進行探察，結果發現這洞穴雖然沒有通到城外，但洞穴的儘頭之處卻已經距離鳳凰島海下山脈的邊緣不遠了。
見這洞穴有機會通往城外，城裡的人們又重新燃起了出去的希望，便決定要將這洞穴挖通，隨後就有人提議可以利用聚能反應器以及食物合成器的備用零件製造挖掘工具和設備，這個建議當即全票通過，而且很快人們就製做出了數台機械，開始日夜不停地挖掘。