“謝管領殿下。”齋藤道三趕忙俯身道謝，同時摁著身旁不情不願的織田信長也乖乖行禮，筒井順昭和北畠晴具見狀也沒有繼續糾纏。
“當務之急，還是要想著如何克敵製勝。”細川晴元沉吟了片刻，還是選擇把目光投向了一直比較安靜的另一側——太原雪齋、今川義元、武田晴信、朝倉宗滴、六角定賴等人並沒有加入爭吵，而是始終保持著沉默。
“既然搶攻已經失敗，那當下之際也為由按部就班地拿下京都了。”六角定賴率先開口，“我們各自步步為營，一個寺社一個寺社，慢慢地將推進戰線，把北軍趕出去”
“既然如此，今日又為何要撤兵？”織田信長馬上又插嘴道：“本來我都已經拿下二條城了！你們但凡繼續進攻，牽扯三好軍不能回援，這仗都贏一半了？”
“織田三郎，你的補給夠吃幾天？”朝倉宗滴抬眼看向織田信長，後者立刻說不出話了。
“我們此役是搶攻，隻帶了少量兵糧，就是想試試看能不能再長尾家趕到之前，打北軍一個出其不意。既然沒能成功，那就隻能從長計議。先把補給線鋪設過來，疏通好糧道後，再向京都深處推進。”武田晴信也為自己的指揮方針辯護道：“十萬人級彆的對決，不要想著畢其功於一役，除非有一方出現離譜的失誤，否則是很難在一天裡分出勝負的。做好長久拉鋸戰的準備吧。”
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天文十四年年4月7日，京都。
經過後勤調整後，南軍將補給線順利地從槙島城延伸到了京都南段。以伏見稻荷大社為糧倉，大規模地囤積來自於南北近江和大和國的糧食。也以伏見稻荷大社為本陣，開始發動對京都的攻略。
南軍變陣後，北軍也改變了戰略隨林寺-長福寺-瀧尾神社-智積院一線，準備充分利用京都的每一寸土地，和南軍展開拉鋸。在第一次京都合戰中消耗較大的大友軍、大內軍、尼子軍、三村軍、一色軍和毛利軍被替換到了二線，這次駐紮到一線的則是上次被部署在後方擔任反擊預備隊的生力軍們：隨林寺的長尾軍、長福寺的赤鬆軍和浦上軍、瀧尾神社的山名軍和河野軍、智積院的遊佐軍和波多野軍。
與之相對，南軍同樣讓先前損耗較大的部隊留作二線，選擇讓“靜坐”了大半天的部隊們率先發起攻勢。其中，齋藤軍、織田軍、北條軍經由東山橋進攻長福寺、隨林寺；朝倉軍、淺井軍進攻瀧尾神社；六角軍、若狹武田軍進攻智積院。
可戰鬥開始的第一天，戰況就不容樂觀。
與第一次京都合戰不同，這一次北軍的抵抗意誌要更加堅決。之前能輕易占據的瀧尾神社和智積院，這次卻遭遇了激烈的反抗。朝倉軍也是南軍勁旅，可耗時大半天，仍然隻是奪下了瀧尾神社的一半建築，不過總算是壓製住了山名軍、河野軍。朝倉宗滴本想指示淺井軍迂回到側麵進攻，可淺井軍的戰力實在不敢恭維，迂回行動也被輕易地挫敗了。
而在另一邊的智積院，麵對遊佐軍和波多野軍，六角軍和若狹武田軍卻幾乎毫無建樹。六角定賴的軍略造詣雖然遠在遊佐長教和波多野晴通之上，可六角軍已不再是當年那支能征慣戰的勁旅，更彆提若狹武田軍這種魚腩。與之相比，遊佐軍和波多野軍近年卻一直過著刀頭舔血的日子，士氣高昂，死守不退之下令六角軍和若狹武田軍沒有辦法。猛攻到下午，仍然難以突破智積院的陣地。
但比起西行進攻東山橋的織田軍、齋藤軍和北條軍，鴨川東岸的南軍已經算好的了。赤鬆軍和浦上軍的戰鬥力雖然不行，很快就被南軍奪下了東山橋的控製權。然而作為先鋒的北條軍連腳還沒站穩，不幸就已經發生了。