然而，皇帝的責罰並沒有平息官員們的怒火，反而像是在燃燒的烈火上又澆了一桶油。
次日竟又有三百多名官員到文化門請願，並且以絕食反抗天子暴政，出現了愈演愈烈的擴大跡象。
他們聚集在一起，形成了一股強大的力量，那一張張堅定的麵孔，那一聲聲悲憤的呼喊，仿佛在控訴著對大明皇權的薄情寡義。
一致要求皇帝及內閣頒布詔令，緝拿馬超，解散人民軍，裁撤上海警備營。
徹底查封中華總商會，為那些遭受冤屈和迫害的各地官員平冤昭雪，另行賠償。這些要求如同鋒利的刀刃，直指朱媺娖和她所代表的上海工業區。
崇禎皇帝迫不得已之下，隻好躲在後宮稱病不朝。將這件棘手的事務，全權委托給內閣首輔溫體仁和誠意伯劉孔昭去處理，希望他們能夠勸解那些憤怒的臣工們。
然而，麵對百官們如此激烈的情緒，溫體仁和劉孔昭勢單力薄，根本就無法應對。
他們被一眾官員罵得狗血淋頭，隻能羞愧的掩麵逃走，回到家中後便聲稱自己生病，再也不敢前往文化門。
眼看著局麵即將走向失控，崇禎皇帝也終於坐不住了。一麵下旨京師三大營進入戰備狀態，一麵安排太子朱慈烺親自出馬。
前往太仆寺街上的衍聖公府，懇請進京朝覲的衍聖公孔胤植，出麵調解這場君臣之間的紛爭。
孔胤植作為孔聖人的嫡傳後裔，在大明國士大夫和百姓心中，都有著極高的威望。他的出現，必定會給京師混亂的局勢帶來一絲轉機。
經過孔胤植的一番努力勸解，暫時平息了京師文武百官的憤怒，答應與內閣之間通過談判化解矛盾。
因為有衍聖公的出麵斡旋，朝中文武百官也做出妥協和讓步，懇請大明國內閣能夠發布相關政令：
“一是徹底取締中國總商會；
二是撤銷上海工業區內駐守的警備營；
三是命令馬超所率領的人民軍，必須永久性的駐紮在神木縣境內。”
得知這一係列變故後，崇禎皇帝在宮中被氣得怒發衝冠、暴跳如雷，但卻又無計可施。
最終，他也隻得與內閣商議，下達了一道相對折中，且具有安撫意味的聖旨。
首先，崇禎皇帝責成錦衣衛指揮使駱養性，對中華總商會展開全麵調查。
務必查清，其中是否存在官商勾結、違法亂紀，以及與民爭利的諸多問題。
同時，要為所有遭受到中華總商會打壓迫害的各地官員、商人和富戶平冤昭雪，並給予他們相應的財貨賠償。
其次，針對上海守備營規模過大一事，崇禎皇帝通過內閣下旨，由一萬兩千人裁減至三千人。
並要求上海工業區守備營，永久駐守在上海縣城之內，若敢再擅自跨越邊界，則會被視作叛逆作亂。
此外，馬超及其領導的人民軍，崇禎命令他們永久性駐守神木縣，並接受榆林衛的轄製。
倘若再敢私自調動兵馬或是挑起事端，則同樣會被視為謀反叛逆，將會予以最嚴厲的懲處。